王室流亡巴西
大陸封鎖令
就在若昂以攝政王子的身份代替其母瑪麗亞一世執掌政權的同一年，法國巴黎發生了霧月政變，拿破崙上台。1804年他在巴黎聖母院舉行了加冕禮，成為了法國皇帝。次年，奧斯特里茨戰役，第三次反法同盟遭受慘敗。又過了一年，拿破崙頒布《大陸封鎖令》，禁止歐洲大陸國家與英國進行任何形式的貿易往來。
法國進攻
這一紙禁令可害苦了攝政王子若昂。法國，如此強大，反法同盟都奈何他不得，葡萄牙自然是惹不起；英國，傳統盟國，第一大貿易夥伴，如果停止向英國出口，國內的許多人就沒飯吃了。怎么辦？英國人對他說，沒關係，你只管往我這裡運貨就行了，錢少不了你的。你要是害怕法國人我派軍隊護航不就得了。於是若昂便戰戰兢兢的繼續著與英國的貿易。那拿破崙也不是吃素的，一下子就看出來了這倆正在搞貓膩。不服，不服俺就打！1807年，一支三萬人的法軍在朱諾（Junot）將軍的率領下，借著西法兩國的傳統同盟關係，取道西班牙，由下貝拉地區（Beira Baixa）進入葡萄牙境內。
逃亡巴西
若昂見狀大呼不妙！打肯定是打不過了，那就跑吧。全體王室成員和一些大貴族足足裝了十五艘船，在英國人的護送下，於1807年11月29日由里斯本港起錨，浩浩蕩蕩的逃向了巴西。1808年1月22日，他們到達了里約熱內盧。
民眾抵抗運動
人民起義
女王和兒子都跑了，國內還抵抗個什麼勁兒。朱諾兵不血刃的占領了里斯本，隨即以皇帝的葡萄牙總督的身份開始了統治。葡萄牙人本以為倡導“自由民主博愛”的法國人應該人品都不錯，但是法國人自己做人不厚道，在葡萄牙境內燒殺搶掠無惡不作。老百姓終於坐不住了，開始發動起義。法國人對此進行了殘酷的鎮壓。其中羅遜（Loison）將軍鎮壓得特別賣力，殺的人特別多。這個人只有一條完整的手臂，人送綽號“獨臂人”（o Maneta）。由於他在鎮壓過程中的殘忍的表現，至今在葡萄牙語中還留有一句“見獨臂人去”（ir para o Maneta）的俗語，意思就是“你去死吧”。法國人的殘暴可見一斑。這時候英國人仗義了一把，派了一支軍隊在波爾圖登入，與地方民兵聯合起來向法國人發動了進攻。朱諾打了兩仗，敗下陣來，於是席捲著搶來的金銀財寶撤回了法國。
聯合抗法
這個時候，同樣是由於法國軍隊的拙劣表現，西班牙的民憤也被激了起來。後者宣布解除與法國的同盟關係。拿破崙惱羞成怒，率部親征西班牙。同時派尼古拉·蘇爾特（Soult）將軍率部取道加里西亞，由北向南的入侵葡萄牙。1809年，蘇爾特包圍了波爾圖。英國人又伸了把手，解了波爾圖之圍。第二年，不甘心的拿破崙組織了第三次遠征葡萄牙的軍隊，指揮官是安德烈·馬塞納（Massena）將軍。這一回再次取道西班牙，由上貝拉地區進入葡萄牙，打算像第一次一樣，直搗黃龍，一舉拿下里斯本。但是這回英葡聯軍在威靈頓公爵指揮下半道上就把法國人截了下來。截下來還不算完，英國人下令，宜將剩勇追窮寇，追之！一口氣把法國人趕回了西班牙。西班牙人一看英葡聯軍過來了，非常高興，大家都是想打法國人的，何不一起打呢？於是，幾百年來西班牙和葡萄牙第一次聯合起來共同對付法國。1814年拿破崙被迫退位，伊比利亞半島實現了和平。
巴西的發展
開發巴西
