組織機構
1．行政職能科室(7個)：辦公室、黨委辦公室、人事保衛科、財務科、業務管理科、科教管理科、總務設備科。
☆疾病預防控制（4個）:
傳染病防制科、免疫規劃科、愛滋病防制科、消毒與病媒生物防制科；
☆健康危害因素監測與控制（4個）:
營養與食品衛生科、環境衛生科、學校衛生科、健康教育與宣傳科；
☆實驗室分析與研究（4個）：
理化檢驗科、微生物檢驗科、毒理檢驗科、分子生物醫學檢驗科；
☆服務部門（2個）：
檢驗服務科、信息科。
重點實驗室
1．二惡英研究室國家衛生部二惡英檢測專業實驗室、深圳市重點醫學實驗室。實驗室投入總資金近一千萬元，建立了以博士、碩士為主體的技術梯隊，配備有氣相色譜/高分辨雙聚焦磁式質譜聯用儀，建成了以二惡英類化合物為代表的持久性有機污染物超痕量檢測技術平台，能夠開展國際上常規檢測的十七個最毒的二惡英同分異構體化合物（PCDD/Fs）、三十七個多氯聯苯同分異構體化合物(PCBs)、七個多溴聯苯醚化合物(PBDEs)的定性和定量檢測，可以分析的樣品基質有：食品、食品添加劑、飼料、環境樣品中垃圾焚燒爐煙道氣、飛灰、底泥、土壤、水、化工產品等。近年來，先後承擔和主持國家自然科學基金、廣東省、深圳市級科研立項課題8項；參與國家科技部十五公關科研項目、國家973、國家食品安全關鍵技術等國家級科研立項課題8項；獲得“中華醫學科技獎”二等獎和深圳市科技進步三等獎各1項；申報發明專利1項。編著出版相關學術專著1部，發表相關學術論文30餘篇，其中SCI收錄論文6篇。此外具備自主招收碩士研究生、合作招收博士研究生資格。累計培養已畢業博士研究生、碩士研究生10多名。多次在生態安全和食品安全保障中發揮重要作用。
2．衛生毒理研究室
廣東省“十一五”醫學特色專科、深圳市市級重點實驗室、深圳市醫學重點實驗室。實驗室現為中國毒理學會生化與分子毒理專業委員會、廣東省預防醫學會衛生毒理專業委員會掛靠單位，中山大學博士後流動站科研基地，深圳市博士後創新基地。實驗室已形成了以博士和碩士為主體的人才梯隊和研究團隊。重點研究方向為:化學污染物對機體損傷的分子機制與生物標誌物，及其適應與耐受機制。實驗室學科帶頭人莊志雄教授，現任中國毒理學會理事長，中山大學和中南大學聘任教授、博士生導師。實驗室現擁有2200多萬元可進行細胞、基因組、表基因組、蛋白質組及實驗動物整體水平檢測及研究的先進儀器設備，同時擁有獲得廣東省科技廳頒發的SPF級和普通級實驗動物使用許可證的實驗動物中心。實驗室同時負責接受客戶委託，對食品、化妝品、消毒劑、一次性衛生用品和化學品等產品進行毒性檢測和安全性評價工作。近五年實驗室共承擔國家、省、市級科研立項課題41項，其中國家自然科學基金項目：10項（獨立承擔8項、合作單位2項）；國家973項目：2項（分題負責單位）；國家863課題：1項（合作單位）；省自然科學基金項目：5項（獨立承擔4項、合作單位1項）；省衛生廳課題：2項；市科技計畫項目：21項（其中重點項目3項）。2004年以來分別獲得國家級、省級和市級科技成果獎12項，其中包括廣東省科技進步特等獎1項、廣東省科技進步二等獎2項、中華醫學科技二等獎1項、廣東省科學技術三等獎1項、深圳市科技創新獎3項、深圳市科技進步一等獎2項、深圳市科技進步三等獎2項。在國家級刊物上發表學術論文375篇，在SCI收錄的雜誌上發表論文22篇，參加國際會議交流論文13篇。累計培養已畢業博士研究生20名、碩士研究生23名，培養博士後2名。
3．分子生物研究室
