歷史
創始人亨利·賈維斯·雷蒙德1851年9月18日，《紐約每日時報》創刊，售價1美分。1857年9月14日改用《紐約時報》，平日出90多版，星期日140版。1983年11月13日的一期星期日版達1572版，重量4.5千克多。發行量平日105.6萬份，星期日164萬份（1987年）。
1869年，雷蒙德去世後，《紐約時報》的發行人由喬治·瓊斯接替。在他主持期間，《紐約時報》揭露坦慕尼協會巨額貪污案，轟動一時。
1896年，阿道夫·奧克斯借了75,000元收購了瀕於破產的時報，當時發行量約為9000份，負債30萬且每周虧損2500多美元。奧克斯在接辦《紐約時報》時就確定了時報的新聞報導原則：“力求真實，無畏無懼，不偏不倚，並不分黨派、地域或任何特殊利益。”
他大膽地增刊擴版，在新聞報導上不惜投資，大量增加在當時頗為稀有的國際新聞內容。在他的領導下《紐約時報》獲得了國際性的認可和聲譽。雖然當時美西戰爭使得黃色新聞大行其道，但時報發行量依然到達8萬2千餘份。兩年後，《紐約時報》的銷售量就超過了10萬份大關。1897年他提出了《紐約時報》的格言：“所有值得印刷的新聞”。這個格言被公認為對“黃色新聞界”的挑戰。奧克斯要求出版一份嚴肅、莊重、富有教養的報紙提供給紐約精英階層，同時也提出了一個針對黃色新聞的響亮口號：“報紙不該弄髒人們早餐的餐巾”。
1935年，奧克斯去世之後，其婿索爾茲伯格任發行人兼社長，直至1961年。後為索爾茲伯格家族所有，與洛克菲勒財團關係密切。1969年起從家族企業變為股份公司，成為擁有多家美國報紙、雜誌、電視台、廣播電台和國外聯合企業的大報團。
《紐約時報》第四代發行人是索爾茲伯格的獨子，人稱“彭區”的阿瑟·奧茨·索爾茲伯格，他勵精圖治，選拔麥森、羅森索等優秀編輯、經營人才，引進先進技術，開拓多元化經營。彭區在任30年，時報走出了瀕臨崩潰的困境，積累了雄厚的物質基礎，1963年時報的總收入為1億美元，到1991年，時報總公司的收入已達17億美元，在這一過程中，《紐約時報》也完成了由家族式經營向市場式經營的轉型。
1992年，經過多年培養後，彭區將時報發行人大印傳給兒子小阿瑟·奧茨·索爾茲伯格。小阿瑟比父輩更追逐利潤，他試圖促成《紐約時報》平民化，使各種人群都能夠接受，因此涉及“煽情新聞”，使得《時報》一度失去公眾的信任。
2004年，報導伊拉克戰爭“情報門事件”挑戰攻伊正當性。
2008年12月，受到次級房貸風暴和延伸的全球經濟衰退影響，出現周轉問題，將總部大樓抵押貸款。
2009年1月20日，向墨西哥富翁和電信巨頭CarlosSlimHelu借款2.50億。
2009年3月9日，將新大樓的股份作價2.25億出售回租（sale-leasebackagreement）。保留在2019年之前以2.50億買回的權利。
2010年，為了維持盈利，《紐約時報》探索線上訂閱等經營模式。
2012年6月28日，《紐約時報》中文網上線。網頁版式與英文網站風格相對統一，並將《紐約時報》先進的數位化運營經驗運用於中文網。
2012年8月14日，英國廣播公司（BBC）前總裁馬克・湯普森被任命為《紐約時報》新任執行總裁。
2014年3月26日，紐約時報公司公布了兩個新的數字訂閱模式，這兩個新等級模式會提供給消費者新低價和溢價模式。
2017年4月10日，《紐約時報》因對俄羅斯總統普京試圖擴大俄在海外的影響力的相關報導獲得2017年普利茲國際報導獎。
美國當地時間2018年4月16日，《紐約時報》自由撰稿人JakeHalpern和自由漫畫家MichaelSloan榮獲2018年度普利茲獎社論漫畫獎。
發行