王室到了巴西之後，迅速在里約熱內盧建立起了完善的行政系統。由於這次的逃亡行動實屬匆忙，巴西沒有現成的建好的各項配套設施，但是國王大臣們要有落腳的地方啊，咋辦？徵用。看上了哪套房子，就在哪套房子門板上寫上P.R.，表示攝政王子（Príncipe Regente）徵用，房主要限期搬離。但是勤勞智慧的巴西人民將P.R.解讀為“你滾到大街上去吧”（Põe-te na Rua）。湊合了一陣子之後，若昂便開始著手改造里約熱內盧。除了修建了一批亭台樓閣之外，還建立了相關的機構，如銀行（巴西銀行）、學校、圖書館（皇家新聞圖書館Biblioteca Imprensa Real）、歌劇院等等，將里約熱內盧變成了一個實實在在的首都。
開疆拓土
除此之外，若昂還採取措施，開放了巴西市場——此前巴西只能與宗主國葡萄牙做生意。這項舉措一來是回應了講義氣的盟友英國人的要求，另一方面也大大方便了巴西商人。英國人在對巴西的貿易方面賺了不少錢，巴西也迅速的富有了起來。但是若昂王子發現，怎么偏偏他自己沒錢呢？奇怪了。估計是搞了太多的建設吧。但是即便是這樣，他也還是在1815年聯合英國對烏拉圭發動了進攻，並於兩年後攻占了蒙得維的亞，將烏拉圭併入了巴西的版圖。
1816年，女王瑪麗亞一世去世。若昂正式繼位，稱若昂六世，並將國王的稱號改為“葡萄牙與巴西聯合王國之國王”。
獨立起義
由於宗主國葡萄牙陷入了對拿破崙的戰爭，工業和農業遭到了極大的破壞；而得益於開放市場的政策，巴西又迅速的富有了起來，並且擺脫了對宗主國的依賴，獨立的思潮開始在巴西人中間蔓延。同時，由於若昂六世對烏拉圭用兵，加征了許多新的賦稅，更加加劇了當地民眾對這個流亡政府的不滿情緒。在烏拉圭被吞併的同一年，北方的伯南布哥（就是那個在發現黃金之前曾經是最富庶的省份）爆發了反對若昂六世、爭取巴西獨立的起義，並在雷西弗（Recife）市成立了第一個真正意義上的巴西政府。兩個月以後，在政府軍的圍困下，斷糧斷水的起義軍被迫繳械投降。但是，巴西獨立已經成為大勢所趨。
制憲會議
宗主國方面，拿破崙失敗之後，英國人還是賴在葡萄牙不走，不但保持十萬人的常備軍不復員，而且處處干預葡萄牙內政。面對著政治和經濟危機，葡萄牙民眾在忍無可忍的情況下在1820年8月24日發動了波爾圖起義，推翻了英國人的傀儡、葡萄牙督政府，並隨後在里斯本舉行了選舉，召開了制憲會議。這是自佩德羅二世以來第一次召開議會，而且一召開就是以制定憲法為目的的國民議會。這可以說是法國的侵略的另一個結果。雖然法國人將伊比利亞半島搞得滿目瘡痍、民不聊生，但是自由主義的思想卻被他們帶到了這片天主教根深蒂固的土地，改變了當地人民的思想。
制憲會議成立之後，立即向里約熱內盧請願，要求國王若昂六世即刻回國。本來國王還打算在巴西長期呆下去，誰不願意呆在更富饒的地方啊；但是這種情況下王室一家人再也賴不下去了。1821年6月，若昂六世啟程回國，將龐大的巴西交給了他的長子佩德羅管理。1822年9月23日，制憲會議頒布了憲法，宣布葡萄牙為君主立憲制國家。而 國王若昂六世大度的批准了這個限制他權利的憲法，並宣誓尊重憲法的地位。因此他得到了“寬容者”（o Clemente）的綽號。把國王穩住之後，制憲會議便發出函件要求佩德羅王子也回國，妄圖將與葡萄牙同等地位的巴西（都是王國，因為之前若昂六世用的是“聯合王國之國王”的稱號）再次降格為海外省，也就是殖民地的地位。正是這一紙公文激起了巴西人民爭取獨立的呼聲。
巴西獨立
