歷史背景
由於弘光朝廷的一味退縮，使得清廷乘機站穩了腳根。1664年10月間，多爾袞決策分兵兩路征服中國。具體部署是：一路由英親王阿濟格、平西王吳三桂、智順王尚可喜等統兵取道山西北部和內蒙古進攻陝北，得手後向南推進，摧毀以西安為中心的大順政權；另一路由豫親王多鐸、恭順王孔有德、懷順王耿仲明等率領南下，消滅弘光朝廷。
弘光政權地域遼闊，物產豐盈，兵員及後備力量最大，結果卻為“聯虜平寇”方針所葬送，數十萬官軍叛降清朝，反過來為滿洲貴族征服江南各地效犬馬之勞。隆武以後，朝廷改變方針，由“聯虜平寇”轉為聯合農民軍共同抗清。
而清朝統治者同“關內”各種勢力進行爭奪，頻繁的戰爭造成大量的人民流離失所，衣食無著。於是在中國很多地區出現了眾多農民軍的情況，這些農民軍為了自己的生存而進行了大規模的反抗清朝活動，他們或單獨抗擊清朝，或聯合南明勢力進行反抗清朝。
推行過程
農民軍和清軍的較量
順軍在山海關戰役中是在同吳三桂部激戰了兩天之後才被清軍主力擊敗的，兵力收縮到陝西一帶迎戰阿濟格一路兵馬，勝負還不知。當時李自成已經得到了清軍將進犯陝北的情報，在陝北地區鎮守延安的有大順政權所封毫侯李過（改名李錦），鎮守榆林的是高一功，他們都是李自成的親信，兵力相當可觀。李自成計畫在陝北打一個大勝仗，狠煞清軍威風。因此，親自率領大批精兵猛將由西安源源北上。《洛川縣誌》記載：“自成遣其部偽侯劉、賀、辜、高等來援。已而，自成親至，率偽汝侯劉宗敏踞洛浹旬。” 《白水縣誌》也記載：“清順治元年冬十二月，賊闖自同州逾白（水），北趨延安逆戰。未幾，復自延安逾白（水）趨同（州）。” 這證明，在甲申之冬，李自成統領西安地區的大順軍主力取道同州（今陝西大荔縣）、白水，一直進到洛川，離延安已經不遠了。如果清方戰略計畫沒有發生變化，那么，李自成、劉宗敏指揮大順軍主力和李過、高一功部陝北駐軍同阿濟格部清軍決戰，勝負尚在未定之天。阿濟格部一旦戰敗，大順軍勢必乘勝追擊，華北局勢就將改觀。
然而，就在這個關鍵時刻清廷改變了多鐸部的進軍方向，原因是駐守山西平陽（今臨汾）和河南西部的大順軍向河南懷慶地區發動了反攻，並且取得了勝利。大順軍的懷慶戰役是在清廷命將出師以前部署的。十月初四日，山西垣曲大順軍馬、步二萬餘人已經向東推進；同日在河南蘭陽（今蘭考縣）又出現一支大順軍隊伍帶有“許多旗幟、馬匹欲渡未渡”，有渡河進攻銅瓦廂（由於黃河改道，現銅瓦廂在黃河南岸東面）的跡象。十月初六日，清河南巡撫羅繡錦向朝廷發出了緊急求派援兵的奏疏，其中說：“該臣看得西賊盤踞垣曲，漸至濟源、狐嶺，各路分賊狡詐多端。懷屬地方正沖兩路，而潞安（今山西長治市）一股直抵彰屬（指彰德府，府治在今河南安陽市），均可慮也。臣已分調守衛（指衛輝府，府治在今河南汲縣）之卒以接應，又報南岸賊兵沿河窺渡。伏乞敕部將臣前請大兵速催馬兵兼程前來協力掃蕩，而戰守俱有賴矣。” 同月十五日羅繡錦又向清廷發出“為緊急塘報事”啟本，說：“馬賊一萬有餘，步賊二萬有餘，後未到者還有五六萬，要克取懷（慶）、衛（輝）等府，見今離懷三十里外紮營。賊之狡謀，其意不止在懷屬，而意欲占據河口。況大河以南，尚有賊氛，萬一通聯，勢所難圖。伏乞亟敕兵部，速催大兵星夜兼程前來，以濟救援。”
