中心內設辦公室、疾病控制科、消毒殺蟲科、公共衛生科、健康檢查科、檢驗科、職業衛生科等七個科室。
主要職能是:組織實施區衛生行政管理部門制定的疾病預防控制計畫;負責疾病、媒介生物的調研、監測、預測預報;組織對重大疫情、傳染病暴發流行的調查,制定控制對策和措施。負責疾病預防和控制信息的收集整理、統計分析、綜合評價、反饋及疫情報告。實施計畫免疫接種計畫,開展疾病防治和相關技術的科研工作;承擔衛生行政管理部門、衛生監督機構交辦的專項抽檢、產品檢驗、衛生學評價;負責從業人員健康檢查工作;負責傳染病疫情、突發事件、違法案件的現場衛生學調查和採樣、檢驗工作;負責工作場所職業病防制及職業危害因素監測;承辦區衛生行政管理部門交辦的其他事項。
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