深圳市醫學分子生物學重點實驗室，主要從事熱帶病疫苗和診斷試劑的研究與開發、慢性非傳染性疾病分子流行病學研究、人畜共患病分子機理以及癌症的預防研究等。具有集科研、診斷、教學、熱帶病預防與控制於一體的技術平台，具備自主招收碩士研究生、合作招收博士研究生和博士後流動站資格。目前承擔國家自然科學基金、廣東省自然科學基金、深港創新基金，深圳市科技計畫重點項目等資助的研究課題。主要研究方向有：1）中國黃種人外顯子相關基因組研究；2）中國黃種人腦卒中發病相關功能基因及基因治療研究；3）食品污染物現場快速診斷生物感測器及其複合金標層析試劑盒的研製；4）腸毒素對癌症的預防與治療效果的研究；5）廣州管圓線蟲診斷循環抗原單抗製備及其套用研究；6）弓形蟲病綜合防治技術研究等。近5年來先後在國內外發表學術論文240多篇，其中在Emerging and Infectious Diseases,Infection and Immunity, BBC, Cancer Research, Internationl Parasitology, parasitol Immunity, parasitol Res等國際有影響刊物上發表多篇論文。先後獲國家專利和省、市科技成果獎多項。為國家培養博士和碩士研究生近50名。
4．愛滋病研究室
深圳市衛生系統重點實驗室，衛生部愛滋病確認實驗室。負責全市愛滋病流行病學監測和疫情處置，實驗室篩查和確認，治療藥品信息管理，相關技術研究與推廣，政策調研等。現己形成高級職稱和高學歷人員為主體的人才隊伍，擁有流式儀、自動化核酸蛋白提取工作站等大型設備。近3年來承擔國家、省市科研立項以及國際合作項目20餘項，主要方向包括：HIV相關人群調查、分子流行病學、病毒學基礎研究，以及母嬰傳播阻斷、耐藥分析等，發表SCI論文近10篇，並申報國家發明專利1項。目前，研究室與十餘所國內外著名高校、研究機構建立了密切合作關係。
5．轉基因研究室
全國疾病控制系統少有能從事轉基因檢測和研究的單位。先後投入1000多萬元建成。現有食品衛生安全、營養保健、基因工程、分子生物學等相關專業的技術人員，主要開展轉基因生物及轉基因食品安全風險評估的標準研究，承擔廣東省科技廳和衛生廳、深圳市科技局下達的轉基因食品安全性檢驗技術的研究工作。榮獲“轉基因檢測”兩項國家發明專利，制定轉基因生物食用安全性要求與評價、檢驗方法和轉基因食品安全性要求等6個深圳市和廣東省地方標準，編著出版相關學術專著4部，發表相關研究論文33篇，其中SCI收錄論文3篇，先後獲得廣東省科技進步三等獎1項，深圳市科技創新獎2項。
6．微生物參比實驗室
廣東省“十一五”醫學特色專科，深圳市重點醫學實驗室；擁有三位享受政府特殊津貼專家和一批以高級職稱、高學歷技術人員為主的專業團隊，配備多個國內先進的生物安全實驗室和近2000萬的各類先進儀器設備，建立了較為完善的免疫學、病原學、細胞生物學和基因組學檢測研究平台，為全市病原微生物研究和SARS、禽流感、甲型H1N1等各類傳染病應急處置工作提供實驗室診斷和參比檢驗服務。近5年來主持了國家自然基金、國家重大科技專項和20多項省、市級課題研究工作，獲多項中華醫學獎以及省、市科研成果獎勵和3項國家專利。。
7．理化檢測實驗室