懷慶戰役從十月十二日開始，大順軍連續攻克濟源、孟縣，清懷慶總兵金玉和領兵出戰，在柏香鎮幾乎全軍覆沒，金玉和與副將常鼎、參將陳國才等均被擊斃。 大順軍乘勝進攻懷慶府治沁陽縣，清衛輝總兵祖可法連夜帶領軍隊進入沁陽固守待援。訊息傳到北京，多爾袞大為震驚。他認識到如果讓多鐸按原定計畫統軍下江南，畿輔、山西、河南的防守兵力嚴重不足，後果不堪構想。因此，他立即下令多鐸改變進軍方向，由南下轉為西進，先解沁陽之圍，然後進攻潼關，打開入陝門戶，同阿濟格部清軍南北合擊大順軍。上引《洛川縣誌》記載李自成、劉宗敏統領大軍北上，走到洛川時忽然停留了整整十天，惟一可以解釋的原因就是已經得到多鐸部清軍向潼關推進的訊息。在北面和東面都出現強敵壓境的情況下，大順軍領導集團立刻陷於左右為難的被動地位。李自成只好頓兵不進，等待進一步的訊息，何方吃緊即率主力馳向何方。這說明，大順軍發動的懷慶戰役雖然取得了局部的勝利，卻改變了整個戰略態勢，把兩路清軍主力都吸引到自己方面來了。
南明政權的反應
擁護魯王朱以海的張煌言多鐸部清軍暫緩南下，使南京的弘光朝廷得以繼續苟延殘喘，其統治集團的決策人物如朱由崧、馬士英、等僥倖圖存和敵視農民軍則暴露得淋漓盡致。在阿濟格、多鐸兩大主力全部投向陝西戰場同大順政權一決雌雄的時候，清廷在畿輔、山東、豫東部署的兵力相當有限，只留下肅親王豪格帶領為數不多的軍隊扼守黃河。甲申、乙酉（1644—1645）之交，多鐸部同大順軍展開潼關戰役時，南明河南總兵許定國駐守於睢州，私下派人同清方接洽投降事宜，豪格回信讓他把兒子送來充當人質，而對於許定國要求派清軍過河接應則以“未奉旨意”加以拒絕。這不僅證明豪格所部清軍數量不多，而且說明清廷實權人物多爾袞也深知自己在整個華北地區兵力單薄，不敢輕舉妄動，以免同南明軍隊發生正面衝突。
當時有大臣建議“建州精騎盡往征闖，北直、山東一帶皆單虛”，江西總督袁繼鹹也上疏說：“闖為虜敗，雖可喜，實可懼。虜未及謀我者闖在耳。闖滅，非江南誰事？” 王永吉、袁繼鹹的奏疏都是在清軍擊敗大順軍、占領西安以後，主張趁清軍主力仍在陝西的時機派軍北上。就戰略而言已經遲了一步，但畢竟提出了積極防清是當務之急。可是，大學士馬士英、史可法惟恐出兵黃河流域收取山東等地，將觸怒清廷，引火燒身。按兵不動，讓清廷得以集中兵力打敗大順軍，控制區擴大到整個北方。多爾袞等清廷決策人敢於在幾個月時間裡把幾乎全部主力投入西北一隅，正是依據各方情報，估計到弘光朝廷不會有什麼動作。東線無戰事，給滿洲貴族提供了利用漢族內部紛爭各個擊破的大好機會。弘光朝廷愚不可及地推行消極避戰的“借虜平寇”政策，直接導致了自身的覆亡。
農民軍的失敗
潼關戰役和多鐸部清軍占領西安以後，農民軍收到重創。李過、高一功等大順軍舊部為了同李自成統率的主力會師，採取的路線是由陝西漢中入蜀，順長江東下湖北。不料，鎮守漢中地區的大順軍舊部賀珍、羅岱、黨孟安、郭登先四將卻已變節降清， 公然動武阻擊李過、高一功等部大順軍過境。經過一翻激烈的戰鬥，李過、高一功等部終於衝破了賀珍等的防區， 由漢中南下四川太平、東鄉、達州、夔州等處，然後順江東下，在1645 年夏抵達湖北省荊州地區。這就是大順軍放棄西北向南撤退的西路軍。從清軍進攻陝西開始，李自成同李過、高一功等就再也沒有見過面。從後來的情況看，李自成、劉宗敏統率的大順軍主力（即東路軍）遭到阿濟格部窮追猛打，領袖人物犧牲，實力損失很大，部下餘眾各奔前程，有的降清（如王體忠等），有的依附南明何騰蛟（如郝搖旗），有的孤軍作戰（如劉體純），有的轉入李過、高一功部下；而李過、高一功領導的經四川入湖廣的部隊卻成了後期大順軍聯明抗清的主力。
