歷史沿革
萬福寺創建於唐貞元五年(公元789)。自唐以後，歷代興廢不一，明朝時期多次修建，
黃檗寺又叫“黃檗山萬福寺”，位於黃檗山主峰——絳節峰上，是福清歷史上最大、最有影響的寺廟。清乾隆《福清縣誌》記載：“（其）以山多黃檗而得名”。
唐貞元五年（789年），莆田人正乾從六祖惠能處學禪得法後回閩，路經黃檗山，愛其山川靈秀，想起師父“遇苦即止”的贈語，因悟“黃檗味苦”，便開山結茅，募緣建寺，初名“般若堂”。貞元八年（792年），又於堂之東向增闢院落，禪寺粗具規模，朝廷賜名為“建福禪寺”，俗稱“黃檗寺”。大中二年（848年），希運來此出家。他後至江西百丈山參拜懷海，得傳心印後,希運後來在洪州高安（今宜豐縣）鷲峰山建寺弘法，並改其山名為黃檗山。懷海傳希運、希運傳義玄，江西黃檗山成為臨濟宗的發源地之一。
宋時臨濟宗宗風猶盛，紹興年間（1131-1162年），臨濟宗楊歧派善果禪師從湖南溈山來福建黃檗山住持，達10年之久。元朝時逐漸衰微，寺幾荒廢。
明洪武二十三年（1390年），寺僧大休得莆田周心鑒居士之助重修殿宇，香火盛極一時。嘉靖三十四年（1555年），倭寇侵擾福建沿海，寺毀於戰亂中。隆慶初（1567-1568年）僧中天發願重修，並進京奏請藏經，苦候8年未果，竟圓寂於京師。其徒孫鑒源、鏡源繼承遺志又進京，越六寒暑，得邑人宰相葉向高之助，朝廷乃賜藏經678函、紫袈裟三襲，同時賜額“萬福禪寺”，一直沿用至今。
毀於一炬
時殿宇尚未修復，鑒源、鏡源回寺後即著手修建大殿與法堂，葉向高亦捐建一座藏經閣，寺院始起衰轉盛。崇禎二年（1629年）又建東西客堂，寺僧赴湖州金粟山廣慧寺禮請密雲圓悟為住持。崇禎六年（1633年）密雲退居，費隱通容禪師繼席，隱元被推為西堂。崇禎十年（1637年）隱元得傳心印，住持黃檗山萬福寺，他遠到漳州、潮州一帶募化，經過數年的辛苦經營，修建了大雄寶殿、法堂、山門、齋堂、鐘鼓樓、庫房、寮舍等大小30餘處。同時，隱元還大力弘揚臨濟宗風。清順治十一年（1654年）隱元東渡日本，由其門人慧門性沛接任住持。至清乾隆年間（1736-1795年），寺又趨衰微，僧清馥一度募化修復。1928年突遭山洪之劫，寺院損失嚴重。1949年又罹火災，千年古剎毀於一炬，藏經、文物焚毀殆盡。
清順治九年(1652)，日本長崎華僧所建的興福寺住持逸然及唐三寺各位護法，多次度海聯名邀請該寺的隱元東渡弘揚佛法。1654年5月隱元率領徒眾三十人南行，7月5 日抵達日本長崎。到達日本後，又得到天皇和德川幕府德川家康將軍的優待，在京都宇治賜地建立寺廟。新寺建成後，隱元不忘故山，命名黃檗山萬福寺，並創立一新宗派，與日本原有的臨濟、曹洞並立，稱為黃檗宗。後來日本黃檗宗僧侶就稱福建的祖寺為"古黃檗"，稱京都的新寺為"新黃檗"。日本黃檗山的建築規模、叢林制度和宗教儀式等，完全仿照福清黃檗山的形式，今猶保存三百年前隱元時代的規模。其最初十幾代的住持，多由中國渡日的僧侶擔任。清中葉後，中日黃檗山僧侶的往來瀕於停滯。
重修萬福寺
1957年春，雖經多方努力，僅於唐代故址修建法堂、方丈室兩座，供僧眾棲止，寺院全貌難以恢復。1966年，寺更瀕於荒廢。
1979年，日本黃檗宗各寺以宗議會議長吉井鳩峰為團長，組成"古黃檗拜塔友好訪華團"，來到福州黃檗山萬福寺拜塔禮祖，恢復了中斷已久的中日兩國黃檗山佛教的友好聯繫。其後，"日中友好臨黃(臨濟與黃檗)協會"又多次組團來華訪問。
1983年，他們在黃檗山建立了一座"日本黃檗山萬福寺開山隱元禪師東渡振錫之地"碑以作紀念。1982年，寺院被列為全國漢族地區佛教重點寺院。1989年4月成立了"福清黃檗山萬福寺修建委員會"，由已故中國佛教協會會長趙朴初任名譽主任，已故福建佛教協會會長、廈門南普陀寺方丈妙湛老法師任主任，省級及全國級開放寺院住持（監院）任委員，著手對萬福寺進行修復，國務院與省人民政府均有撥款。
在十方善信的資助下，從1989年夏開始進行第一期修復工程，首先重修一座有600多平方米的法 堂與新建一座160平方米的大寮。經過多年的努力，尤其是在海外華僑的資助下，黃檗山萬福寺重建工程得以告竣，現山門、天王殿、鐘鼓樓、大雄寶殿、法堂、禪堂、隱元紀念堂等皆輪換一新。1997年12月8日，隆重舉行重建落成暨佛像開光慶典。現寺中文物尚遺石槽三口，其中宋代一口有“僧淳生為四恩三有舍，慶曆五年己酉（1045年）七月造，住持沙門復其”的題刻。
黃檗名山，唐宣宗觀瀑聯吟之地，梁江淹至閩游詠之區，裴丞相皈依遠祖斷際，葉相國護藏書聯。岩、洞、石、嶺、溪、潭、井、泉、庵、堂、塔、院，森嚴羅列，自成景觀。釋子白衣、朝野名流，賦詩吟聯，摩崖題刻，倍增方外之趣。
今盛世重明，梵宇新起，若夫達觀之士，親到黃檗峰頭，豁開雙眼，洞壑林巒，真文炳著，潭澗木石，覿體成章，自然得大受用。
明靈舒居士詩
明靈舒居士詩云：
天下兩黃檗，此中山是真。碑看前代刻，僧值故鄉人，一宿禪房語，經時客路塵。將行更瞻禮，十二祖師身。
地理位置
福清黃檗寺，即萬福寺。位於福建福清市漁溪鎮西北的黃檗山上。黃檗山古時以盛產黃檗木而得名。
