福清市萬福寺日本的萬福寺至今保存完好，被日本政府列為國家重點文物。它的格局是典型的中國明朝佛教寺院的布局，中軸線上依次是山門、天王殿、大雄寶殿、法堂，兩側迴廊聯接著鐘樓、鼓樓、伽藍殿、方丈室等，遙相對峙。殿堂內的四大天王、彌勒、韋馱、釋迦牟尼等塑像都出自隱元弟子之手，與中國佛教寺院雕塑風格相同。寺內還有44幅匾額、56幅對聯，都是隱元、木庵、即非等手書，十分珍貴。如隱元所書“寶殿落成日，壇花出現時”聯，及“宮殿飛來松隱中，卻容鹵莽掣顛風，松仙影里呵呵笑，難得西來一老翁”詩句，都被日本政府列為“國家重要文化財”(國家重點文物)。隱元東渡時，還攜帶了大量經典、名人書畫、醫藥書籍和植物種子等，為促進兩國文化、科學技術的交流作出了貢獻。隱元由日本後水尾上皇授以“大光普照國師”稱號。隱元之後，該寺十多代住持都是中國渡日的僧人擔任。這裡的佛事活動、僧人生活至今按隱元傳下來的中國寺廟傳統方式進行，念經的發音都帶有福州方言的味。 目前，日本黃檗宗所屬寺廟達500多座。日本佛教界稱福清市的祖庭為“古黃檗”，稱京都的萬福寺為“新黃檗”。
1979年11月，日本京都黃檗山萬福寺及所屬各寺，以黃檗宗議會議長吉井鳩峰為團長的“日本古黃檗拜塔友好訪華團”一行18人，首次來福清黃檗山拜塔謁祖。
清末以來，黃檗山萬福寺因年久失修，加上山洪暴發，殿堂盡遭毀壞。中華人民共和國成立後僅留下一座法堂。1983年，萬福寺被列為漢族地區全國重點寺院，中國佛教界決心予以重修，逐步修復昔日舊觀。1983年，日本“日中友好臨黃協會”訪華團一行20人來朝山時，樹立了“日本黃檗山萬福寺開山隱元禪師東渡振錫之地”的石碑，以示紀念。近年來，日本黃檗宗又多次組團來訪，加深了兩國佛教界的交往和了解，增進了友誼。
1989年5月，中國佛教界成立了福建省福清市黃檗山萬福寺修建委員會，並舉行了破土動工儀式。目前，第一期工程已初步結束，在原法堂基礎上翻修成觀音堂，並建起了隱元堂。第二期工程準備修復天王殿、大雄寶殿、法堂，第三期工程再籌資修復兩側功德堂、方丈室、禪堂及廂房等建築。 1992年，萬福寺有8名常住僧人，廣濟法師任監院。1992年是隱元法師誕辰400周年紀念，6月24日萬福寺舉行了盛大法會，紀念這位中日佛教界的友好使者。當天，日本黃檗宗第四次友好訪問團一行78人，專程前來參加這一盛會，受到福建省佛教界的熱情接待。法會上，華僧和日僧共同唱念佛經，焚音嘹亮，久久迴蕩在殿堂和群山之中。千年古剎，彩旗似海，觀眾如潮，盛況空前。
1995年6月20日，日本黃檗宗隱元紀念堂落成法要特別訪華團一行33人來福清市黃檗山萬福寺參加隱元紀念堂落成典禮。有關方面負責人和福清各界200多人參加了慶典儀式。
遠看黃檗山隱元紀念堂紅色的建築群在碧綠叢中分外醒目，近看中國佛教協會會長趙朴初居士題寫的“隱元紀念堂”金光閃閃的匾額，使紀念堂更加莊嚴肅穆，隱元禪師的雕像端坐在紀念堂中，坐像兩旁懸掛著日本朋友贈送的字畫和錦旗。法會在鐘聲、鼓聲、梵音聲中開始，日本朋友在日本黃檗宗前宗務總長內藤文雄長老帶領下參加了由萬福寺監院廣濟老法師主持的佛事活動。福清市政協主席邱玉清先生、福建省佛教協會副會長傳常法師、黃檗山萬福寺監院廣濟老法師等分別講話歡迎日本朋友的到來，並向日本黃檗宗前事務總長內藤文雄長老和奉納者山岡容治先生表示感謝。隨後，中日雙方代表為隱元紀念堂落成剪彩，共同祝願中日兩黃檗的友誼萬古長青。
