歷史沿革
初建
歷來玉溪的回民多居住在“龍門九村”，州城住的不多。從清道光七年（1827年）“西營修寺碑”上刻有“州城教親捐款二兩六錢”的功德數量看，當時州城的回民並不多，還沒有建蓋清真寺。
州城最早的清真寺是雲南回民起義時期田慶余率部所建。清鹹豐年間，在清政府“剿回”的令下，無數回民人頭落地，村莊被毀，田慶余憤然起義並占領州城，訊息傳開，四面八方回民聚集州城，人數成千上萬，但這么多回民卻沒有清真寺，因而雖處於倥傯征戰之中，田慶余也毅然決定建蓋一座清真寺。寺建在州城文廟前的照壁泮池處，教長接的是石屏人賽氏。
厄難
在清軍屢次攻城征剿屠戮的血雨腥風中，巍巍聖寺巋然不動，田慶余堅持反清革命鬥爭10年，譜寫了一曲曲可歌可泣的悲壯戰歌，州城清真寺也始終在鬥爭中發揮著核心堡壘作用。起義失敗後，州城清真寺於同治十二年被拆毀夷平，改建成財神廟和武廟。
復建
清末民初，又陸續有回民返回州城居住，其中有回民馬金友、馬瑞出面募捐，準備在州城小廟街建蓋清真寺。由於受到選址附近漢人異議：只準蓋成一樓一底平房，不準起翹角。處於弱勢的回民只好忍讓遷就，民國十三年（1924年），土木結構民房式一樓一底清真寺蓋成，地面挖了水井，接金阿訇為教長。解放後曾有一段時期關閉，僅為金阿訇遺屬住所，黨的十一屆三中全會後騰出，恢復禮拜功能，接合光斗為教長，後又接馬本榮為教長。
復興
到1988年時，州城回民增至1400多人，人多寺小的矛盾突出，因此，又在小廟街舊寺前的空地上增建出一樓一底的磚混結構建築，樓上做禮拜堂，樓下當街的兩間做商鋪。建築面積為277平方米。這次增建共集資62738元，除開州城穆民積極捐款外，還得到玉溪行署、玉溪煙廠、玉溪鈣鎂磷肥廠、玉溪汽車運輸總站等單位的資助，峨山、通海及龍門九村穆民的捐助。雖經擴建，仍滿足不了城區穆斯林禮拜人日益增多的要求，人多寺小的矛盾依然突出。1992年經計委批准拆除重建。這次重建於1992年7月動工，1993年1月落成。磚混結構，建築面積435平方米，三樓一底。投資十三萬元。一樓教長居住，二樓做禮拜堂，三、四樓作教室和學生宿舍，並設一間外賓接待室。1993年，馬本榮任期屆滿，接丁恆興為教長，聘師母王艷錦為阿語教師。1998年接馬超林為教長，馬超林連任滿兩屆。
規模建制
玉溪市城區清真寺
玉溪市城區清真寺1999年，州城回民已增至3000餘人（含暫住人口600餘人），恰遇小廟街拆遷改造即將實施，徹底解決人多寺小的機遇已經來臨。2000年，區民宗局同意清真寺由小廟街搬遷重建，寺名改為“玉溪城區清真寺”。以馬運華為首的管委會抓住機遇，多番運籌決策，協調各種關係，募集資金，以175.1萬元購得4.5畝地基（即今鳳凰路92號），作為另建清真寺的新址地基。2002年6月1日，在石溝頭清真女校數十名身穿皂衫頭戴蓋頭的青年女哈里發出清脆高亢的“真主至大！真主至大！”的邦克聲中，城區清真寺朝真殿開工，2003年12月24日竣工。建築面積3343平方米，項目投資227萬元，經費主要自籌，不足部分由市、區兩級政府補助。由於受地形限制並為了充分利用地基，朝真殿設計為八棱形，三樓一底，磚混結構；一樓為多功能廳，二樓為男禮拜廳，三樓為女禮拜廳，四樓為辦公室和教室。二樓殿堂高大寬敞明亮，頂吊多盞日光燈和吊燈，地板用實木地板鋪裝，漆得光潔錚亮，可同時容納650人在此禮拜。整個朝真殿建築面積2483平方米，經過16個月的緊張施工，於2003年12與24日竣工，造價180餘萬元，工程質量良好。另在朝真殿西南方建蓋了水房，兩樓一底，磚混結構，一樓為盥洗衛生間，二樓大間為學生宿舍，小間為會議室，三樓為教長居室。占地197平方米，耗資30餘萬元。續馬超林聘馬本令為教長，師母馬俊芬為阿語教師，後聘馬介聰為教長，師母馬順梅為阿語教師至今。現今辦有全日制阿語班、老年班、假期少年班和雙休日班。全日制班有哈里發10-13人。
交流合作
玉溪州城清真寺的幾次擴建改建及城區清真寺的搬遷新建，都得到了市、區兩級黨委、政府及相關部門的關懷照顧；當時在職的和離退休的回族幹部也出了不少力，穆民或捐資或出力的積極性及動人場面、感人事跡充分體現穆民振興伊斯蘭教的決心和信仰的虔誠，管委會貢獻大，功不可沒。
現在，城區穆民正建蓋新的教學樓，不久的將來，站在鳳凰路邊，即將看到教學大樓與清真寺宣禮塔比肩而立，戴白帽的或蓋頭的男女穆民，做完了禮拜，從清真寺里走了出來，融進現代社會的人群中，玉溪城區清真寺，顯得如此的和諧、寧靜、莊嚴。
