聖雅各伯教堂從1431年起，此處已有一座小堂。1476年，小堂成為本堂區聖堂，並計畫興建一座大教堂。
15年後的1491年，這座晚期哥德式建築開始興建，直到1656年才完成，那時巴洛克建築已經盛行。幸運的是這些建築師仍忠於原有的哥德式設計，因此保持了哥德式外觀。然而，內部裝飾為巴洛克風格。
在施工開始時，安特衛普是歐洲最重要的經濟中心之一，雄心勃勃，計畫興建的單塔高達150米，超過123米的安特衛普主教座堂。但是，由於該市從16世紀中葉起開始衰落，財政問題最終導致停止興建，塔樓只達到原計畫高度的三分之一。
在17世紀和18世紀，聖雅各伯教堂是安特衛普知名人士的本堂區聖堂，其中一些人在堂內興建了私人墓地小堂。最有名的是安特衛普的著名畫家魯本斯的小堂，完成於他在1640年去世五年之後。魯本斯墓上方的壁畫是他本人的作品。
雖然最初的室內裝飾毀於1566年到1581年反傳統風暴期間，17世紀的巴洛克室內裝飾卻由於一位神父宣誓效忠入侵該市的法國革命軍，而保存完好。作為回報，他被允許在安特衛普選擇一座教堂不被掠奪，他選擇了聖雅各伯教堂，因此其內部得以倖存。許多原來的花窗玻璃不幸毀於第二次世界大戰期間。
巴洛克室內裝飾包括木雕的唱經樓，建於1658年到1670年，華麗的正祭台（1685）和共融的聖靈教堂（1695）導軌。中央講道台（1675年）以及管風琴（1727年）。