巴西獨立--蘭卡的呼聲在巴西攝政的佩德羅王子對這片土地有很深的感情。王室逃亡到巴西的時候他僅僅八歲，所以他就是在這片土地上長大的；說他是巴西人民的兒子一點兒也不過分。長大以後他更是整天混跡於里約熱內盧的大街小巷，一點兒也沒有王子的樣子。母親若昂金娜王后一點也不喜歡他；為了將他拴住，特意為他挑選了哈布斯堡家族的一位公主與他成親。結婚了以後王子總算有了點兒正形。但是他與人民之間的聯繫並未因此而日漸疏遠。
制憲會議發函要求若昂六世回國的前夕，里約市民也發動了一場暴亂，要求國王回國；在這場規模不大的暴亂過程中，佩德羅王子充當了市民和國王之間的聯繫人。憑藉著他個人在市民中的威望，暴亂很快就平息了下來。也正是通過這起事件，國王看出來了王子的能力，於是決定將他留下來管理巴西。當制憲會議要求王子回國並試圖重新將巴西殖民化的時候，佩德羅王子本人也十分氣憤，怒道：“ 應該是四流國家和窮國葡萄牙併入一流國家巴西，而不是相反！”巴西當地的精英階層聞訊後立刻聚集到佩德羅王子周圍，極力要求他拒絕制憲會議，留在巴西。
1822年1月9日，佩德羅王子正式發表聲明：“為了所有人的利益，以及為了整個民族的福祉，我決定了：對大家說我要留下來。”這一天在巴西歷史上被稱為“留下的一天”。制憲會議聞訊後十分惱怒，立即照會佩德羅，宣布他的巴西政府為非法，並威脅派遣軍隊對巴西開戰。訊息送到佩德羅手中的時候是1822年9月7日，他和一隊騎兵剛剛結束訓練，正在伊皮蘭卡河畔飲馬休憩。看完信後他就將其丟到地上，翻身上馬，抽出寶劍，對他的士兵們喊道：“是時候了！不獨立毋寧死！我們和葡萄牙決裂了！”這句話史稱“伊皮蘭卡的呼聲”，9月7日後來也被定為巴西獨立紀念日。
制憲會議聞訊立即向巴西派遣了軍隊。就在葡萄牙人到達之前（現在我們可以分著說“葡萄牙人”和“巴西人”了）的10月12日，佩德羅在里約熱內盧宣布登基，號稱為“巴西皇帝及永久的保護者”。加冕式於12月1日舉行。這個新生國家與前宗主國之間的戰爭也隨即打響。但是戰鬥的規模都不大，巴西這方面本來就沒有多少常備軍，葡萄牙那邊廂也是剛和法國打完仗，元氣尚未恢復。兩邊就這樣你來我往得耗了幾年。最後還是若昂六世愛惜兒子，心說兒子混得不錯啊，我這邊墮落成君主立憲制的君主了，你那邊竟然當上了皇帝。好。承認了算了。1825年11月15日，葡萄牙正式承認了巴西的獨立地位。巴西三百多年的殖民歷史就此終結。
動盪晚年
其實老國王是有苦難言。大海那邊大兒子鬧獨立，家門口小兒子又起兵造反。剛才提到王后若昂金娜不喜歡大兒子，因為小兒子米格爾一世（D.Miguel）特別討人愛。小伙子長得帥氣，人也懂事，而且特有王子的派頭，不像他大哥整天跟老百姓混在一起。頒布憲法之後，許多大貴族反對君主立憲制，於是這些人便聚集在王后和米格爾王子周圍，形成了一股意圖復興專制制度的政治力量。看到哥哥在巴西開始鬧獨立，弟弟也坐不住了。
1823年5月27日，專制主義者們在米格爾王子的帶領下於弗蘭卡鎮發難，組織軍隊進攻里斯本，要求解散議會，廢除憲法。國王對反叛者們做出了讓步，將全國武裝力量總司令的頭銜封給了米格爾王子。但是，專制主義者們的目標還沒有完全達到，就是完全復辟君主專制制度。第二年四月王子再次發難，但是這次他們遭到了可恥的失敗。老國王宣布米格爾王子為不受歡迎的人，並下令將王子驅逐出境。米格爾灰溜溜的跑到了奧地利。1826年，窩窩囊囊的若昂六世去世了。傳說他是吃東西的時候噎死的。