1645年正月下旬到三月中旬，李自成親自統率的大順軍集中在河南省西南部地區。
大順軍在連續遭到清軍重創後，實力損失很大，士氣低落，為東下南京而準備的幾萬條船隻也被清軍繳獲，兼之多鐸部清軍已從河南歸德（今商丘）、安徽泗州直趨南京，原先的戰略意圖已經無法實現。他不得不改變進軍方向，準備穿過江西西北部轉入湖南。五月初，李自成行至湖北通山縣境九宮山下，突然遭到當地地主武裝的襲擊。當時跟隨在他身邊的只有義子張鼐和二十餘名士卒，當地團練不知道這就是大順軍，更不知道李自成就在這二十餘人之中，就一擁而上。混戰當中，李自成和隨從侍衛被擊殺。李自成的犧牲標誌著大順政權的最終覆滅，大順軍餘部從此在聯明抗清鬥爭中揭開了新的篇章。
農民軍和南明的聯合
南京弘光朝廷在多鐸統領的清軍面前幾乎毫無抵抗，就土崩瓦解了。南明原來擁兵自重的江北四鎮和左夢庚部軍隊都爭先恐後地向清朝投降。這種離奇的現象，對各方面都產生了極大的影響。大順農民軍元氣大損，陷於群龍無首的境地，不再扮演逐鹿中原的主角。
南明時期抗清的鄭成功形勢萬分危急之際，大順農民軍餘部出現在抗清鬥爭最前線，挽救了危局。自李自成於1645年戰死於九宮山後，他的餘部分為二支，分別由郝搖旗、劉體純和李過、高一功率領，先後進入湖南，與明湖廣總督何騰蛟、湖北巡撫堵胤錫聯合抗清。1647年，郝搖旗部護衛逃來廣西的永曆帝居柳州，並出擊桂林。年底，大敗清軍於全州，進入湖南。次年，大順軍餘部又同何騰蛟、瞿式耜的部隊一起，在湖南連連取得勝利，幾乎收復了湖南全境。這時，廣東、四川等地的抗清鬥爭再起，清江西提督金聲桓、清廣東提督李成棟、清廣西巡撫耿獻忠、清大同總兵姜鑲、清延安營參將王永強、清甘州副將米喇印先後反正回歸明朝，清軍後方的抗清力量也發動了廣泛的攻勢。一時間，永曆政權名義控制的區域擴大到了雲南、貴州、廣東、廣西、湖南、江西、四川七省，還包括北方山西、陝西、甘肅三省一部以及東南福建和浙江兩省的沿海島嶼，出現了南明時期第一次抗清鬥爭的高潮。
但永曆政權內部仍然矛盾重重，各派政治勢力互相攻訐，農民軍也倍受排擠打擊，不能團結對敵，這就給了清軍以喘息之機。1649—1650年，何騰蛟、瞿式耜先後在湘潭、桂林的戰役中被俘殺，清軍重新占領湖南、廣西；其他剛剛收復的失地也相繼丟掉了。不久，李過之子李來亨等農民軍將領率部脫離南明政府，轉移到巴東荊襄地區組成夔東十三家軍，獨立抗清。這支部隊一直堅持到1664年。
綜觀1645-1651年間，南明軍與清軍作戰中，敗多勝少，大批南明的軍隊先後降清。先後丟失了江蘇、安徽、浙江、江西、福建、兩廣、兩湖等等領地，地盤盡失。直到以孫可望為主的大西軍加入，再次改變了整個局勢。
