結合的方式
胺基酸分子結合的方式是由一個胺基酸分子的羧基（—COOH）和另一個胺基酸分子的氨基
其中生成的水分子中的氫來自於氨基和羧基。以此類推，有多個胺基酸分子縮合而成的，含有多個肽鍵的化合物，叫做多肽。多肽通常呈鏈狀結構，叫做肽鏈。肽鏈能盤曲、摺疊，形成有一定空間結構的蛋白質分子。許多蛋白質分子含有幾條肽鏈，它們通過一定的化學鍵互相結合一起。這些肽鍵不呈直線，也不再同一個平面上，形成更為複雜的空間結構。例如,胰島素是一種蛋白質,含兩條肽鏈。
連線兩個胺基酸分子的化學鍵叫肽鍵。由兩個胺基酸分子縮合而成的化合物，叫做二肽（含有一個肽鍵）。以此類推，由多個胺基酸分子縮合而成的，含有多個肽鍵的化合物叫做多肽。
在細胞內，每種胺基酸的數目成千上百，胺基酸形成肽鏈時，不同種類胺基酸的排列順序千變萬化，肽鏈的盤曲，摺疊方式及其形成的空間結構千差萬別，因此，蛋白質分子的結構是極其多樣的。這就是細胞中蛋白質種類繁多的原因。
脯氨酸的脫水縮合
脯氨酸較為特殊，它沒有自由的α-氨基。脫水縮合時，雖同樣脫去兩個H原子和一個O原子，但所形成的肽鍵中沒有-NH-，其N原子不直接連線H原子，而與三個C原子相連。脫水縮合的計算
1.蛋白質中的肽鍵數=脫去的水分子數=胺基酸個數-肽鏈數2.蛋白質的相對分子質量=胺基酸分子個數×胺基酸平均相對分子質量-18x（脫去的水分子數）
3.若已知多肽中氮原子數為m，氨基個數為n，則縮合為該多肽的胺基酸數目為m-n+肽鏈數。
4.若已知多肽中的氮原子數為m，則縮合成該多肽的胺基酸數目最多為m。
5.蛋白質中氨基數=R基上氨基數+肽鏈數=各胺基酸中氨基總數-肽鍵數
6.蛋白質中羧基數=R基上羧基數+肽鏈數=各胺基酸中羧基總數-肽鍵數
7.C原子數=R基中C原子數+胺基酸個數×2
8.H原子數=各胺基酸中H原子的總數-脫水水分子數×2=R基中H原子數+（胺基酸個數+肽鏈數）×2
9.O原子數=各胺基酸中O原子的總數-脫水水分子數=R基上的O原子數+胺基酸個數+肽鏈數
10.）N原子數=各胺基酸中N原子的總數=R基上的N原子數+肽鍵數+肽鏈數
