政治生涯
早年生活
（1944－1972年）
穆塞韋尼出生於烏干達西部恩通加莫區，是巴尼安科萊人。他的姓解作“第七隊員之子”，以紀念第二次世界大戰時許多烏干達人參與的英國殖民軍隊國王非洲步槍團（英語：King's African Rifles）第七隊。他的中名“卡古塔”承襲自父親阿莫斯·卡古塔。阿莫斯·卡古塔以畜牧為生，他與穆塞韋尼的母親在恩通加莫結婚。卡古塔也育有薩利姆·薩利哈（男，Salim Saleh） 和瓦奧萊特·卡朱比里（女，Violet Kajubiri）。
穆塞韋尼曾在姆巴拉拉高級中學（Mbarara High School）和恩塔爾學校（Ntare School）就讀。高中時期，他成為了再生基督徒。1967年，他進入坦尚尼亞的三蘭港大學修讀經濟學和政治科學，開始進行激進的泛非政治運動。大學時期，他創立了大學生非洲革命陣線（University Students' African Revolutionary Front），並領導學生代表團前往葡屬莫三比克境內的莫三比克解放陣線控制區。在當地，穆塞韋尼接受了游擊訓練。在左派歷史學家沃爾特·羅德尼（Walter Rodney）的教導下，他完成了一篇學士論文，探討弗朗茨·法農暴力革命理論在後殖民主義時期非洲的可行性。
1970年，穆塞韋尼加入烏干達總統米爾頓·奧博特的軍事情報機關。當伊迪·阿明將軍在1971年1月發動軍事政變奪權後，穆塞韋尼與包括奧博特總統在內的一些人流亡到坦尚尼亞。
推翻阿明
（1972年－1980年）
流亡坦尚尼亞反對阿明統治的軍人（主要為蘭吉和阿喬利族人）在1972年9月入侵烏干達，但被擊退，損失慘重。之後坦尚尼亞和烏干達兩國簽訂和平協定，叛軍被禁止在坦尚尼亞境內從事反烏干達政府的活動。 隨後，穆塞韋尼在坦尚尼亞北部城市莫希一所學校短暫擔任講師。1973年，他離開主流反烏干達政府力量，組成國家拯救陣線。同年8月，他與珍妮特·卡塔哈結婚，他們育有5名子女。
1978年10月，伊迪·阿明總統下令入侵坦尚尼亞，以奪取卡蓋拉區。從1979年3月24日至26日，穆塞韋尼和國家拯救陣線在莫希參與了流亡者和反阿明組織舉行的聚會。他們克服了意識形態的分歧，共同組成烏干達全國解放陣線，穆塞韋尼被委任為11人執行委員會成員之一，委員會主席是優素福·盧萊。其後，全國解放陣線與坦尚尼亞軍隊合作對烏干達軍隊展開反擊，最終阿明在1979年4月被推翻。穆塞韋尼被任命為盧萊政府的國防國務部長，成為當時最年輕的部長。他在國家拯救陣線時期招攬的數千名士兵被收編進政府軍隊，他們仍然效忠穆塞韋尼，但將會在第二次奧博特時期的政變扮演重要角色。
1979年6月盧萊在內斗後下台，戈弗雷·比奈薩獲選為全國解放陣線的新主席。比奈薩採用與盧萊相似的方法鞏固權力。11月，穆塞韋尼從國防部長調任區域合作部長，比奈薩執掌國防部。1980年5月，比奈薩在試圖把國家軍隊參謀長奧伊特·奧喬克撤職後被軟禁。實際上這是保羅·穆萬加、穆塞韋尼、奧喬克和蒂托·奧凱洛發動的一次政變。之後，一個總統委員會組成，由穆塞韋尼出任副主席，該委員會迅速宣布將於12月舉行大選。
1981年穆塞韋尼在國內已有一定名氣，他創建了一個新的政黨——烏干達愛國運動，並領導該黨參與大選，與其他三個政黨競爭，包括前總統米爾頓·奧博特領導的烏干達人民大會黨、保守黨和民主黨。人民大會黨和民主黨被視為主要的競爭者。官方結果顯示人民大會黨在選舉中獲勝，穆塞韋尼的烏干達愛國運動只獲得126個席位中的一席。但選舉中的一些事件損害了選舉的認受性。策劃選舉時，總統委員會主席保羅·穆萬加支持人民大會黨的意見，認為每個候選人應使用一個獨立的票箱。但這被其他政黨強烈反對，他們認為這會使選舉更容易被操縱。選區的設定也被認為對人民大會黨有利：支持人民大會黨的北烏干達選區的選民人數比反人民大會黨的布乾達選區少。選舉當天，穆萬加又宣布選舉結果在公布前需經他批轄，這都增加了人們對選舉舞弊的疑慮。落敗的政黨也因此拒絕承認新政權的合法性。
烏干達內戰時期
（1981年－1986年）
第二次奧博特時期和全國抵抗軍
穆塞韋尼和他的支持者回到烏干達南部與西南部的大本營後，組成了人民抵抗軍（Popular Resistance Army）。他們遂計畫發動叛變，以推翻米爾頓·奧博特總統和其軍隊烏干達全國解放軍。1981年2月6日，人民抵抗軍在穆本德區中部發動了第一場戰鬥。後來，人民抵抗軍與前總統優素福·盧萊的武裝部隊合併為全國抵抗軍，並成立了新政黨全國抵抗運動。此外，一些阿明的支持者在烏干達西北部組成了其他兩個反政府武裝組織：烏干達全國拯救運動和前烏干達國家軍隊，參與反抗奧博特的戰鬥。
為了成立新政府，穆塞韋尼在1984年7月提出了“十大綱領”，覆蓋建立民主制度、保障人身及合法財產的安全、加強國家團結、捍衛國家自主、建設獨立、一體化和自給自足的經濟、改進社會服務、遏止貪污和濫權、革除不平等、與其他非洲國家合作以及建立混合經濟體制10個範疇，這也是全國抵抗運動的政治綱領。
截至1985年7月，國際特赦組織估計奧博特時期的衝突導致超過300,000平民死亡，美國中央情報局則估計死亡人數超過100,000。 前者從1982年起開始就烏干達的人權狀況向奧博特政府提出抗議，侵犯人權的情況以盧韋羅三角地帶最為嚴重。這段時期國際社會對奧博特政權無視人權的批評，無形中使穆塞韋尼得到更多的支持。但奧博特本人卻一直堅持把盧韋羅三角的狀況歸咎全國抵抗軍。
奧博特政府對動亂的強硬壓制也使烏干達人口最多的民族──布乾達族與全國抵抗軍聯合起來對抗全國人民大會黨。
1985年奈洛比協定
穆塞韋尼和奧凱洛簽署和約。
1985年7月27日，由於烏干達人民大會黨內部分裂，奧博特軍隊的前將領阿喬利人蒂托·奧凱洛成功發動軍事政變，推翻奧博特。但穆塞韋尼和全國抵抗運動不滿他們四年來的革命成果被全國解放陣線獨占，而且他們認為後者在奧博特第二次執政期間侵犯人權，聲譽受損。 不過全國抵抗運動最終同意由總統丹尼爾·阿拉普·莫伊領導的肯亞代表團主持，與全國解放陣線舉行和談。
和談於8月26日至12月17日舉行，期間討論過程十分激烈，會後達成的停戰協定隨即失效。後來雙方在奈洛比達成終極協定，內容包括停火、坎帕拉的非軍事化、全國抵抗軍與政府軍的融合以及吸收全國抵抗軍人員加入軍事委員會， 但這些條款從未實行。
由於肯亞代表團缺乏對烏干達形勢的深入了解，而且和談並沒有邀請一些有關的烏干達人以至國際人士參與，雙方最後未能達成持久協定。穆塞韋尼遂拒絕與政府軍分享權力，當時全國抵抗軍有能力在軍事上取得完全勝利。
總統任職期間
穆塞韋尼在1986年1月29日宣誓就任總統。
和談舉行期間，穆塞韋尼嘗試討好薩伊總統蒙博托·塞塞·塞科，以防止扎方支持奧凱洛的武裝部隊。1986年1月20日，數百名忠於伊迪·阿明的軍人被薩伊軍方護送進入烏干達境內並介入內戰。這些軍人曾在扎接受秘密訓練，十天前獲奧凱洛接觸並羅致。
但這時全國抵抗軍獲勝的形勢已不可逆轉，當叛軍從南方和西南方逼近首都，1986年1月22日駐守坎帕拉的政府軍開始集體離職。 25日，穆塞韋尼領導的武裝部隊抵達坎帕拉，全國抵抗軍推翻奧凱洛政府，翌日宣布獲得勝利。
