主要職責
（一）宣傳貫徹落實黨和政府發展養殖業的方針、政策，參與市委、市政府研究、制定我市養殖業經濟發展戰略，發展規劃，年度計畫，重大科技措施，並組織實施、編報各類報表。
（二）負責《中華人民共和國動物防疫法》、《畜牧法》、《中華人民共和國漁業法》、國務院《家畜家禽防疫條例》、《江西省實施漁業法辦法》等法律法規的組織實施和監督檢查。
（三）組織養殖資源區劃，指導漁業水域、草地山坡資源的開發利用及資源保護工作。
（四）組織動物和動物產品的檢疫及疫病防治，獸醫醫政，獸藥藥政藥檢工作；組織實施對動物的防疫、檢疫工作；發布疫情並組織撲滅；組織種畜禽良種推廣工作；組織實施全市的牧草種子和獸用飼料的監測工作；組織實施全市的農業血防工作。
（五）組織協調水面開發和特種水產工程的實施工作；研究水產品市場銷售和產品加工利用與開發工作，組織產銷交流。
（六）負責漁用飼料、藥物的管理，指導漁業科學技術推廣和水產苗種繁育、魚病防治及苗種的進、出口檢疫工作。（七）依法行使漁政、漁船檢驗，承辦漁業行政執法的行政複議工作。
（八）負責漁業水域生態環境監測和珍稀水生野生動植物的保護工作。
（九）調處漁業糾紛和水污染事故，查處違反漁業法規事件，維護漁業生產秩序工作。
（十）承辦市政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，市畜牧水產局內設5個職能科室：
（一）人秘科
協助領導處理日常工作；負責內外聯繫，有關活動的組織；協調機關黨務政務工作；組織有關檔案起草；擬定有關規章制度並組織實施；負責新聞宣傳、信訪、檔案、工資、人事、安全保衛等工作。
（二）、防疫科
負責全市防疫工作計畫的制定和實施，指導養殖戶科學開展規範的免疫注射工作，及時收集全市防疫工作動態信息，做好防疫統計報表和上報工作；搞好防疫知識普及和技術培訓工作；掌握全市畜禽存欄情況，為組織開展防疫工作提供依據，根據防疫工作需要及時組織各種疫苗，滿足養殖戶正常開展防疫工作的需要。
(三)畜牧獸醫科
擬定畜牧業生產發展規劃和年度計畫重大技術措施並組織實施。組織動物和動物產品的內檢及疫病防治，獸醫醫政、獸藥藥政藥檢工作；督促檢查動物防疫質量，搞好疫苗管理；組織和實施畜牧新品種，獸醫新技術推廣套用；負責飼料行業的管理。
（四）、水產漁政管理科
擬定漁業生產計畫，統計漁業報表；負責水產科技和技術推廣及技術培訓；搞好長江春季禁漁工作，依法執行漁業行政執法；維護國家利益和漁業生產者合法權益，調處漁業糾紛，打擊破壞漁業資源行為；負責辦理漁業生產登記和《水面養殖證》、《捕撈許可證》發放、年檢、註銷工作，徵收漁業資源保護費、水生野生動物資源保護費、水產苗種檢疫費。
（五）、血防科
負責組織實施家畜血吸蟲病查治工作；掌握全市疫區鄉、村家畜存欄數量和疫情動態，為制定農業血防工作計畫提供依據；完成上級下達的家畜血吸蟲病查、治工作任務，及時收集家畜血防有關信息，做好農業血防統計和上報工作；做好農業血防綜合治理項目的實施工作，及時總結工作中的經驗和不足，做好項目監管、督查和驗收工作。
瑞昌市動物重大疫病防治指揮部辦公室設在畜牧水產局，承擔擬定重大動物疫病工作計畫和重大動物疫病的應急預案，協調成員單位共同做好重大動物疫病防控工作。
人員編制和領導職數
核定市畜牧水產局機關行政編制6名；工勤編1名。
領導職數：局長1名，副局長3名，工委主任（副科級）1名，防重辦公室副主任（副科級）1名。
