概述
自然系統也叫天然系統，廣義上來說，原始的系統都屬於自然系統，它是宇宙巨系統中億萬年來天然形成的各種自循環系統，諸如天體、地球、海洋、生態及生態系統、氣象、生物等。它也是一個高階複雜的自平衡系統，如天體的先天運轉、季節的周而復始、地球上動植物的生態循環，直至食物鏈等維持人體生命的各種系統都是自動高速平衡的。系統內的個體按自然法則存在或演變，產生或形成一種群體的自然現象與特徵。
廣義上的自然系統包括生態平衡系統、生命機體系統、 天體系統、物質微觀結構系統以及 社會系統等等。
在自然界中，物質流的循環和演變是最重要的，自然環境系統沒有盡頭，沒有廢止，只有循環往復，並從一個層次發展到另一個層次。地球上所有生命賴以生存的自然系統是龐大而又複雜的，是由各種自然力量彼此交錯形成的。
自然系統與人造系統
人造系統都是存在於自然系統之中的，如人造衛星、海運船隻、機械設備等。人造系統和自然系統之間存在著界面，兩者互相影響和滲透。
近年來，人造系統對自然系統的不良影響已成為人們關注的重要問題， 如核軍備、化學武器、環境污染等。 自然系統是一個高階複雜的均衡系統，如季節周而復始地變化形成的氣象系統、食物鏈系統、 水循環系統等。自然系統中的有機物、植物與自然環境保特了一個平衡態。在自然界中，物質流的循環和演變是最重要的，自然環境系統沒有盡頭，沒有廢止，只有循環往復，並從一個層次發展到另一個層次。 原始人類對自然系統的影響不大，但近幾百年來，科技發展很快，它既造福於人類，又帶來危害，甚至災難，引起了人們極大的關注。例如， 埃及亞斯文水壩是一個典型的人造系統，水壩解決了 埃及 尼羅河洪水泛濫問題，但也帶來一些不良影響，如東部的食物鏈受到破壞，漁業減產； 尼羅河流域土質鹽鹼化加快，發生周期性乾旱，影響了農業；由於河水污染使附近居民的健康受到影響等。但如能運用系統工程方法來全面考慮，統籌 安排，有可能得到一個既解決 洪水問題又儘量減少損失的更好方案。
系統工程所研究的對象，大多是既包含人造系統又包含自然系統的複合系統。從系統的觀點講，對系統的分析應自上而下地而不是自下而上地進行。例如，研究系統與所處環境，環境是最上一級，先注意系統對環境的影響，然後再進行系統本身的研究，系統的最下級是組成系統的各個部分或要素。自然系統常常是複合系統的最上一級。
