建館過程
菏澤市博物館位置1967年，原菏澤地區革命委員會決定在菏澤城東關外路北城牆以 東、原地區印刷廠路南建設“菏澤地區毛澤東思想勝利萬歲展覽館”，三層，建築面積1800平方米。1969年竣工，1971年原菏澤地區革命委員會決定將大樓改為菏澤賓館，1972年更名為菏澤地區展覽館。1980年6月，菏澤地區展覽館與菏澤
地區文物管理站合併成立菏澤地區文展館，1985年1月，菏澤地區文展館更名為菏澤地區博物館。1991年12月菏澤地區博物館選址建設新館，1996年4月正式開館。2000年菏澤地區撤地改市，菏澤地區博物館遂更名為菏澤市博物館。
基本陳列
菏澤市博物館的基本陳列為《菏澤市館藏文物精品展》，陳列面積
296平方米，共分為陶器、瓷器、青銅器、玉器、雜項等五部分，共展出藏品近百件。其中較為重要的展品有宰甫卣（晚商）、鎏金佛像（北齊）等。晚商青銅酒器宰甫卣，蘑菇形鈕蓋，蓋頂、器腹飾獸面紋，蓋沿、圈足飾夔紋、獸面紋，提梁飾勾連紋，兩端飾牛首。器蓋和器底內壁對銘三行23字 ，大意是，殷王自豆麓狩獵歸來宴饗時，賞給宰甫五串貝，宰甫因作此器以志其事。其他長期專題陳列主要有《菏澤市木版年畫展》，陳列面積296平方米、《菏澤市博物館館藏書畫展》，陳列面積296平方米。
館藏文物
菏澤市博物館現有藏品總數為8763件，其來源有徵集、收購、考古發掘品
移交、社會捐贈等渠道，分為陶器、瓷器、金屬器、書畫、玉器、古籍善本、雜項等七大類。
展覽活動
1999年9月29日至10月20日舉辦的《輝煌的歷程——菏澤地區50年建設成就回顧展》獲山東省文化廳頒發的慶祝建國50周年“一館一展”評比活動優秀獎和菏澤地委、行署頒發的“慶祝建國50周年活動組織獎”。2002年8月，來自德國、義大利、羅馬尼亞、奧地利、土耳其等國家的畫家、雕塑家及來自北京、濟南等地國內部分知名畫家，在菏澤市博物館舉辦了《中外藝術家迎奧運綠色行動菏澤行畫展》。自2003年舉辦首屆起，至2008年菏澤市博物館已成功承辦了6屆“牡丹杯”全國書畫名家作品展。
