1938年12月成立。首相近衛文麿任總裁,外相、藏相、陸相、海相兼任副總裁。設第一部轄政治,第二部轄經濟。該院設聯絡委員會。在中國北平、上海、青島、漢口、廣州、廈門等地設有分支機構。
日本政府於公元一九三八年(昭和十三)十二月第一次近衛內閣時,為對華政策一元化,倡議對華中央機構設定論,而設立興亞院。因當時外務省認為,軍部對華占領地區,不僅有支配權,且握有對華外交許可權,起而反對,以致引起廣田弘毅及宇垣一成兩外相,發生辭職問題。於是興亞院執行對華政策時,外交除外,辦理有關政治、經濟及文化等事務。並監督在華特殊公司之營業。於北平、張家口、上海及廈門等地,設定聯絡部,擔當指揮現地工作。興亞院設總裁一人,由首相擔任。副總裁四人,由外相、陸相、海相及藏相(財政部長)四大臣擔任。為決定處理中日戰爭之最高方針,有興亞院會議之組織,由正副總裁及總務長官(初任為柳川平助)所構成。由於興亞院之設定,軍部除全面參與對華政策外,且有多數軍人直接擔任行政事務。一九四二年十一月,由於大東亞省之設立,興亞院無存在之必要而廢止。