1986年1月19日，穆塞韋尼宣誓就任總統，儀式由在英國出生的彼得·艾倫法官主持。儀式結束後，穆塞韋尼說“這不只是守衛軍的轉變，而是根本的改變”。 他在國會外向數千人群保證烏干達將回復民主，他說：“非洲的人民，烏干達的人民，有權擁有一個民主政府，這不是任何政權的恩惠。擁有最高統治權的當是大眾，而不是政府。”
1987年10月，穆塞韋尼與美國總統羅納德·里根在白宮會面。
2001年3月蟬聯總統一職。
2005年11月，烏干達議會修改憲法，取消對總統任期的限制，使穆塞韋尼獲得再次角逐總統的資格。2006年2月再次當選總統，同年5月宣誓就職。
2011年2月再次連任總統。
為政舉措
政治和經濟的重整
貪污腐敗、宗派主義色彩濃厚、無法重整社會秩序、公信力低下，這些都是後阿明時期烏干達政權的特徵。穆塞韋尼需要避免這些錯誤，以免重蹈其前任者的覆轍。全國抵抗運動宣布成立一個任期為4年的過渡政府，其族群基礎比以往更為廣闊，不同派別在政府的代表都由穆塞韋尼親自挑選。穆塞韋尼政權又以派系衝突頻繁為由，限制各政黨及它們的支持者活動。在！。新體制下，政黨的存在沒有被禁止，但政黨不能直接指派候選人參加選舉。穆塞韋尼在這個體制下要求所有烏干達人民對其效忠，這個體制就是烏近20年來的政治基石。
1986年新政府成立後，全國抵抗運動委員會代行臨時議會職能， 負責管理地區事務，包括確保定價商品的平均分配。委員在各鄉直接選出，這是烏干達人民數十年來經歷不同程度的獨裁統治後首次體驗直接民主選舉。
新政府在國際間獲得廣泛支持，飽受內戰破壞的經濟也在穆塞韋尼推行的一系列政策下出現起色，這些政策主要針對重點問題如惡性通貨膨脹和國際收支。穆塞韋尼放棄了他的馬克思主義理想，採用了世界銀行和國際貨幣基金組織倡議的新自由主義經濟措施。
1987年，烏干達開始參與國際貨幣基金組織的經濟復甦計畫，計畫目的包括回復經濟動機以刺激投資、就業率和出口的增長；鼓勵貿易和增加貿易貨物的種類（主要強調刺激出口）；去除官僚系統中保護公營企業的措施，以促進持續的經濟成長和透過私營部分的發展；在各階層使貿易自由化。
地區關係和衝突處理
1986年1月後，穆塞韋尼繼續擔任全國抵抗軍的最高統帥。莫伊領導的肯亞政府起初懷疑全國抵抗運動政府支持該國的異見組織，1987年下半年雙方軍隊更在邊境城鎮布西亞對峙，這時肯烏兩國的緊張關係達到頂點。如果肯亞關閉邊境，烏干達的經濟將會受到嚴重損害，因為作為內陸國家的烏干達需要使用肯亞蒙巴薩的港口進出印度洋。
在對抗奧博特期間，全國抵抗軍不論國籍招募任何願意戰鬥的人。許多居於烏干達的盧安達流亡者曾受到奧博特政權的迫害，這促使他們加入全國抵抗軍的編制。穆塞韋尼掌權後數年，烏干達武裝部隊的發薪名單中仍有幾千名盧安達人。1990年9月30日夜晚，全國抵抗軍軍中約4,000名盧安達士兵秘密離開軍營，加入其他武裝力量從烏干達攻入盧安達。那時盧安達愛國陣線其實有大量成員以秘密小組形式在全國抵抗軍中活動。
盧安達愛國陣線（簡稱愛陣）是一個由盧安達流亡者組成的組織，致力於對抗與穆塞韋尼和全國抵抗運動有聯繫的朱韋納爾·哈比亞利馬納政府，愛陣的領導人如弗雷德·魯維甘巴和保羅·卡加梅都是全國抵抗運動的創始成員。戰火爆發時穆塞韋尼和哈比亞利馬納正在美國參與聯合國會議，有觀點認為愛陣選擇這個時機是為了讓穆塞韋尼與他們的行動保持距離，直至無法阻止他們。盧安達政府軍在比利時、法國和薩伊的大規模援助之下才擊退叛軍。
