1912年由上海醫藥界名流顏伯卿、葛吉卿、余伯陶等人發起創辦成立i其前身是“神州醫藥總會”。該會以“研究醫學原理,交換同道知識”為宗旨。總會設在上海,先後在全國各地成立分會,並經北京政府內務部核准備案。1928年上海市衛生局核准註冊,成為正式醫藥學術團體。
1931年8月改組命名。11月在教育部備案。該會曾在1914年發起聯合19省中醫團體組織了“醫藥救亡請願團”,掀起了中醫界團結一致的抗日救亡運動。創設了醫藥報社,先後出版發行《神州醫藥學報》、《神州醫藥》半月刊、《神州國醫學報》等物,開辦了神州醫藥專門學校,開設神州醫院,籌建藥品陳列所。