方向任務
中國農業科學院蘭州獸醫研究所研究所的發展方向是，以危害嚴重的動物烈性傳染病和寄生蟲病為主要研究對象，從事動物疫病的病原、診斷、免疫、預防等方面的基礎、套用和開發研究，解決制約畜牧業的重大畜禽疫病可持續控制問題，保障畜牧業健康發展。
研究所的任務是，擔國家重大項目（攀登計畫、“863”項目、973項目）、攻關項目，部門和省級的各類重點項目。培養獸醫科學高級技術人才；推廣先進科技成果和技術；根據行業發展趨勢，提出我國獸醫科學研究的發展方向和優先發展領域，協助國家、部門制定發展規劃；為政府控制和消滅畜禽重大疫病決策提供技術諮詢。
科研機構設定
中國農業科學院蘭州獸醫研究所所內設有家畜疫病病原生物學國家重點實驗室、農業部畜禽病毒學重點開放實驗室、甘肅省動物寄生蟲病重點實驗室、國家口蹄疫參考實驗室、甘肅省生物檢測工程技術研究中心、中國農業科學院人獸共患病重點開放實驗室、中國農業科學院草食動物疫病重點開放實驗室、家畜口蹄疫研究室、家畜傳染病研究室、家畜寄生蟲病研究室。是全國唯一的口蹄疫科學研究、診斷和諮詢中心，在國內外享有盛譽。同時，研究所在多種畜禽疾病的病原學、流行病學、發病機理、診斷和檢疫、免疫和防制技術研究以及人才培養、科技開發、基礎設施和基本建設等方面取得了較大的進展。
科研隊伍
科技隊伍壯大：全所現有在職職工292人，其中研究員22人、副研究員34人、博士生導師9人、碩士生導師30人，博士30人、碩士68人。享受政府特殊津貼等各類專家32人。在讀博士、碩士研究生114名。
科研條件
中國農業科學院蘭州獸醫研究所基礎設施和硬體條件優越：綜合研究樓、寄生蟲研究樓、口蹄疫研究樓建築面積15000平方米，平均每個科研人員100平方米以上。擁有電鏡、生物反應器、高效液相色譜、超速離心機、蛋白純化系統、測序儀等國際一流儀器設備，用於烈性傳染病研究的P3級實驗室2個，符合P3級標準的實驗動物舍以及不同標準的實驗動物舍。目前正在建設符合P4級標準實驗室。
科學研究碩果纍纍
中國農業科學院蘭州獸醫研究所建所至今，先後承擔完成各類科研課題500餘項，提供科研成果335項，獲獎成果96項，其中國家級獎13項，共研製成功診斷製劑、疫(菌)苗及其它獸藥新產品計107種，其中診斷製劑86種，疫苗16種，獸藥5種。
病毒病的研究以口蹄疫研究為主,並從事豬水泡病、豬瘟、瘋牛病、狂犬病、病毒性腹瀉、仔豬胃腸炎、綿山羊痘小反芻獸疫、呼吸與繁殖障礙綜合症等病的研究工作。近年來，研究工作不斷深入,尤其在分子生物學方面開展了大量的研究工作,病毒遺傳變異研究、基因工程疫苗研究、診斷技術研究取得重大突破,部分進入世界先進領域，四十年來為防制口蹄疫做出了重大貢獻。
在其它傳染病的研究中，重點從事動物衣原體病、支原體病、立克次體病、流行性淋巴管炎、皮癬病、禽霍亂、豬傳染性胸膜肺炎、牛羊梭菌病、兔巴氏桿菌病、布氏桿菌病、李氏桿菌病等研究工作，在動物衣原體病、支原體病以及牛羊梭菌病的研究方面具有優勢和特色。
中國農業科學院蘭州獸醫研究所在寄生蟲研究領域包括了蠕蟲、原蟲、昆蟲等整個寄生蟲學科。曾對西北地區牛、羊寄生蟲病進行了全面、系統的流行病學調查以及綜合防制技術的研究工作，先後重點進行過肝片吸蟲病、豬囊尾蚴病、棘球蚴病、多頭蚴病、牛羊線蟲病、豬鏇毛蟲病、伊氏錐蟲病、蜱傳性血液原蟲病、雞兔球蟲病、弓形蟲病、疥蟎病、牛羊蠅蛆病等的研究工作，在牛、羊蠕蟲病、蜱傳性血液原蟲病和人畜共患寄生蟲病的研究領域在國內外處優勢地位。
目前，該所面向國家在畜牧業發展、食品安全、國家安全和社會穩定等方面的重大科技需求，重點解決豬、牛、羊、雞等動物疫病的重大科學問題，為有效控制和消滅這類疾病，提高農牧民收入，加速農村經濟成長，保障市場肉、蛋、奶品正常供應，防止危險病原侵害人類而引起的恐慌和社會動盪，維護世界和平做出積極的貢獻。
國際合作
中國農業科學院蘭州獸醫研究所近年來，中國農業科學院蘭州獸醫研究所先後於世界上20多個國家的農業科研機構、大專院校以及歐盟委員會及其下屬組織建立了良好的合作關係。在平等互利、成果共享、尊重智慧財產權的基礎上，通過開展合作研究、互派科學家訪問、考察、講學、派遣科技人員出國進修，共同舉辦學術會議的形式，開展了多渠道、多層次、多形式的科技合作與交流，國際合作項目達8項，引進經費約50萬元美元，取得了良好的社會效益和經濟效益。
