形態特徵
菊頭蝠體長75-85mm，前臂長660-730mm。馬蹄葉發達，覆蓋鼻吻部，兩側不具小附葉。鼻孔內外緣突起，並衍生成杯狀的鼻間葉，鞍狀葉基部向兩側擴展成翼狀，使鞍狀葉呈三葉形。連線突先端低而圓，始於鞍狀後面甚下方，頂葉狹長，呈舌狀。體毛細長柔軟而捲曲，毛色棕褐或菸灰褐色，毛尖隱約有灰白色，形同霜。
菊頭蝠吻鼻部有複雜的葉狀突起，形成特殊的鼻葉。鼻葉兩側及下方為馬蹄形的肉葉，中央有一向前突起的鞍狀葉，後面又有一連線葉襯托，並與一頂葉相連。耳大，端部呈削尖狀，無耳屏。後足除第一趾外，其餘各趾均有三趾節。全身被細毛，背部淡棕褐色，腹毛灰棕色。
頭骨齶橋較長，約為上頰齒長的1/3。齒式=32。牙齒上頜門齒2枚，下頜4枚，均較小；犬齒上下各1枚，第1上前臼齒位於齒中線外側，故犬齒與第2上前臼齒齒緣基部相接觸。下頜第2下前臼齒位於齒中線外側，故第1下臼齒與第2下前臼齒齒緣基部亦相接觸。
生活習性
菊頭蝠群棲，居岩洞，常與其他種菊頭蝠和蹄蝠共處一洞，冬季則冬眠于山洞深處。懸掛時以兩肢並齊倒懸抓於石壁，前肢包裹全身，當外來聲息及光亮照射時，先將頭部伸出，頻頻左右擺動，耳部不斷顫動，鼻尖不斷嗅聞，到一定時間（約3分鐘），隨即起飛。 以昆蟲及其幼蟲為食。總是單只獨掛在洞頂壁上，而且大多數離洞口不太遠的較亮處。杭州千人洞1980-1986年觀察記錄，若不受驚擾，很少遷洞。海南五指山的標本來自原始林緣的茅草坡上空，當時它們正在兩三隻結群飛翔覓食，不時在樹枝上倒吊者停歇。安徽採到的雄體陰囊較大，睪丸5×3.5mm。
棲息環境
棲息於幾乎所有的熱帶、亞熱帶岩洞陰暗潮濕的環境中，其懸掛處僅距地面不足3m高。
分布範圍
亞洲西部及東南部。中國常見於江西、福建、浙江、安徽、貴州、廣西、台灣、海南、廣東。台灣的大蹄鼻蝠（ Rhinolophus formosae）被認為是本種的一個亞種，僅分布在台灣。
繁殖方式
菊頭蝠11月交配，6月下旬產仔。妊娠期從6、7周到5、6月。許多種類的雌體妊娠後遷到一個特別的哺育棲息地點。蝙蝠通常每窩產1至4仔。幼仔初生時無毛或少毛，常在一段時間內不能視不能聽。幼仔由親體照顧5周至5個月，按不同種類決定。
亞種分化
| 序號 | 中文名 | 學名 |
| 1 | 菊頭蝠台灣亞種 | Rhinolophus luctus formosae |
| 2 | 菊頭蝠福建亞種 | Rhinolophus luctus lanosus |
| 3 | 菊頭蝠海南亞種 | Rhinolophus luctus spurcus |
種群現狀
菊頭蝠各地的數量均很少。種群非常小，占有面積有限，容易受人類活動的影響。 致危因素 一些山洞被開發為旅遊點。農民為了收集蝙蝠糞和吃蝙蝠肉，在洞內煙燻或網捕，致使它們不是離洞而去就是被捕殺。此外，殺蟲劑的套用也影響到它們的生存。 現有保護措施，如同許多蝙蝠一樣，本種目前未列入國家重點保護動物名錄。 保護措施建議，應考慮列入國家重點保護動物名錄，並保護已知的棲息地，禁止任意在岩洞區採石料、開發岩洞作他用，對其周圍施噴殺蟲劑也應加節制。鑒於其分布的特點，在有本種分布的主要地區，地方法規應予特別考慮保護措施。
保護級別
2008年列入《世界自然保護聯盟》（IUCN）瀕危物種紅色名錄ver3.1——近危（NT）。
科學研究
菊頭蝠2015年11月，美國北卡羅萊納大學教堂山分校的一項研究發現，有一種類似重症急性呼吸綜合徵（SARS）的冠狀病毒，這種病毒被科學家命名為“SHC014-CoV“，可以直接從蝙蝠傳至人類身上，暫時無藥可治，但目前是否能在人與人之間傳播尚不清楚。11月9日，該論文線上發表在國際醫學權威期刊《自然醫學》(Nature Medicine)上，論文標題為《在蝙蝠中傳播的冠狀病毒構成的一個類SARS病毒簇可能在人類中流行》（A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence）。
北卡羅萊納大學萊恩伯格綜合癌症中心成員、流行病學系教授Ralph S Baric是該篇論文的作者之一。論文指出，Baric和他的團隊是在中國菊頭蝠身上發現了這種被標記為SHC014的冠狀病毒，該病毒可以在蝙蝠和人類之間進行傳播，一旦進入人類肺部組織，還會像SARS冠狀病毒一樣在人類肺細胞內進行複製，令肺部受嚴重感染，暫時沒有藥物可以控制。
中科院武漢病毒所研究員石正麗是上述論文的聯名作者之一。2013年10月30日，石正麗領銜的國際研究團隊成功分離到一株與SARS 病毒高度同源的SARS樣冠狀病毒（SARS-like CoV），為中華菊頭蝠是SARS冠狀病毒的自然宿主的推論提供了更為直接的證據。
據北卡羅萊納大學教堂山分校官網報導，世界知名冠狀病毒專家拉爾夫·巴里奇表示，現時科學界暫發現蝙蝠身上有5000種病毒存在，其中部分有機會成為人類病原體，人們應做好防備，他呼籲美國政府為相關病毒實驗解禁。
