舊肇慶水師營設立後，1653年（順治十年，永曆七年）肇慶發生了一場大戰役。
從三月二十六日開始，明舊將李定國從廣西沿江而下，親自指揮部隊架梯攻城。清肇慶總兵許爾顯據城頑抗，抽調一批精兵用繩索縋下城外，反擊攻城之兵，奪得攻城用的梯子一百多架。李定國見強攻無效，改用挖掘地道透入城中的戰術，命令將士用布袋盛土堆積為牆，栽木成柵，輔以挨牌作掩護，利用鳥槍狙擊清軍，暗中組織人力開挖地道。許爾顯察覺了明軍的意圖，就在城內挖掘一道同城牆平行的深溝，準備李部士卒開挖的地道一旦透入城內即可及時發覺，在深溝地道中展開肉搏戰。由於李軍勢大，許爾顯雖竭力防禦，但難以持久，迫不及待地向廣州呼籲急派援兵。
坐鎮廣州的清平南王尚可喜深知局勢危險，他分析了四面之敵，說道：“余無足慮者，破李定國即自相解散耳！”於是，他親自率領平南、靖南（耿繼茂）兩藩主力趕赴肇慶。到達肇慶後，尚可喜登上城牆仔細觀察了雙方戰守形勢，對部下將領說：“吾所憂乃不在此。”意思是肇慶城牆堅固，易守難攻；他帶領的廣東清軍主力到達之後，雙方兵力對比懸殊的局面也已經改變，李定國軍攻下該城的可能性不大。但是，廣州清軍主力既然調到了肇慶，萬一李定國派人同潮州郝尚久聯絡，命郝部破釜沉舟趁虛西攻廣州，那么，他就將在肇慶重蹈孔友德桂林之戰的覆轍。因此，他通知留守廣州的耿繼茂派出鐵騎扼守三水縣西南面的木棉頭渡口，切斷李定國同郝尚久之間的聯繫通道。耿兵到達指定位置後，果然遇到李定國遣往潮州聯絡的一支小部隊，清軍乘這支李軍渡河到一半的時候發起攻擊，格殺數百人，挫敗了李定國的戰略意圖。尚可喜解除了後顧之憂，即著手全力對付李定國軍。四月初八日，他下令從東、西炮台各鑿一側門，出其不意地衝出城外奪取李軍所挖地道。為了鼓舞士氣，他高懸賞格：“有能出城奪賊地道者，人賞銀五十兩。”重賞之下，必有勇夫，清軍士卒拚死賣命，蜂擁向前。儘管李軍“炮火如雨”，清軍以挨牌遮擋頭部，持刀奮進，奪取了李軍的地道口，隨即放火熏燎地道內隱藏的李軍，死者不知其數。李定國被迫離城五里下營。尚可喜初戰得勝，趁明軍立足未穩之際，派主力由西、南兩門出攻李定國設在龍頂岡的營壘。鑒於李軍作戰時用長幅布纏頭、棉被遮身，刀箭難以奏效，尚可喜給士卒配備了一丈五尺長的撓鉤長槍，終於突破了李軍陣地。
李定國強攻肇慶既被擊退，原寄希望的鄭成功、郝尚久軍又杳無訊息，他審時度勢決定主動撤回廣西。第一次進攻廣東的戰役就此結束。按清方記載，李定國在肇慶戰役中雖然未能得手，兵員損失並不多，每次戰敗捐軀者都只有幾百人。值得注意的是，尚可喜、耿繼茂在李定國開始進攻肇慶時膽戰心驚，惟恐落到孔有德的下場，向清廷請派援兵。五月，清廷命駐防江寧昂邦章京哈哈木為靖南將軍與梅勒章京噶來道噶率軍往廣東增援。援軍到達時，肇慶戰役早已結束，遂轉用於鎮壓潮州郝尚久部。
