1．薄層層析的特點
薄層層析在套用與操作方面的特點與柱層析的比較。
2．吸附劑的選擇
薄層層析用的吸附劑與其選擇原則和柱層析相同。主要區別在於薄層層析要求吸附劑（支持劑）的粒度更細，一般應小於250目，並要求粒度均勻。用於薄層層析的吸附劑或預製薄層一般活度不宜過高，以Ⅱ～Ⅲ級為宜。而展開距離則隨薄層的粒度粗細而定，薄層粒度越細，展開距離相應縮短，一般不超過10厘米，否則可引起色譜擴散影響分離效果。
3．展開劑的選擇
薄層層析，當吸附劑活度為一定值時（如Ⅱ或Ⅲ級），對多組分的樣品能否獲得滿意的分離，決定於展開劑的選擇。中草藥化學成分在脂溶性成分中，大致可按其極性不同而分為無極性、弱極性、中極性與強極性。但在實際工作中，經常需要利用溶劑的極性大小，對展開劑的極性予以調整。
4·特殊薄層
針對某些性質特殊的化合物的分離與檢出，有時需採用一些特殊薄層。
① 螢光薄層：有些化合物本身無色，在紫外燈下也不顯螢光，又無適當的顯色劑時，則可在吸附劑中加入螢光物質製成螢光薄層進行層析。展層後置於紫外光下照射，薄層板本身顯螢光，而樣品斑點處不顯螢光，即可檢出樣品的層析位置。常用的螢光物質多為無機物。其一是在 254nm紫外光激發下顯出螢光的，如錳激潔的矽酸鋅。另一種為在365nm紫外光激發下發出螢光的，如銀激化的硫化鋅硫化鎬。
② 絡合薄層：常用的有硝酸銀薄層，用來分離碳原子數相等而其中C一C雙鍵數目不等的一系列化合物，如不飽和醇、酸等。其主要機理是由於C一C鍵能與硝酸銀形成絡合物，而飽和的C一C鍵則不與硝酸銀絡合。因此在硝酸銀薄層上，化台物可由於飽和程度不同而獲得分離。層析時飽和化合物由於吸附最弱而Rf最高，含一個雙鍵的較含兩個雙鍵的Rf值高，含一個三鍵的較含一個雙鍵的Rf值高。此外，在一個雙鍵化台物中，順式的與硝酸銀絡合較反式的易於進行。因此，還可用來分離順反異構體。
③ 酸鹼薄層和PH緩沖薄層：為了改變吸附劑原來的酸鹼性，可在鋪制薄層時採用稀酸或稀鹼以代替水調製薄層。例如矽膠帶微酸性，有時對鹼性物質如生物鹼的分離不好，如不能展層或拖尾，則可在鋪薄層時，用稀鹼溶液0.1～0．5NNa0H溶液製成鹼性矽膠薄層。例如豬屎豆鹼在以矽膠為吸附劑時，以氯仿-丙酮一甲醇（8：2：1）為展開劑Rf＜0．1，採用鹼性矽膠薄層用上述相同展開劑，Rf值增至0．4左右。說明豬屎豆鹼為--鹼性生物鹼。
5.套用
薄層層析法在中草藥化學成分的研究中，主要套用於化學成分的預試、化學成分的鑑定及探索柱層分離的條件。
用薄層層析法進行中草藥化學成分預試，可依據各類成分性質及熟知的條件，有針對性地進行。由於在薄層上展層後，可將一些雜質分離，選擇性高，可使預試結果更為可靠。
以薄層層析法進中草藥化學成分鑑定，最好要有標準樣品進行共薄層層析。如用數種溶劑展層後，標準品和鑑定品的Rf值、斑點形狀顏色都完全相同，則可作初步結論是同一化合物。但一般需進行化學反應或紅外光譜等一種儀器分析方法加以核對。
用薄層層析法探索柱層分離條件，是實驗室的常規方法。在進行柱層分離時，首先考慮選用何種吸附劑與洗脫劑。在洗脫過程中各個成分將按何種順序被洗脫，每一洗脫液中是否為單一成分或混合體，均可由薄層的分離得到判斷與檢驗。通過薄層的預分離，還可以了解多組分樣品的組成與相對含量。如在薄層上摸索到比較滿意的分離條件，即可將此條件用於乾柱層析。但亦可以將薄層分離條件經適當改變，轉至一般往層所採用洗脫的方式進行製備柱分離。利用薄層的預分離尋找柱層的洗脫條件時,假定在薄層上所測得的Rf值一樣品在柱層中的比移率（R）。這是由於在薄層展開時，薄層固定相中所含的溶劑經過不斷的蒸發，而使薄層上各點位置所含的溶劑量是不等的，靠近起始線的含量高於薄層的前沿部分。但若嚴格控制層析操作條件，則可得到接近真實的Rf值。用薄層進行某一組分的分離，其Rf值範圍，一般情形下為0．85＞Rf＞0．05。此外，薄層層析法亦套用於中草藥品種、藥材及其製劑真偽的檢查、質量控制和資源調查，對控制化學反應的進程，反應副產品產物的檢查，中間體分析，化學藥品及製劑雜質的檢查，臨床和生化檢驗以及毒物分析等，都是有效的手段。
