一）貫徹執行有關港口、航運工作的法律、法規、規章和方針、政策；結合本市實際，研究起草港口和航運工作的地方性法規、規章草案和政策，制定港章，並組織實施有關法規、規章和政策。
（二）根據國家和地方對港口發展的戰略要求和本市城市總體規劃，編制上海港口（含洋山新港區）的總體規劃；依據有關法律、法規和規章的規定，對港口的岸線、陸域、水域實施行政管理。
（三）負責屬於地方政府管理許可權的國際海上運輸、沿海運輸和長江運輸的行業管理工作；負責沿海、國際航線的備案受理工作；組織、指導並監督港口水運行業的行政執法管理工作。
（四）負責上海港口和水運的行業管理工作；對上海港口的水陸運輸的經營秩序、安全生產，以及所轄通航水域的衛生防疫、環境保護等實施監督和管理；對上海口岸內屬於地方政府管理許可權的海事、航道等依法實施管理；組織處置轄區內重大突發事件、重大災害事故和重大服務供應事故。
（五）負責上海港口公用基礎設施、內河航道的規劃和管理工作；按照國家規定的基本建設程式、許可權，負責內河航道建設立項和管理工作；負責協調推進港口和水運的科學技術工作。
（六）負責對上海港口和內河航道建設市場秩序進行監管，對港口和內河航道建設項目的工程質量、安全實施監督。
（七）負責協調國家重點物資和緊急、特種物資以及軍事、搶險救災物資的水路運輸；負責劃定和審核上海港口危險貨物作業泊位、庫場的區域，並實施監督。
（八）負責征繳、代征國家和上海市規定的涉及港口和航運的有關規費及其他費收；會同有關部門對上海港口和水路運輸企業經營性收費項目和價格，實施監督和管理。
（九）負責國內外船舶進出上海港引航的有關管理和監督工作；負責上海港與國內外港口的合作、技術交流及重大涉外活動等工作；
（十）負責港口和水運從業人員的技術、業務培訓、考核和發證的管理工作；負責上海港口和水運的信息匯總、統計和管理工作。
（十一）負責有關行政複議受理和行政訴訟應訴工作。
（十二）承辦市政府交辦的其他事項。
