需要套用專用的Karl Storz視頻輔助設備（肛瘺鏡套裝）。
關鍵步驟是使用肛瘺鏡，在直視下準確定位肛瘺內口，電灼徹底破壞瘺道，用吻合器或皮瓣推移封閉內口，最後採用直腸內吻合口周圍再次加固縫合吻合口、清潔瘺道內灌注氰基丙烯酸酯（組織快速粘合劑）以增強內口封閉效果。
1. 麻醉體位：採用椎管內麻醉，取截石位。
2.器械準備：
VAAFT有一個治療包，包括肛瘺鏡（德國Karl Storz公司製造）、一個氣密裝置（閉孔器，充填器）、一個單極電極、一個鏡刷、0.5ml合成氰基丙烯酸酯（義大利製造，用於快速組織粘合）。
肛瘺鏡有一個8度角的目鏡和光源通道，也有一個操作/沖洗孔，直徑是3.3X4.7mm，可操作長度是18cm。有一個可拆卸手柄方便操作。
肛瘺鏡有兩個分接口，其中一個可連線的1%甘氨酸甘露醇溶液（5000毫升袋），其用量根據瘺口的位置而定。
3.第一階段是診斷階段：
目的是要正確找到肛瘺的內口和可能瘺管分支或感染腔。通過外口插入肛瘺鏡，注入甘氨酸甘露醇，充填器顯示在畫面的下緣，以確保肛瘺鏡的正確方向。
4. 肛瘺的走行會清晰的顯示在螢幕上。有時外口周圍有非常堅硬的瘢痕組織，常須切除這些瘢痕組織以保證肛瘺鏡可以插入。插入肛瘺鏡然後等待甘氨酸甘露醇溶液打開瘺道。可以通過上下左右輕柔的動作緩慢的推進肛門鏡，這些操作是為了讓肛瘺可以適應或容納肛瘺鏡，進而拉直瘺管，椎管內麻醉可以確保這一操作。通過不斷的噴射溶液以確保管腔內最佳的視覺效果。直到內口位置。
這時，助手肛門內插入牽開器（肛鏡），把手術室的照明燈調暗，可以再直腸上清楚的看到肛瘺鏡的照明燈光（上圖）。有時內部的開口很窄，只能通過觀察直腸黏膜背後的肛瘺鏡光口的位置確定內口。
5.醫生在內口邊緣縫合2-3針，以作為標記，而不是關閉內口的時間。（下圖）
6.第二階段是手術階段：
在這個階段的目的是瘺管壁的破壞、清潔和內口的封閉。
首先，我們取出充填器，更換電極，在直視下連續破壞瘺管壁。
沿著瘺管壁一點一點的將瘺管壁燒灼為白色碎片，注意不要忽略任何的感染組織和瘺管分支。
鏡刷清除壞死組織，當瘺管是直行時，也可用福克曼勺挖出。
連續用沖洗液噴射以確保壞死組織通過內口進入直腸，內口雖然被縫針標記，但未被關閉。
7.操作返回到直腸，為了移除內口，助手拉直標記線，使內口呈火山口狀，插入吻合器，放置在內口基底部，完成機械切割與吻合。這個過程可根據內口的位置由半圓形吻合器或直線吻合器來完成（下圖）。
往往內口周圍往往都有一些瘢痕，如果這些瘢痕比較厚或堅硬的話，吻合器往往很難達到很好的閉合效果，我們更喜歡用黏膜瓣或皮瓣來完成內口的封閉（下圖）.
內口必須關閉。在手術結束前，套用0.5毫升合成氰基丙烯酸酯（組織速粘膠），通過細小的導管，注在吻合口上，以加強縫合封閉並確保內口是完全封閉的。這種導管可以通過肛瘺鏡手術通道準確定位，如果瘺是直的，可以直接通過手術通道直接注入而不用肛瘺鏡。氰基丙烯酸酯禁止放置在瘺道中，因為瘺道必須是開放的，以確保讓分泌物排出。
