民國八十七年，時值耕莘醫院建院三十周年，三十年來「耕莘醫院」在新店地區的一方稻田中成長，從「稻田中的小醫院」到李總統登輝先生口中「新店的土地公」，耕莘醫院在歷史的洪流中日漸茁壯，所肩負著的不只是捍衛新店地區民眾身心健康的神聖使命，更積極的朝向醫學中心之路邁進。在享受如此豐碩的成果之餘，我們更當緬懷前人胼手足創建的艱辛。
民國五十年間，已故遠東區首任樞機主教田耕莘，有鑒於新店地區工商日益發達，社區發展迅速，然而醫療資源卻亟感缺乏，為使新店地區民眾能就近獲得較佳的醫療照護，遂積極籌建一現代化之醫療院所。醫院創立之初，囿於台北教區經費有限，遭遇諸多困難，幸得田樞機多方奔走積極發動海內外教會及各界善心人士之慷概捐助，尤以購地及建築經費來源多仰賴西德天主教救濟會及西德政府輔助開發地區經援會之資助，醫院方得以在蓽路藍縷中創立。
民國五十五年二月，醫院未及建成，田樞機即因病逝世於嘉義，原台南教區羅光主教為教宗任命為台北教區總主教，臨危受命擔負起田樞機建院之遺志，幸蒙溫中祥神父、王文升神父及施予仁神父等多位神長齊心協力，方得以在新店地區的「稻田中」建立。民國五十七年三月間院舍終告落成，同年十月廿二日正式開幕，並蒙蔣夫人親臨主持剪彩，西德天主教會代表德興蒙席亦專程來台參加。為感懷田樞機建院濟世救人之精神，特命名為「耕莘醫院」，以表達眾人之無限追思。
耕莘醫院在首任院長施予仁神父的領導下，院務日漸步入正軌，儘管初期呈現虧損情況，然而仍本著教會奉獻、救人的初衷，經由教區的協助堅持下來。後歷經狄剛副主教(現任台北總教區總主教)、袁君秀神父(已於民國七十五年蒙主恩召)、姚宗鑒副主教等歷任院長之苦心經營，始得有今日之成就與規模。
民國五十九年初，羅總主教又鑒於台灣地區醫療業務蓬勃發展，然護理人才卻亟待培育，遂積極籌資於院內興建一設備完善之護理助產學校，以舒緩護理人力缺乏的問題。任命比利時汶魯大學教育碩士李平和神父為校長，負責校舍籌建工作，歷經長達兩年多的籌建工作，耕莘護理助產學校方於民國六十一年五月十四日正式開幕，肩負起作育護理人才的任務。
民國六十四年秋，董事長羅總主教親睹新店地區人口急速增加，醫療需求快速提升，醫院原有病房及醫療設備已不敷使用，為使新店地區民眾獲得更好的醫療服務，遂授命袁院長於原有院舍東翼籌劃新病房興建工程，並擴充醫療設備。翌年五月三日東病房新建工程舉行破土，並於六月三日正式開工，幸賴各界相關單位協助，所有工程如期於民國六十七年十月底告竣。東病房占地350坪，建坪2100坪，總計規劃為地下一樓、地上五樓之六層樓式建築,其中二樓至五樓均規劃為病房(即為目前B棟病房,共可容納各等病床約200張。)
民國七十年，天主教聖母聖心修女會有感於該修會在台北萬華區東園街所設立之聖若瑟醫院院區狹小，已無法滿足該地區與日遽增的醫療求，乃向台北教區賈彥文總主教提出合作計畫，由修會撥出永和中興街土地及部份基金，興建七層之醫療大樓，於民國七十二年七月正式落成啟用，並命名為「耕莘醫院永和分院」，以承襲聖若瑟醫院發揚基督博愛精神為宗旨。
民國七十五年，耕莘醫院更在前任院長姚宗鑒副主教高瞻遠囑的領導下，於東翼病房向右延伸擴建十層樓之現代化醫療大樓，增購最新醫療設備，廣徵醫療專業人才，設立專科門診以增加服務項目，提高醫療品質。民國七十九年A棟大樓正式落成啟用，耕莘醫院始成今日風貌並經衛生署評定為區域教學醫院。
而今耕莘醫院在前任院長陸幼琴修女及現任院長陳之凱醫師的領導下，院務蓬勃發展，醫療水準日益提升，並先後與台大醫院、台北醫學院、榮民總醫院及三軍總醫院等國內一流醫療單位建立醫療合作關係，選送優秀醫療人員至各大醫學中心培訓，以充實專業醫療人才；除此之外，為因應新店地區人口高齡化趨勢，更積極設立護理之家、聖若瑟之家及日間照護中心等長期照護單位，以提供病患及其家屬全人、全程、全家、全隊照顧，因此深獲台灣省及台北縣政府方面的肯定，將省立仁愛之家頤苑自費安養中心及台北縣立愛維養護中心委託耕莘醫院辦理。同時為進一步照顧弱勢團體醫療需求，已於台北東園街開設聖若瑟失智老人養護中心及日間照護中心，並成立失智老人社會福利基金會，以關懷社會上幾乎被遺忘的一群。除此之外，耕莘醫院已於93年5月正式落成啟用新建醫療大樓，且耕莘醫院與同為教會事業的輔仁大學進行建教合作，耕莘醫院為輔大醫學院之教學醫院，耕莘醫院日後更將本著耶穌基督博愛濟世的精神，朝向醫學中心之路向前邁進，為提供國人更好的醫療品質而努力。