穆塞韋尼被指責共謀參與這次入侵，或在入侵時沒有控制其軍隊。愛陣其後遁跡於烏盧兩國邊境的維龍加山。哈比亞利馬納指控烏干達容許愛陣使用其領土為後方基地，遂炮轟位於邊境地區的烏干達村莊作為回應，烏干達方面亦有還擊。雙方的交火使6萬多人逃離家園。雖然兩國在商議安全協定的過程中都同意在共同邊境實行合作防禦，但再次冒起的愛陣在1992年底已攻占盧安達北部的大部分領土。1994年4月，盧安達總統哈比亞利馬納和蒲隆地總統恩塔里亞米拉乘坐的飛機在基加利機場上空被擊落，這引發了導致800,000人死亡的盧安達大屠殺，愛陣在烏干達軍隊的協助下乘勢攻占基加利並掌權。
1995年4月，烏干達中斷與蘇丹的外交關係，以抗議喀土穆對活躍於烏干達北部的叛軍聖靈抵抗軍的支持。對此，蘇丹亦指烏干達支持該國叛軍蘇丹人民解放軍。兩個反政府武裝都被懷疑活動於烏蘇兩國的邊境地區。烏干達和蘇丹的爭端至少可追溯至1988年。烏干達難民在阿明和奧博特執政期間聚居於蘇丹南部，穆塞韋尼1986年掌權後，這些難民之中許多都參與了烏干達的反政府武裝，包括尼羅河西岸陣線和後來的聖靈抵抗軍。在一段長時間內，穆塞韋尼政府視蘇丹為對烏干達安全的最大威脅。
內部安全和人權
全國抵抗運動掌權後承諾回復治安和尊重人權，穆塞韋尼之前制定的“十大綱領”也有涉及這兩點，他在誓詞中提到：
“我們綱領的第二點是保障人身及合法財產的安全。烏干達國內的每一個人無論選擇居住在哪裡，他的安全都一定要得到絕對的保障。任何威脅我們人民的安全的個人或組織都一定會被毫不留情地擊潰。烏干達的人民應該只會因為我們所不能控制的自然因素而死，而不是因為在我們的土地上繼續行動的其他人類。”
雖然穆塞韋尼已成為坎帕拉新政府的首腦，但全國抵抗運動的影響力尚未能遍及全國，還面對著一些叛亂活動。自從穆塞韋尼的總統任期開始，他便得到來自南部和西南部地區的大力支持，這些以班圖族人為主的地區是穆塞韋尼的根據地。為了取得東北部的一個向來缺乏政治影響力的族群──卡拉莫瓊人的支持，穆塞韋尼嘗試招攬該族人進入政府。但更難以處置的是沿蘇丹邊界的北部地區。
榮譽貢獻
2001年9月，穆塞韋尼因在防治本國愛滋病方面所作出的突出貢獻，被聯合國愛滋病防治署授予“世界防治愛滋病突出領導成就獎”。
對華關係
穆塞韋尼總統的中文傳記他曾於1989年3月訪華，1996年1月對中國進行國事訪問。2004年5月底訪問中國。2015年3月27日至4月1日對中國進行國事訪問。
2018年9月6日，國家主席習近平在人民大會堂會見烏干達總統穆塞韋尼。穆塞韋尼表示，祝賀中非合作論壇北京峰會取得巨大成功。感謝中國黨和政府長期以來一直堅定支持非洲國家爭取民族自由的鬥爭和發展經濟的努力。非洲人民不會忘記中國人民的深情厚誼。非洲在一體化進程中需要加強同中國的合作。會見後，兩國元首共同見證了雙邊合作檔案的簽署。
反同性戀法案
法案簽署
穆塞韋尼2014年2月24日頂著美國等西方國家巨大壓力，正式簽署了反同性戀法案，將該國同性戀行為定義為“犯罪”，最高可被判終身監禁。烏干達成為第11個立法打擊同性戀的非洲國家。穆塞韋尼表示，這是彰顯國家主權獨立的一個決定。
各方反應
美國政府回應稱，對全世界以及烏干達國家來講，這是“悲劇的一天”。 美國總統歐巴馬警告稱，該法令的簽署將會影響到美國與烏干達的雙邊關係。
英國外交大臣黑格周一質疑此項法令是否符合烏干達憲法及其對於國際條約的承諾。但他並沒有提到要削減援助金額。
丹麥和挪威則威脅，將削減或撤回對烏干達的援助。
肯亞一些議員呼籲政府加大現有的反同性戀法律的執行力度。一些肯亞人對於烏干達的行動提出了表揚。一位肯亞網民在推特上表示：“拒絕向歐巴馬低頭的穆塞韋尼理應得到榮譽。”
