計算口徑
就稅法的一般原理而言，股權轉讓與其他財產轉讓一樣，其收益的性質屬於資本利得。資本利得的計稅基礎(tax base)為轉讓財產所獲得的收入與被轉讓財產的取得成本之間的差額。 套用國家稅務總局檔案的表述方式，股權轉讓所得為企業“轉讓股權投資的收入減除股權投資成本後的餘額” 或者“股權轉讓價減除股權成本價後的差額” 。
但是，股權轉讓所得與其他財產轉讓所得有一個很大的不同，在於它並非單純的財產處置收益，還可能包含了“持有收益”的成分，即轉讓人在持有股權期間基於被投資企業經營活動的利潤而應享有的權益增長部分。如果被投資企業將這些新增盈利全部分配給股東，它們就成為股權持有人的股息所得。但是，企業基於法律要求以及經營需要都不會進行全額分配。未分配的盈餘留存於被投資企業，就構成資產負債表中的“盈餘公積金”或“未分配利潤”。對股權持有人來說，這些保留盈餘通常增加了股權的內在的價值並在其處置股權時得以實現，以資本利得的形式表現出來。
依照我國現行企業所得稅法，股息性所得與財產轉讓所得的稅收待遇完全不同。股息性所得作為投資方從被投資方獲得的屬於已徵收過企業所得稅的稅後利潤，原則上，內資企業對這部分所得實行稅收抵免，僅就差額稅率部分補交所得稅; 外商投資企業從其他企業分得的股利則完全免稅。 相反，財產轉讓所得需要全部併入企業的應稅所得額，依法繳納企業所得稅。對於股權轉讓所得而言，這就相當於股權轉讓所得中內含的股息部分(即持有收益)承擔了雙重稅賦。
在股息與資本利得稅負不同的情形下，稅法上如何規定股權轉讓所得的計算口徑，是否確認其中可能存在的持有收益，對於企業納稅人轉讓股權的行為，特別是轉讓時機的選擇，有直接的影響。具體來說，如果稅法不區分“持有收益”與“處置收益”，而是要求將股權轉讓價與成本價的差額全部作為應稅所得，則股權持有人將傾向於在被投資企業將留存收益全部分配之後進行股權轉讓，從而最大限度地利用股息免稅的好處。相反，如果稅法規定，股權轉讓所得中的“持有收益”部分可視為股息，則股權持有人就不會太在意被投資企業的利潤分配。因為，不論被投資企業分配與否，股權轉讓人都可以從作為計稅基礎的股權轉讓所得中，剔除對應於被投資企業留存收益部分的“持有收益”。
稅法規定
我國最早提出對股權轉讓徵稅的法律檔案，是1994年財政部發布的《企業所得稅暫行條例實施細則》，不過，具體的計征辦法是在國家稅務總局數年後出台的規範性檔案中逐漸明確的。因循企業所得稅內外有別的傳統，在股權轉讓收益徵稅問題上也出現了內、外資企業各自適用的規章：
—— 對於外商投資企業，1997年4月，國家稅務總局發布了《關於外商投資企業合併、分立、股權重組、資產轉讓等重組業務所得稅處理的暫行規定》(國稅發 71號)，以下簡稱《外資重組規定》)，對外商投資企業的股權轉讓收入如何徵稅作出了明確而具體的規定。
——對於內資企業，國家稅務總局在1998—2000年間先後出台了一系列的規定，包括《企業改組改制中若干所得稅業務問題的暫行規定》(國稅發97號，以下簡稱《內資改制規定》)，《關於企業股權投資業務若干所得稅問題的通知》(國稅發118號，以下簡稱《股權投資通知》)、《國家稅務總局關於企業合併分立業務有關所得稅問題的通知》(國稅發119號)等。
在上述規範性檔案中，國家稅務總局在1997—98年間實行的政策是區別股權轉讓所得中的“持有收益”與“處置收益”，將“持有收益”作為股息性所得看待，免予納稅。1997《外資重組規定》與1998《內資改制規定》對此的表述幾乎完全一致：
股權轉讓收益或損失一股權轉讓價一股權成本價
股權轉讓價是指股權轉讓人就轉讓的股權所收取的包括現金、非貨幣資產或者權益等形式的金額；如被持股企業有未分配利潤或稅後提存的各項基金等股東留存收益的，股權轉讓人隨轉讓股權一併轉讓該股東留存收益權的金額(以不超過被持股企業帳面分屬為股權轉讓人的實有金額為限)，屬於該股權轉讓人的投資收益額，不計為股權轉讓價。
然而，2000年以後，國家稅務總局似乎改變了以往的做法，在其發布的《股權投資通知》中，不再區分“持有收益”與“處置收益”，而是將整個股權轉讓收益視為資本利得，其規定如下：
企業股權投資轉讓所得或損失是指企業因收回、轉讓或清算處置股權投資的收入減除股權投資成本後的餘額。企業股權投資轉讓所得應併入企業的應納稅所得，依法繳納企業所得稅。
《股權投資通知》並沒有界定股權轉讓的概念，也沒有明確自己的適用範圍，只是在通知的最後有一條：“此前規定與本通知規定不一致的，按本通知規定執行。”由此，在實務中引發了關於《股權投資通知》與《外資重組規定》、《內資改制規定》之間的效力關係的爭議。多數人理解《股權投資通知》取代了《內資改制規定》的規則，股權轉讓中不得再確認並扣除持有收益。一些人甚至認為《外資重組規定》確認持有收益的規則也不再適用。實踐中也出現了大量將股權轉讓時機與利潤分配聯繫起來的稅收籌劃。
依一般法理，《股權投資通知》主要是與《內資改制規定》的衝突。企業改制、改組中一般都會涉及股權轉讓，因此，《股權投資通知》的適用範圍與《內資改制規定》存在很大重疊。至於《外資重組規定》，其引言部分表明依據的是《外商投資企業和外國企業所得稅法》，而《股權投資通知》開篇則說明其“依據《企業所得稅暫行條例實施細則》……”，且企業所得稅的內外有別也是我國長期以來的做法，因此，從法理上看，外商投資企業的股權重組應可以繼續適用《外資重組規定》。
