主要成分
湖泊水中溶解的主要化學成分與一般天然水的相似，其評價指標也與天然水的相同。湖泊嚴重污染時，需要測定對水生生物有毒的物質，例如酚、重金屬等。
湖水的化學成分與礦化度的大小有較密切的相關，淡水湖水中的主要離子是 HCO3-和Ca+，而在鹹水湖和鹽湖中，隨著礦化度的增高，CI-和Na+的相對含量增大。
影響因素
湖水水質在湖泊水質的影響因素中，除了與其他天然水質共同的影響因素（如補給水源的化學成分，氣候、地質和土壤條件）以外，還有湖泊本身的形態、大小和湖內的生物活動過程。這些影響因素，對湖水的水質，尤其是對湖泊的水溫、溶解氣體和生物原生質的影響很大。這是湖水水質區別於河水水質、地下水水質的主要特徵。
湖泊換流緩慢。緩慢的水交替使湖水在湖盆中停留的時間比在河床中長得多，因此氣候條件對湖水水質的影響比對河水水質的影響要顯著。在濕潤地區，入湖河流流入的水量超過湖面的蒸發量，造成湖泊的溢流。在這種情況下湖水礦化度較低。在乾旱或半乾旱地區，蒸發量超過入注河流的流入量，聚積了河流帶入的化學成分，湖水往往礦化度較高。湖泊的大小對湖泊水質有顯著影響，大的湖泊有較強的調節能力，當湖泊水體遠大於入注河流的時候，湖水水質的季節變化和年際變化均不顯著。
顯著特點
湖泊緩慢的水交替的最重要的後果就是水的化學成分在垂向上分布的不均一，這是湖泊水質不同於河流水質的典型特徵之一。湖水的溫度隨水深度而變化（見湖水熱動態），水溫又直接影響溶解氣體特別是溶解氧的含量，在絕大多數情況下，在湖泊的每個部分尤其在不同深度，溶解氣體的含量是不相同的。通常，大而深的湖泊的溫度較低，生物過程較弱。一年內溶解氣體的含量取決於水溫的變化過程，溶解氧含量冬季最大，夏季最小。在小湖泊內，由於受熱條件良好，夏季進行強烈的光合作用，湖水含有過剩的溶解氧。所以小湖泊表層氧含量通常較高。在湖底的淤泥內，有機物質由於缺氧，在厭氧微生物作用下分解產生硫化氫 (H2S)和甲烷(CH7沼氣)。湖泊內生物原生質（NO婣、NO娛、HPO娺-、H2PO嬄、NH嬃）的變化在湖面與湖底也不相同，在湖泊的底層,由於湖底有機物的分解，水中的生物原生質含量大，湖泊表層水內的生物原生質含量較小。湖泊水質的垂直差異是湖水水質區別於河水水質和地下水水質的最顯著的特點。
水庫是人工湖泊,它的水化學特徵與湖泊的類似,區別在於庫區在蓄水初期，由於村莊、農田和丘陵山岩的淹沒，有大量的有機物溶入水中。
