能仁古寺位於白雲山南面山麓登山公路的左側。廣州市白雲山建設管理處1995 年4月刻石《能仁寺簡介》記載：“該寺由幻寄、惟中建於清鹹豐、同治年間（按：1851—1874），其地即宋代之玉虹洞（又名‘玉虹澗’），澗上有小隱軒，為李昴英當年解職歸隱於文溪（按：今長塘街）後，慕白雲山之勝，在此疏泉鑿石，闢地為亭，雅集友朋吟唱之所。”同治年間《番禺縣誌》卷二十四載：“能仁寺在白雲寺東南，即舊玉虹洞故址，道光四年（按：1824）建寺，右有虎路泉。”1924年5月17日孫中山先生偕夫人宋慶齡在國民黨中央軍事部長、建國粵軍總司令許崇智，大元帥大本營秘書長古應芬以及邵元沖、黃惠龍、侍衛長馬湘等十多人陪同下，瀏覽了白雲山，並在能仁寺小憩。幾天后，又返回能仁寺休養。1937年日軍侵華，1938年10月廣州淪陷，能仁寺被日軍燒毀。1993年秋，在廣州市人民政府的重視和關心下，於原寺基位置上重建能仁寺，歷時一年多竣工。
能仁寺從北朝南，依山勢而建，前、中、後共有3座主體建築，分別是天王殿、大雄寶殿、慈雲殿。大雄寶殿左側建有六祖殿和地藏殿，右側建有供遊人香客小憩的小隱軒。整座能仁寺恢弘雄大，四面環山，樹木蘢蔥，清靜肅雅。占地1萬多平方米，建築總面積逾千平方米。
能仁寺的山門，為兩柱一門一樓牌坊，五架人字頂，磚、木、石結構。門額為原石，正面陰刻“能仁古寺”，上款“鹹豐元年（按：1851）孟冬轂旦”，落款“南海何庭修書”。背面門額陰刻行書“同登彼岸”。
山門後為拾階而上的幽徑，通上前殿—天王殿。天王殿建築面闊三間，進深兩間，迴廊周匝。建築平面總闊10.2米，總深6米，占地61.2平方米。重檐歇山頂，人字封火山牆做法。素瓦蓋面，灰色陶塑琉璃瓦筒，琉璃瓦當剪邊。梁、柱以及屋頂均用鋼筋混凝土搗制，四周檐下施以木斗栱。正門上方懸掛黑漆木匾額，陰刻“金剛法界”4個行書金漆大字。 正間前後開門口。兩次間前後牆上安裝木雕圓花窗，殿中正面供奉天王金漆塑像一尊，背面供奉韋馱金漆立像一尊。
天王殿左右建有鐘樓、鼓樓，各高兩層，其建築形制相似，歇山頂，人字封火山牆，頂尖立陶塑飛龍，八脊飛檐，各吊一個銅風鈴。四周檐下施以木斗栱。首層磚砌牆體，長、寬各4米。第二層牆體四面安裝有“亞”字形木格活動窗，每面四扇。外圍迴廊護欄。鍾、鼓樓與天王殿以圍牆相連。兩邊圍牆各開一山門通內外，天王殿後建有一長走廊，連線鐘鼓樓。
天王殿前為寬闊的地坪，面積469平方米，地面鋪砌邊長0.60少的花崗岩打磨方磚，邊緣三面砌有護欄，正面護欄下為石砌擋土坡牆，坡面用水泥塑出“無塵境界”4個紅漆大字。
中殿為大雄寶殿，面闊七間，進深五間，迴廊周匝。建築平面總面闊23.4米，總進深15.3米，建築占地面積358平方米。重檐歇山頂，人字封火山牆。九脊飛檐，正脊塑有三龍，中為蟠龍，左右為飛龍。飛檐上各塑一龍，龍頭朝正脊，飛檐下各吊一個銅風鈴，素瓦蓋面，灰色陶塑琉璃瓦筒，琉璃瓦當剪邊，四周檐下施以木斗栱。梁、柱、屋頂均以鋼筋混凝土搗制。正間開大門口，大門上方懸掛黑漆木匾額，陰刻“大雄寶殿”4個隸書金漆大字。次間、梢間正面牆上安裝“亞”字形木格窗欞，其餘三面為磚砌牆體。大雄寶殿占地面積1210平方米，周邊地坪鋪砌長0.60米的花崗岩打磨方磚，邊緣砌築石欄桿。正面石欄桿下為石砌擋土坡牆。殿內正中供奉三尊金漆立佛像，居中為釋迦尼佛，左為藥師佛，右為阿彌陀佛。兩梢間分別供奉十八羅漢金漆像。
大雄寶殿左邊為六祖殿和地藏殿，兩殿相連，坐北朝南。面闊六間20.4米，進深兩間8米，主殿前帶軒廊。硬山頂，人字山牆，以通花陶塑磚裝飾瓦脊，前坡頂為重檐，素瓦蓋面，灰色陶塑琉璃瓦筒，琉璃瓦當剪邊。梁、柱、屋頂為鋼筋混凝土搗制。六祖殿正間為大門口，大門口上方懸掛黑漆木匾額，陰刻“六祖殿”3個金漆大字。兩次間正面安置“亞”字形木格窗欞，其餘三面砌磚牆。正間供奉六祖金漆立像。地藏殿與六祖殿相仿，殿中供奉地藏王金漆立像。大雄寶殿右邊為玉虹澗、虎跑泉以及供遊人香客小憩的隱軒。
後殿為慈雲殿，與大雄寶殿建築相仿。面闊五間，進深三間，迴廊周匝。建築平總面闊16.2米，總進深10.2米，占地面積165.24平方米。正間大門上方懸掛黑漆木匾額，陰刻“慈雲殿”3個隸書金漆大字。殿內供奉觀音菩薩金漆佛像及金童玉女像。慈雲殿左上方為能仁寺後山門，可通往山頂公園，右方為茗靜苑，後方緊靠綠樹叢生的山坡，前方為開闊的地坪，慈雲殿占地面積540平方米。殿前地坪邊緣石欄桿下為石砌擋土坡牆。牆下有一泉眼，名為“甘露”。泉水不斷湧出，漫出泉台地面。
