辦學歷史
石河子大學藥學院藥學專業創建於1953年，是新疆第一個藥學專業教育基地。學院歷經新疆軍區衛校藥學教研組、兵團醫專藥學教研室、石河子醫學院藥學系。
2001年4月，學校成立石河子大學藥學院。
2002年7月，石河子大學藥學院與北京大學藥學院簽訂了對口支援協定書。
2004年4月，利用北大藥學院的科研資源，學院“新疆生產建設兵團植物藥資源與中藥現代化重點實驗室”項目獲得兵團批准立項，該實驗室2005年8月獲批成為省部共建教育部“新疆特種植物藥資源”重點實驗室。
石河子大學藥學院2017年3月，學院臨床藥學本科獲得新增審批本科專業。
辦學條件
院系設定
根據2018年10月學院官網信息顯示，學院設有教學系3個：藥學系、中藥系、藥理系，有藥學、中藥學、製藥工程、臨床藥學本科專業4個，並設有藥學和中藥學專業的高等職業教育與成人教育。
師資力量
根據2018年10月學院官網信息顯示，學院有教職工51人，專任教師40人，其中教授9人，副教授16人，博士生導師5人，碩士生導師21人，博士27人；專任教師中教育部“新世紀優秀人才支撐計畫”3人，兵團特聘專家1人，“兵團傑出青年”1人，“兵團英才”培養人選2人，兵團學科帶頭人2名，大學“綠洲學者”6人。
新世紀百千萬人才工程國家級人選：顧政一、鄭秋生等
大學“綠洲學者”：李燕、孫世國等
| 名稱 | 負責人 | 時間 |
| 藥理學教學團隊 | 陳虹 | 2007 |
| 製藥工藝教學團隊 | 唐輝 | 2013 |
| 資料來源： | ||
教學建設
根據2018年10月學院官網信息顯示，學院有自治區產學研聯合培養研究生示範基地1個，自治區精品課程1門，校級精品課程3門，一類課程5門、二類課程5門；校級特色專業1個、人才培養模式創新實驗區1個、實驗教學示範中心1個；有藥用植物園和中藥標本室各1個，標準化實驗室37個，儀器設備總價值3000餘萬元，學院建立了大學生科技創新基地，有校外教學實習基地十餘所。
自治區產學研聯合培養研究生示範基地：華世丹藥物研究有限責任公司
校級實驗教學示範中心：藥學實驗中心（2012，趙文彬）
校級人才培養模式創新實驗區：藥學創新人才培養體系（2008，陳虹）
校級特色專業：藥學
| 序號 | 課程名稱 | 負責人 | 時間 | 類別 |
| 1 | 藥理學 | 陳虹 | 2008 | 自治區精品課程 |
| 2 | 藥用植物學 | 朱芸 | 2015 | 校級精品課程 |
| 3 | 生藥學 | 王琪 | 2011 | 校級精品課程 |
| 4 | 藥物分析 | 唐輝 | 2011 | 校級精品課程 |
| 5 | 藥劑學 | 陳文 | 2011 | 校級精品課程 |
| 6 | 中藥炮製學 | 陳韓英 | 2015 | 校級一類課程 |
| 7 | 生物藥劑學與藥物動力學 | 張華 | 2012 | 校級一類課程 |
| 8 | 藥物檢驗基礎 | 李樂 | 2014 | 校級一類課程 |
| 9 | 天然藥物化學 | 王金輝 | 2008 | 校級一類課程 |
| 10 | 麻醉藥理學 | 田卉 | 2008 | 校級一類課程 |
| 11 | 臨床藥理學 | 胡艷麗 | 2011 | 校級二類課程 |
| 12 | 中藥藥劑學 | 秦冬梅 | 2012 | 校級二類課程 |
| 13 | 方劑學 | 劉雯霞 | 2013 | 校級二類課程 |
| 14 | 藥事管理學 | 王恆 | 2014 | 校級二類課程 |
| 資料來源： | ||||
學科建設
組織機構根據2018年10月學院官網信息顯示，學院有二級學科博士點1個，一級學科碩士點1個，二級學科碩士點6個，專業碩士學位點1個；有自治區重點學科1個，校級重點學科2個。
•學位授予
二級學科博士點：藥用植物資源
一級學科碩士點：藥學
二級學科碩士點：藥物化學、藥劑學、生藥學、藥物分析學、藥理學、微生物與生化藥學
專業碩士學位點：藥學
•重點學科
| 學科名稱 | 負責人 | 立項時間 | 類別 |
| 藥理學 | 鄭秋生 | 2010 | 自治區重點學科 |
| 生藥學 | 王金輝 | 2013 | 校重點學科 |
| 藥劑學 | 陳文 | 2013 | 校重點學科 |
| 資料來源： | |||
學術研究
科研平台
根據2018年10月學院官網信息顯示，學院有教育部重點實驗室1個，兵團科技創新團隊1個。
教育部重點實驗室：新疆植物藥資源利用教育部重點實驗室
兵團科技創新團隊：新疆特種植物藥物質基礎與作用機制研究科技創新團隊（鄭秋生，2015）
科研成果
根據2018年10月學院官網信息顯示，學院先後承擔了國家“十二五”支撐計畫“維藥現代化關鍵技術研究”，國家“973”前期預研項目2項、國家重大新藥創製科技重大專項1項；承擔國家“863”項目、國家自然科學基金項目、教育部項目、省部級科技項目、兵團博士資金項目等50餘項，以及企業橫向聯合項目十餘項；獲省部級科技進步獎15項，發表科研論文500餘篇，其中SCI、EI收錄70餘篇。
| 序號 | 項目名稱 | 獎勵類型 |
| 1 | 新疆紅花GAP種植關鍵技術研究與套用 | 兵團科技進步二等獎 |
| 2 | 新疆阿魏菇多糖對宮頸癌U14荷瘤鼠抗癌作用及免疫調節機制的研究 | 兵團科技進步二等獎 |
| 3 | 天山“烏頭草”中毒的臨床治療技術研究與示範 | 兵團科技進步三等獎 |
| 4 | 異甘草素及紫草素吸收機理及其微乳新製劑關鍵技術的基礎研究 | 兵團科技進步三等獎 |
| 5 | 左旋棉酚的製備工藝及其聯合放化療抗宮頸癌作用的研究 | 兵團科技進步二等獎 |
| 6 | 新疆11種中藥、民族藥化學成分分離、分析方法及生物活性研究 | 兵團科技進步一等獎 |
| 7 | 系統藥理學理論和氧還調控技術在篩選評價抗腫瘤藥物上的套用 | 兵團科技進步一等獎 |
| 8 | 碳納米管在甘草黃酮和神經營養因子成藥共性關鍵技術領域的套用 | 兵團科技進步二等獎 |
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文化傳統
•院訓
篤學創新，精藥濟世
教學活動釋義：勤學 求真銳意進取 精益求精 奉獻社會
篤學：出自勤學《論語-泰伯》，強調以求真務實的態度做學問。 即孜孜不倦、堅持不懈。
創新：義出《禮記·大學》：“苟日新，日日新，又日新”。 即銳意進取，實現突破。
精藥：精益求精，不斷學習、錘鍊和發展藥學事業。
濟世：語出《論語·雍也》“博施於民而能濟眾”； 即勇於擔當，奉獻社會。
•院徽
院徽院徽解語：石大藥學，重任在肩；藥鼎烹是，福樂康安；枝繁葉茂，桃李天下；綠洲明珠，生機盎然。
現任領導
院長：陳文
黨委書記、副院長：黃鵬
副院長：唐輝、張波
