定義
藍綠菌顯微結構藍菌在地球上已存在約30億年，是最早的綠色光合放氧生物，對地球表面從無氧的大氣環境變為有氧環境起了巨大的作用。
形態
藻體為單細胞或群體，或為細胞成串排列組成藻絲狀的絲狀體，不分枝、假分枝或真分枝，不具鞭毛，不產遊動細胞，一部分絲狀種類能伸縮或左右擺動；細胞壁缺乏纖維素，由粘肽組成，壁外常形成膠質鞘；無真正細胞核，核的組成物質集於細胞中央，無核膜及核仁；細胞內除含有葉綠素和類胡蘿蔔素外，尚含有藻藍素，部分種類含藻紅素；色素不包在質體內，而分散在細胞質的邊緣，藻體因所含色素種類和多寡而呈現不同的顏色。
分類
雖然傳統上藍綠菌歸於藻類，稱為藍綠藻門（Cyanophyte），近年研究通常將它排除，因為和藻類差異甚大，諸如缺乏膜包圍的胞器，含有單一環狀染色體，細胞壁含有肽聚糖，核糖體大小、成分和真核生物不同。藍綠藻在特化摺疊的原生質膜（稱為葉綠囊膜）上行光合作用。因此，它們即使擁有類似的生態棲位，彼此仍然差異很大。
進化
藍菌在地球上已存在約30億年，是目前以來發現到的最早的光合放氧生物，對地球表面從無氧的大氣環境變為有氧環境起了巨大的作用。藍菌已知約2000種。目前藍菌的系統發育分類仍未確定，根據色素種類可單分出類似植物的葉綠體，含有葉綠素a和葉綠素b的原綠藻類，根據形態可分為色球藻目（Chroococcales）、寬球藻目（Pleurocapsales）、顫藻目（Oscillatoriales）、念珠藻目（Nostocales）和真枝藻目（Stigonematales）。但以上分類可能除真枝藻目以外均非單系群，有待進一步研究。形態分類可參見細菌分類表。是發現年代最早的化石。
分布
主要分布在含有機質較多的淡水中，部分生於海水中、潮濕和乾旱的土壤或岩石上、樹幹和樹葉上，溫泉中、冰雪上，甚至在鹽滷池、岩石縫中都可以發現藍菌；有些還可穿入鈣質岩石或介殼中（如穿鈣藻類）或土壤深層中（如土壤藍藻）；也有同真菌共生形成地衣，或生於植物體內形成內生植物，少數種類能生活於85℃以上的溫泉或終年積雪的極地。
藍菌已知約2000種。目前藍菌的系統發育分類仍未確定，根據色素種類可單分出類似植物的葉綠體，含有葉綠素a和葉綠素b的原綠藻類，根據形態可分為色球藻目（Chroococcales）、寬球藻目（Pleurocapsales）、顫藻目（Oscillatoriales）、念珠藻目（Nostocales）和真枝藻目（Stigonematales）。但以上分類可能除真枝藻目以外均非單系群，有待進一步研究。形態分類可參見細菌分類表。是發現年代最早的化石。
危害
毒素
國際間對食用藍菌門生物開始關注，因為不論土生和水生的藍菌生物皆含有神經毒素BMAA（β-N-methylamino-L-alanine），並可能透過食物鏈不斷累積產生生物放大作用，對人類的損害將逐漸增加。BMAA已證實會對動物產生強烈的毒性，加速動物腦神經退化、四肢肌肉萎縮等等，小量BMAA積累已能選擇性殺死從老鼠的神經元。香港中文大學呼籲大眾停止食用同屬藍菌門的髮菜，減輕患上肌萎性側索硬化症、帕金森病和老人痴呆症的風險。（藍綠菌的集體形態藍菌的次生代謝產物微囊藻毒素（Microcystin）有非常強的毒性，可能會嚴重損害肝臟，引致肝癌。1996至1999年間，美國俄勒岡健康部門（Oregon Health Division）曾對市面上87種藍菌及螺旋藻保健食品進行測試，發現其中竟然有85種保健食品均含有微囊藻毒素。 同種類的藍菌含有不同類型的毒素，當中包括神經毒素（Neurotoxin）、肝毒素（Hepatotoxicity）、細胞毒素（Cytotoxicity）及內毒素等，使他們對人體及動物構成生命危險。已有紀錄證明飲用或於被藍菌污染的水源接觸會引致中毒現象，但實際多少的攝取量會致命則未有定論。
污染水質
藍菌會產生有腥臭味的“水華”現象，最大危害是令飲用水源受到威脅，毒素影響人類健康。亦會令魚類缺氧死亡。）
水族缸中的藍綠菌（藍綠藻）幾乎都是顫藻屬（Oscillatoria）的。能夠在最短的時間內覆蓋於水草、飾物與底床，形成一層藍綠色至藍黑色的大量薄膜。偏偏這個“藻類”並不是真正的藻類，對某些水族愛好者而言是最大的困擾。因為藍綠菌的臭味比如何防治還要令人難以忍受。
