脈衝場凝膠電泳
-大小標準物的製備
λ多聯體
1．以TE緩衝液懸浮λ多聯體（Boehringer MA寶靈曼公司產品），濃度為4μg/40μl。
2．用等體積TE配製的2％低熔點瓊脂糖（溫度保持在45℃）混勻。
圖3．移去混合液注入預冷的凝膠塊模具中。
4．室溫下用TE及100 mmol/L NaCl溶液溫育2天。
酵母染色體
1．從YPD（酵母提取物，蛋白腖和葡萄糖）培養基瓶皿中挑選單一克隆加入10ml
YPD預培養的肉湯中，30℃下劇烈震盪生長24小時，然後加入200ml YPD肉湯，劇烈振盪24～48h（產量大約100塊）。
2．4000×g轉速，離心10min，然後用50mmol/L EDTA/10 mmol/L Tris-HCl(pH7.5)溶液懸浮。
3．仍以4000×g轉速離心10min，再用SCE【1 mol/L 山梨醇，0.1mol/L枸椽酸鈉，pH5.8及10 mmol/L
EDTA (pH7.5)】溶液重懸。
4．取稀釋後的細胞懸液用Neubauer腔計數。
5．溶液短暫離心後，再用SCE重懸細胞，使40μl SCE溶液中含5×107個細胞（相當於80μl體積的模組中含有5×107個細胞）。
6．溶液與0.1mg/ml酵母扣糖酶100T和100mmol/Lβ-巰基乙醇混勻，37℃保溫15～30min。
7．細胞懸液與等體積的SCE配製的2％低熔點瓊脂糖凝膠混勻，保持在50℃。
8．將混合物移注入預冷的凝膠塊模具中。
9．凝膠塊用含10 mmol/L二硫蘇糖醇的SCE溶液37℃下振盪溫育1～2小時。
10．將凝膠塊移入蛋白酶緩衝液中，加入2mg/ml蛋白酶K，50℃溫育48h。
11．用50 mmol/L EDTA/10 mmol/L Tris-HCl(pH7.5)溶液洗滌凝膠塊3次，每次20min。
12．凝膠塊可用此混合液於4℃保存或不用漂洗直接裝載入凝膠中。
脈衝場凝膠電泳
-瓊脂糖凝膠塊中DNA的限制性內切酶消化
1．應使用消毒溶液及戴無菌手套以免DNA降解。
2．在Falcon試管中用1×TE溶液漂洗凝膠塊20min 3次，以去除EDTA。
3．混合：酶反應緩衝液（高、中或低鹽緩衝液），100
mmol/L亞精胺（只用於高鹽緩衝液狀態），10～20單位的內切酶。20單位的內切酶就足以過夜完全消化10μg DNA。
4．設立一個除內切酶成分外含有混合物各組分的陰性對照，以檢查是否有非特異性DNA降解。
5．將瓊脂糖凝膠塊加入反應混合溶液中：通常用消毒過的手術刀或套環將凝膠塊移入。
6．若兩種內切酶所需緩衝液條件一致，可以同時或先後用兩種不同的酶進行消化（先用低鹽緩衝液的酶消化，再調整鹽濃度）。倘若首次消化的酶要求50℃條件，在第二個酶消化時要換緩衝液。
7．若要進行部分消化，則首先在同一溫度和反應時間用1：10稀釋的酶進行嘗試。
凝膠電泳
PFGE'S Agarose有以下兩種：
LONZA公司 InCert瓊脂糖一、InCert瓊脂糖----兆鹼基片斷DNA製備獲準使用的瓊脂糖。
是一種極為有用的製備脈衝場凝膠電泳用染色體DNA樣品的低膠凝溫度瓊脂糖。研究證實InCert瓊脂糖凝膠可支持凝膠中染色體DNA的製備和限制性核酸內切酶消化。
⊙套用：脈衝場凝膠電泳。
⊙分析說明：膠凝溫度（1.5%）:26℃－30℃
硫酸鹽：≤0.15% 凝膠強度(1.0%：≥400g/cm2
熔化溫度（1.5%）：≤70℃
濕度：≤10%
EEO(-Mr)：≤0.10
LONZA公司 SeaKem Gold瓊脂糖二、SeaKem Gold瓊脂糖
是一種高凝膠強度，低EEO，標準膠凝溫度的瓊脂糖。這種遺傳學術級別（Genetic Technology Grade，GTG）瓊脂糖最適於脈衝場凝膠電泳法（pulsed field gel electrophoresis，PFGE）快速分辨Mb（megabase））50kb-10Mb）DNA和常規電泳方法分辨1-50kb的DNA與PCR產物。因其低EEO特性，SeaKem Gold瓊脂糖中的DNA電泳遷移速度要顯著的高於常規瓊脂糖凝膠。PFGE的跑膠時間依使用的緩衝液和瓊脂糖濃度的不同可減少至原電泳時間的50%。因其高凝膠強度，即使是使用低濃度（0.5%）的SeaKem Gold瓊脂糖凝膠，操作處理依然很方便，從而允許在常規電泳中分離更大的DNA片斷並減少PFGE中的DNA分離的耗時。
⊙套用：脈衝場凝膠電泳； 標準凝膠電泳分離大於23kb的DNA片斷；Mb大小DNA印跡。
⊙分析說明：
膠凝溫度（1.5%）:34.5℃－37.5℃
硫酸鹽：≤0.10%
凝膠強度(1.0%)：≥1800g/cm2
凝膠強度（1.5%）：≥3500g/cm2
濕度：≤10% EEO(-Mr)：≤0.05
