白血病人的自身骨髓移植術（BMT）是需要在病人病情處於緩解期抽取其骨髓，保存備用。
（1）自身骨髓的採集和保存
自身骨髓移植不存在HLA配型問題，當病人病情緩解（完全緩解）時采其骨髓，抽髓在手術室進行，抽取部位也為髂棘與胸骨，所需有核細胞數為0.5～5×108/kg體重，抽出骨髓與保養液混和經不鏽鋼濾網過濾，然後在低溫或深低溫（零下196℃）保存備用。
（2）骨髓的淨化
雖然在完全緩解時抽取病人的自身骨髓，但此期骨髓中仍可有很少量的白血病細胞，若不把它們殺滅，這樣的骨髓將來再回輸給本人則仍會有疾病復發的可能，所以必須用一此方法去淨化骨髓，也就是盡最大可能去清除已採集骨髓中殘留的白血病細胞。目前套用的有物理方法（如高溫法等）、化學方法（如加入某種化療藥物與骨髓孵育而殺滅腫瘤細胞）和免疫方法等，後者是目前套用較廣的一種淨化手段，主要是使用單克隆技術，這猶如用飛彈去打飛機，要比高射炮準確和容易得多。其針對（腫瘤細胞）性很強。
（3）病人受髓前的預處理
預處理情況與異體骨髓移植大致相同，目前一般也用化療藥（環磷醯胺等）加放射線照射進行預處理。然後接受先前採集保存並已淨化的自身骨髓。受髓後周圍血中的白細胞大約2周可恢復到1000/mm3，淋巴細胞約需6周可達到移植前水平。
（4）自身移植後的併發症與處理
主要併發症為感染與間質性肺炎。因為輸入是自已的骨髓所以不存在排斥和GVHD的問題。對發生感染的情況要積極及時的給予處理，根據感染源的不同，可給予各種抗生素、抗黴菌藥等，由於目前對病毒感染一般無特效藥，所以如干擾素、無環鳥苷等病毒抑制劑實際上其預防作用大於治療作用。間質性肺炎如若發生，目前尚無治療良策，有認為預處理時放射線一次性照射間質肺炎發生率高，若改為分次照射則發生率低。
