主要領導
張朝沂：重慶市港航管理局黨委書記、副局長
主要職責
重慶航道圖全貌貫徹落實重慶市交通行業發展戰略、中長期規劃和年度計畫，並按照有關政策、法規、規章、標準，負責對全市水上交通運輸行業的行政管理，監督管理水路運輸市場，維護市場秩序；負責全市（長江除外）水上交通安全管理，維護支小河流、湖泊、水庫等通航水域的通航秩序；負責對港口、碼頭、港埠企業實施行業管理，維護港口經營秩序；負責嘉陵江、烏江等地方航道的管理、養護和建設；負責船舶圖紙審驗、船用產品檢驗、船舶檢驗、船舶焊工資質管理；負責徵收水運交通規費。
機構職能
機構設定
辦公室：負責組織協調局機關工作，負責有關重要會議的組織工作，起草局裡的重要報告、綜合性檔案；負責文秘、收發、政務信息、文書檔案管理、信訪工作及對外宣傳、；負責局機關保衛工作和後勤服務工作。
組織人事處：負責組織人事、勞動工資、學習宣傳、紀檢監察、群團組織的日常管理工作；負責日常黨務工作，承辦黨務會議，起草黨委各種檔案和機要保密工作；負責黨風、行風、精神文明三大建設工作；負責編制、報送有關組織、人事、工資報表；負責編制和組織實施職工年度教育培訓和崗位培訓計畫；負責離退休人員的管理工作；負責幹部的推薦、考核、選拔、調整、培訓、管理工作；負責專業技術人員的職稱評定、推薦、聘用、報批工作；辦理職工因工或非因工傷殘、疾病、死亡等的福利待遇手續。
計畫財務處：編制全局財務預決算；監督、檢查各項計畫的執行；檢查基層單位的財務管理和會計核算工作；負責國有資產的監督、管理；負責水路規費的徵收、管理；負責編制水運行業中長期計畫；負責水運行業統計工作。
科技信息管理處：負責信息化項目的建設與管理工作；負責局機關網路中心機房及各工作站的管理、運行與維護工作；負責對全局計算機套用操作的培訓與指導；負責科技項目的立項申報和組織鑑定。
政策法規處：負責水上交通行業法制建設，草擬法規、規章草案；負責水上交通行政執法監督，組織行政案件的聽證工作；開展水上交通行業的政策研究，參與行業體制改革工作；負責全市港航管理執法人員的培訓。
運輸管理處：負責全市水路客、貨運輸及服務企業的審批；發放水路運輸（服務）許可證和船舶營運證；負責全市水路運力的登記審批；負責全市水路運輸市場秩序維護和管理工作；為船舶經營人提供諮詢，組織培訓水運管理專業人員。
航道管理處：執行國家和地方的航道法律、法規政策；負責徵收有關規費及航道賠償費的監督與管理；負責編制航道維護生產計畫；監督檢查航道生產計畫的實施和生產經費的使用；負責提出、審批通航有關的攔河、跨河、臨河建築物的通航標準和技術要求；擬定航道技術等級；收集、整理、總結有關技術資料，推廣新技術、新工藝、新材料的運用。
港口管理處：審查報批港區岸線申請；負責對港口的岸線、陸域、水域實施統一行政管理；核發港口業務經營許可證；負責港口經營秩序、安全生產、環境保護的監督和管理；負責企業經營性收費項目和標準的監督和管理；負責港口統計工作。
海事處：負責全市（除中央水域）水上交通安全監督管理及鄉鎮船舶安全管理；維護通航秩序，制定和組織實施水上交通管制；負責三等及以下船舶登記（除長江幹線四客一危）和船員考試發證工作；負責轄區內船舶防污染和危險品貨物運輸的監督管理、水上交通事故調查處理和統計上報，以及水上水下施工作業安全維護，發布航行通告。
船舶檢驗處、船舶技術處：負責《中華人民共和國海上設施檢驗條例》、中華人民共和國海事局有關船舶檢驗的章程、條例、法規、規範、規程等在本地區的貫徹執行。負責本局所轄區域船舶及船用產品的法定檢驗；船舶及船用產品設計圖紙及技術檔案的審查、批准工作，負責船檢技術檔案、檔案的立卷、歸檔和管理。負責對全市各級檢驗機構進行正式的、定期的工作質量評審；對其工作情況進行監控、指導，出現的質量事故、偏差進行處置糾正並制定預防措施；並定期對各級檢驗機構船檢人員進行業務培訓。根據用戶申請提供公正檢驗、技術諮詢與服務；受有關單位或機構委託，負責船舶重大技術問題的研討和重大機、海損事故的調查並提交調查報告。
重慶市水上交通管理監控中心：運用重慶市水上交通管理監控系統（GPS監控系統），24小時全天候對船舶動態進行監控，接收並下發通航安全信息，設定重點水域預警區域，實施交通組織。當發生水上交通事故、污染事故或其他緊急情況時，接收報警信息，為水上交通事故的快速地救援和處理提供技術支持,並參與聯合搜救行動。指導轄區內監控分中心的工作，處理監控分中心在監控中出現的問題。負責維護保養各類監控設備。
局屬單位
重慶市港航管理局直屬處
負責主城六區水上交通運輸安全管理；按國家規定徵收有關港口費；核發港口業務經營許可證；維護港口生產經營秩序；對所轄區水路交通運輸市場現場監督；對各種營運船舶現場監督檢查，查處並糾正違規違章行為。
重慶市嘉陵江航道管理段
負責嘉陵江69公里航道和9座信號台的養護、管理，保證航道暢通，達到國家規定相應的通航保證率；依照國家法律、法規、規章及規範性檔案的規定；負責航道及航道設施的保護；協助審批與通航河道有關的攔河、跨河、臨河建築物的通航標準和要求。
重慶市合川航道管理段
負責涪江、渠江、嘉陵江三江總計225公里航道和5座信號台的養護、管理，保證航道暢通，達到國家規定相應的通航保證率；依照國家法律、規章及規範性檔案的規定；負責航道及航道設施的保護；審批與通航河道有關的攔河、跨河、臨河建築物的通航標準和技術要求。
重慶市烏江航道管理段
負責烏江188公里航道和27座信號台的養護、管理，保證航道暢通，達到國家規定相應的通航保證率；依照國家法律、法規、規章及規範性檔案的規定，行使航道行政管理；負責航道及航道設施的保護；協助審批與通航河道有關的攔河、跨河、臨河建築物的通航標準和技術要求。
重慶市銅梁船閘管理所
負責小安溪河108公里渠化航道11座船閘和瓊江河4座船閘的養護、管理，保證航道暢通，達到國家規定相應的通航保證率；依照國家法律、規章及規範性檔案的規定，行使航道行政管理；負責航道及航道設施的保護；依照國家法律、法規、規章的規定，徵收有關規費。
