非蛋白胺基酸則是指在蛋白質內找不到(如carnitine、GABA和L-DOPA),或沒有被標準遺傳密碼編碼(如hydroxyproline和selenomethionine)的其他胺基酸。後者通常源自於蛋白質的轉譯後修飾作用。
某些非蛋白胺基酸(如鳥氨酸和homoserine)對於生物缺少將其組進蛋白質內的功能有著很清楚的根本因素;如前面所舉的兩個胺基酸就會cyclize against the peptidebackbone and fragment the protein with relatively short half-lives.
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