歷史
在江戶時代以前，熊本藩的範圍大概包括加藤清正及小西行長管治的領地。後者在關原之戰參加西軍，因戰敗後被德川軍處死，其領土分配給加藤清正，成為52萬石大名，清正時代建造熊本城，在清正管治期間，風評良好，後世稱他為“清正公”。1632年，第二代藩主忠廣因德川忠長事件而被處分，分配到出羽國羽岡藩，並由新領主細川氏管治，直到廢藩置縣為止，由細川氏所管治。
在管治初期，召回不少加藤氏家臣及肥後國人。第二代藩主光尚早年死亡。第三代藩主綱利7歲就任。1747年第五代藩主忠孝在江戶被7000石旗本板倉勝該斬死，自此將家紋改變。
1755年開設藩校時習館，重賢進行改革，成功將熊本藩中興。幕末時代藩內分為勤王黨、時習館黨、實學黨等。
1870年末代藩主護久，支持實學黨，控制了藩政。[[1871年廢藩置縣後，原有領地成為了熊本縣的行政區劃。
藩主
加藤家
外樣 52萬石
清正（1587年-1611年）
忠廣（1611年-1632年）
細川家
外樣 54萬石
忠利（1633年-1641年）
光尚（1641年-1649年）
綱利（1649年-1712年）
宣紀（1712年-1732年）
宗孝（1732年-1747年）
重賢（1747年-1785年）
治年（1785年-1787年）
齊茲（1787年-1810年）
齊樹（1810年-1826年）
齊護（1826年-1860年）
韶邦（1860年-1870年）
護久（1870年-1871年）
支藩
熊本藩有兩個支藩，分別是宇土藩及熊本新田藩（後改稱高瀨藩）。
宇土藩
1646年設立。藩廳位於宇土，藩廳位於宇土城的遺址，細川光松的從弟行孝被分為3萬石，六代藩主立禮及立政曾繼承熊本藩成為藩主。1870年與熊本藩合併而廢藩。
細川氏、外樣3萬石
行孝（1646年-1690年）
有孝（1690年-1703年）
興生（1703年-1735年）
興里（1735年-1745年）
興文（1745年-1772年）
立禮（1772年-1787年）後繼承熊本藩改名為齊茲
立之（1787年-1818年）
立政（1818年-1826年）後繼承熊本藩改名為齊護
行芬（1826年-1851年）
立則（1851年-1862年）
行真（1862年-1870年）
肥後新田藩/高瀨藩
1666年第三代藩主細川綱利的弟弟利重被封於熊本藩藏米3萬5千石。1870年與熊本藩合併而被廢藩。
細川家、外樣3萬5千石
利重（1666年-1687年）
利昌（1687年-1715年）
利恭（1715年-1742年）
利寛（1742年-1767年）
利致（1767年-1781年）
利庸（1781年-1805年）
利國（1805年-1810年）
利愛（1810年-1833年）
利用（1833年-1856年）
利永（1856年-1870年）
