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胡小石先生治學嚴謹，他繼承了清代乾嘉學者的研究方法，重視調查，講求實證。在他早年學習生物時，即服膺乾嘉安徽學者程瑤田治學之精。程經過實地調查考察，辯證九穀之名實，作《九穀考》，這對他的啟發很大。以後他所提出楚辭中一些名物訓詁的新解，都是經過調查求證得出的。抗戰時期，他在四川詳細調查了江津縣的方言，結合古今語音的變化，作《江津縣方言志》。在古文字音韻的研究上，他跳出等韻學的範圍，注意到戴東原、錢大昕重視聲轉的研究方法，特別是戴東原在《轉語二十章序》中提出：“疑於義者，以聲求之；疑於聲者，以義正之”的辯證方法，促使他撰寫《聲統表》，探求語音遞轉和對轉的規律。他研究《說文解字》一書，不同於一般學者簡單地將它看成一本字書，而是強調文字、聲音的統一。解放後，他曾為研究生開設《說文部首》一課，強調說文是一部聲書，在講課時，始終貫穿“以聲求義”這一原則。
他研究古文字，敢於突破歷來學者尊六書為圭臬的藩籬。他贊同清末吳大澂所提出的論點，認為《說文》中所引古文是戰國時期的文字，並作《說文古文考》以助吳說，考出《說文》古文每與晚周齊器銘刻相近。他並按年代和地域論述了自殷至戰國文字的三變，由方筆——園筆——纖筆的發展規律，並得出了銅器花紋和銘刻相應變化的規律。其論說見《齊楚古金表》、《古文變遷論》等著作中。當時一些學者，堅持六書體系，指甲骨刻辭為偽作，胡小石先生不顧反對，研討至勤。他在甲骨文字的詮釋上有所發現，而在甲骨文語法的研究上，有先導之功。早在一九二八年，他發表了《甲骨文例》一文，以客觀的態度，從許多例句的分析排比和辭彙在句中的地位，來說明辭彙的性質。這一科學的研究方法，有力地批判了當時以武斷想像來解釋甲骨文的錯誤觀點。
胡小石先生的書學理論，是吸收了李瑞清以治經方法論書的體系。他從甲骨鐘鼎簡牘碑帖中綜合探討，論述幹源支派、風格造詣，並詳細剖析。解放後，他力圖用歷史唯物主義的觀點來闡述書藝發展規律。他提出創造書藝的是勞動人民，在此基礎上發展提高，才出現了專家。他認為書體的產生，不能歸功於某一個人，而是時代發展，孕成風氣所致。他對臨書的三步驟：用筆、結體、布白，均有研究。從他的代表作《書藝略論》中，可以看出已融合南北書流，注意碑帖並重。他吸收沈曾植的書學特長，全面地論述了我國的書藝特色。
胡小石先生很早就開設《中國文學史》一課，他以焦里堂提出“一代又一代之勝”的觀點，闡述我國歷代文學的發展和流變，頗多創見，並由《中國文學史》一書問世。他曾開設歷代作家作品專題課多種，特別以楚辭、杜詩見長。