在1851年9月18日它的首刊中該報寫到：“今天我們發行紐約每日時報的首刊，我們打算在今後無限期內每天早晨（周日除外）發行一刊。”1957年，該報也在周日發行。周日版是《紐約時報》每周篇幅最大的一版，除新聞報導外其中還包括許多專欄如食品、旅遊、藝術和其它文化專題。版面
紐約時報1997年，時報新的印刷廠建成使用，開始引進彩色新聞與廣告，巨幅照片及圖解的套用也使版面更進一步發展。每天固定刊出五疊：A疊要聞，B疊“大都會新聞”，C疊“經濟生活”，D疊“體育”，E疊“藝術”。其餘是有固定客群群的專刊，輪流出現。
在時報，版面設計工作由一個專門部門完成，叫做“藝術設計部門”。這個部門十分龐大，包括13位版面組合編輯、15位藝術設計專家、16點陣圖表設計編輯和地圖製作專家、藝術製作專家等。除第一版新聞的畫樣工作屬於編輯主任（夜間部總編輯）外，所有內部版面的編排均由版面組合編輯來完成。
特點
在新聞報導方面《紐約時報》將自己看做是一份“報紙記錄”，這個政策的結果是除紐約當地的新聞外，《紐約時報》很少首先報導一個事件。而假如它真的首先報導一個事件的話，那么這個報導的可靠性是非常高的，因此往往被世界上其它報紙和新聞社直接作為新聞來源。在美國大多數公共圖書館內都提供一份《紐約時報》索引，其內涵是《紐約時報》對時事的報導文章。《紐約時報》享有可靠的新聞來源的聲譽。它的社論一般被認為是比較開通的。不過實際上它的社論是由許多不同的作者撰寫的，而他們的觀點則從左到右各不相同。網路版
紐約時報數字版的《紐約時報》在創辦的第一年就已開始盈利，2003年數字版《紐約時報》營業收入8804.6萬美元，稅後利潤2043.1萬美元，比2002年增長147.4%。《紐約時報》網站，2002年創造利潤1600萬美元，2004年上半年又贏利1730萬美元。在美國報業協會的評選中，《紐約時報》網路版2004年和2005年連續兩年被評為全美最佳報紙網路版，2005年其地產版塊還獲得了最佳地產版的殊榮。
2014年1月，《紐約時報》網路版進行改版，改版後的主要變化有：
網頁更加簡潔，界面大量留白，去掉眾多瑣碎模組。
文章頁去除了分頁符。
多媒體內容擁有更大展示空間。
鼓勵用戶直接從文章進入到下一篇文章，不必再回主頁。
網頁對移動終端的適配性提高。
廣告位置更少，研發更多新的廣告形式。
首次推出了原生廣告。
網站底層技術架構改變。
裁員
由於印刷收入下滑使報紙行業面臨較大經濟壓力，《紐約時報》公司在2014年10月1日宣布，會裁減編輯部100個職位，占總人數的7.5%。2017年5月31日，美國紐約時報宣布向新聞部員工提出自願離職補償計畫，旨在提高效率，壓縮編輯人數。
財報
美國時間2015年4月30日，《紐約時報》對外發布了該公司第一季財報。數據顯示，《紐約時報》當季營業收入同比下滑1.6%至3.84億美元，與分析師預期相符。由於受到養老金費用帶來的不利影響，《紐約時報》當季虧損1430萬美元，約合每股虧損9美分，上年同期為實現盈利174萬元，約合每股盈利2美分。評價
紐約時報大樓《紐約時報》從經營到內容生產，包括對社會問題的觀察，應該說都是報業的楷模。（人民大學教授宋建武）
醜聞
2003年，《紐約時報》承認它的一個記者傑森·布萊爾多年在其新聞報導中做假。《紐約時報》的名譽為此大降。布萊爾被立刻解僱。其他一些重要的人物如社論欄的頭也被迫辭職。2004年5月26日，《紐約時報》再次承認在它的新聞報導中發生了錯誤。它承認在美國對伊拉克的戰爭爆發前錯誤地促進了公眾對伊拉克擁有大規模殺傷性武器的信任。
2005年7月6日，《紐約時報》記者茱蒂絲·米勒因拒絕透露訊息來源遭法院判刑入獄。
2014年3月4日，《紐約時報》糾正161年前一篇報導介紹了所羅門·諾瑟普的錯誤報導。
