永正4年（1507），永正錯亂和兩細川之亂先後爆發。乘著細川氏陷入混亂，周防的戰國大名大內義興擁立足利義材上洛。永正5年（1508），企圖奪取細川氏家督地位的細川高國也起兵呼應。細川澄元和足利義澄戰敗，澄元逃往阿波。足利義材恢復將軍職位改名足利義稙，政權由大內義興和細川高國共同把持。
永正6年（1509），澄元發動反擊企圖復權，再敗逃亡。
永正8年（1511），在積蓄了2年力量後，細川澄元糾集畿內的勢力再度反擊進攻京都。足利義稙逃亡丹波並集合勢力重返。京都局勢緊迫。細川澄元方主將在丹波和山城間的要衝船岡山布陣。當時，大內義興動員了西國大部分大名包括尼子經久和毛利興元等，兵力遠勝過細川澄元方，而且澄元方的援軍赤松軍被阻於北攝津的伊丹城，澄元方形勢已然不利，再加上遭到夜襲，主帥細川政賢陣亡，最終崩潰。足利義稙重回京都。
細川家長期的動亂大大削弱了自身實力。即使是戰爭的勝利方大內義興和細川高國等人也沒有實質性的受益，細川高國雖然被任命為細川氏家督，但很快與足利義稙產生分歧，雖然追放了足利義稙，其後很快被細川晴元打敗。大內義興在這之後7年都忙於京都事務，致使領地局勢不穩，尼子氏乘機發展，這為後來尼子氏與大內氏長期的戰爭埋下了隱患。
史籍對這場戰役記述較少，從之後的情況看，其歷史意義大於戰略意義。一般認為應仁之亂拉開了戰國的序幕，但從應仁之亂到此戰的一段時間裡，戰國的環境相對還是平穩的，而此戰後，各大名獨立性進一步加強，戰爭也愈演愈烈，使日本進入了一個更為多紛爭的亂世。