張獻忠於1646年戰死後，以其義子孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇等人為主的大西軍殘部自1647年進占雲南、貴州二省。1652年，南明永曆政權接受孫可望和李定國的建議聯合抗清建議，定都安龍所。不久，以大西軍餘部為主體的南明軍對清軍展開了全面反擊。李定國率軍8萬東出湖南，取得靖州大捷，收復湖南大部；隨後南下廣西，取得桂林大捷，擊斃清定南王孔有德，收復廣西全省；然後又北上湖南取得衡陽大捷，擊斃清敬謹親王尼堪，天下震動。同時，劉文秀亦出擊四川，取得敘州大捷、停溪大捷，克復川南、川東。孫可望也親自率軍在湖南取得辰州大捷。東南沿海的張煌言、鄭成功等的抗清軍隊也乘機發動攻勢，接連取得磁灶大捷、錢山大捷、小盈嶺大捷、江東橋大捷、崇武大捷、海澄大捷的一連串勝利，並接受了永曆封號。一時間，永曆政權名義控制的區域恢復到了雲南、貴州、廣西三省全部，湖南、四川兩省大部，廣東、江西、福建、湖北四省一部，出現了南明時期第二次抗清鬥爭的高潮。
之後，劉文秀於四川用兵失利，在保寧戰役中被吳三桂僥倖取勝。而孫可望妒嫉李定國桂林、衡州大捷之大功，逼走李定國，自己統兵卻在寶慶戰役中失利。東南沿海的鄭成功也在漳州戰役中失利。所以明軍在四川、湖南、福建三個戰場上沒能擴大戰果，陷入了與清軍相持的局面。之後李定國與鄭成功聯絡，於1653年、1654年率軍兩次進軍廣東，約定與鄭會師廣州，一舉收復廣東，但鄭軍屢誤約期，加上瘟疫流行，導致肇慶戰役和新會戰役沒能成功。但鄭成功部隊並沒有閒著，1656年，鄭軍取得泉州大捷，1657年又取得護國嶺大捷。
最終結果
1656年（永曆十年），孫可望秘謀篡位，引發了南明內部一場內訌，李定國擁永曆帝至雲南，次年大敗孫可望，孫可望勢窮降清。孫可望降清後，西南軍事情報盡供清廷，雲貴虛實盡為清軍所知。1658年（永曆十二年）四月，清軍主力從湖南、四川、廣西三路進攻貴州。年底吳三桂攻入雲南，次年正月，下昆明，進入雲南，永曆帝狼狽西奔，磨盤山血戰。這時鄭成功趁清軍主力大舉攻擊西南之際，率領十餘萬大軍北伐，接連取得定海關大捷、瓜州大捷、鎮江大捷的勝利，一度兵臨南京城下，然而鄭軍中了清軍緩兵之計，最終失敗，撤回廈門。清軍派大軍圍攻廈門，企圖一舉殲滅鄭成功，但鄭成功沉著應戰，取得廈門大捷的勝利，穩定了東南沿海局勢。1661年（永曆十五年），吳三桂率清軍入緬，索求永曆帝，十二月緬甸國王將永曆交於清軍，次年四月永曆帝與其子等被吳三桂處死於昆明。七月，李定國在真臘得知永曆帝死訊，亦憂憤而死。而同年五月，鄭成功亦於台灣急病而亡。
永曆帝被害後，中國較大規模抗清活動就只有夔東十三家與鄭成功在台澎金廈1662年清軍開始對其進行絞殺，1664年，夔東十三家軍抗清失敗，首領李來亨全家自焚，大明王朝在大陸地區的抵抗運動結束。
評價
農民軍和封建政權能夠走到一起抵抗清軍，它反映了南明有識之士已經看到國內民族矛盾上升為主要矛盾這一客觀事實。 南明軍與大順軍的合作，雖然使抗清力量增強了不少， 但是聯寇抗清還是失敗，一個原因是南明政權政治腐敗和政權內部不和，南明隆武至永曆朝廷中的官紳大多數是把聯合農民軍作為權宜之計，內心裡往往對農民軍深懷敵意，私下甚至在某些公開場合仍斥之為“賊”。每當形勢危急之時，他們把農民軍推到第一線，喘息方定就以種種藉口支開農民軍。有限的財力都用於培植雜牌“官軍”和召募“親兵”。使清軍有逐一擊破的機會。 同時缺乏一個有系統的抗清計畫。擁立南明君主的人如馬士英、阮大鋮、孫可望、鄭芝龍之流，其所以擁立君主完全是出於個人的利益。他們爭權奪利，苛斂於民，對於戰況的危急跟本漠不關心。