具有以高級技術職稱和博士、碩士為主的專業人才隊伍；配備液相色譜/串聯質譜儀、液相色譜/ICP-MS聯用儀、氣質聯用儀等大型精密分析儀器二十餘件。集日常檢測、新技術新方法的研究開發為一體，已開展三聚氰胺、蘇丹紅、孔雀綠、丙烯醯胺等400餘項檢測項目。同時還開展場所、健康相關物品的健康危害因素的預測、預警和分析；碘缺乏病、食品營養素檢驗；放射性總α、總β檢測；負責突發性公共衛生事件的應急檢驗。近五年，承擔國際原子能機構（IAEA）、廣東省自然科學基金、廣東省醫學科學基金項目和深圳市科技基金項目24項，參加國標研製19項，獲深圳市科技創新獎、深圳市標準創新獎各1項。
職能
疾病預防與控制突發公共衛生事件應急處置
疫情及健康相關因素信息管理
健康危害因素監測與控制
實驗室檢測評價分析
健康教育與健康促進
技術指導與套用研究
專業人員: 單位編制218人，現有人員264人；
現在編人員中：
高級職稱80人，中級職稱35人，初級職稱53人；
博士10人，碩士42人，本科71人；
博士生導師: 3名；碩士生導師: 8名。
科研與教學
科研立項
2002－2009年，中心獨立承擔各級各類科研項目153項：國家自然科學基金項目：12項；
國家973項目：2項（分題負責單位）；
國家科技重大專項：子項目牽頭1項，參與5項；
國家衛生部課題：3項；
省級項目：13項；
市科技項目：108項；
國際合作項目：9項；
中心承擔國家自然科學基金項目，在我國CDC系統中是受資助項目較多的單位之一。
科研成果
2002-2009年獲得各級科研成果23項，其中省科技進步 特等獎 1項
二等獎 1項
三等獎 4項
市科技進步 一等獎 7項
二等獎 2項
三等獎 5項
中華預防醫學會科技 三等獎 2項
研究領域
☆傳染病：愛滋病、病毒性肝炎、流感、人感染禽流感、瘧疾、ＳＡＲＳ、軍團菌等；☆非傳染病:高血壓、糖尿病、腦卒中、惡性腫瘤等；
☆寄生蟲病：瘧疾、肝吸蟲、隱孢子蟲等；
☆傷害：交通、職業、學校等；
☆營養、環境、職業、社會、心理等健康危害因素；
☆學科層面：現場流行病、分子流行病、分子生物學、蛋白組學、毒理（生化、分子）。
學科帶頭人
☆莊志雄教授：博士生導師，主要研究方向為生化與分子毒理學，獨立指導26名博士、碩士研究生順利畢業。現為中國毒理學會理事長、國務院學位委員會學科評議委員、中國醫學教育學會預防醫學教育研究會副理事長、亞洲毒理學會理事、中華勞動衛生職業病學會副主任委員、全國職業衛生標準委員會副主任委員、廣東省衛生毒理學會主任委員、廣東熱帶醫學會副理事長、《衛生毒理學雜誌》、《中國公共衛生》、《中國公共衛生管理》、《中國性病愛滋病雜誌》副主編、10餘種雜誌編委。主持和參加國家重點基礎研究發展計畫項目（973項目）、國家自然科學基金、衛生部科研基金、廣東省科研基金十餘項，發表科研論文100餘篇，參加編寫4本著作和教材的編寫。多次獲衛生部科技進步獎、國家教委科技進步獎、廣東省科技進步獎、深圳市和廣州市科技進步獎；1993年起獲國務院頒發政府特殊津貼。☆程錦泉教授：博士生導師，香港中文大學特聘教授，廣東省高級職稱評定委員會委員，畢業於華中科技大學同濟醫學院。現任深圳市政府決策諮詢專家委員會委員、享受深圳市政府特殊津貼專家、《中國公共衛生管理》及《中國公共衛生》雜誌副主編、《中華預防醫學》雜誌編委、中華預防醫學會社會醫學分會委員、廣東省預防醫學會環境衛生專業委員會副主任委員、廣東省預防醫學會流行病專業委員會委員、深圳市預防醫學副會長、深圳衛生經濟學會理事。先後在國際國內權威學術雜誌上發表論文50多篇，主持和參與國家七.五攻關課題1項，主持國家自然科學基金課題1項，參與國家自然科學基金課題2項。主持廣東省衛生廳課題1項，深圳市科技項目等5項，還主持《深圳市區域衛生規劃研究》，《深圳市衛生政策研究》、《深圳市控制梅毒愛滋病母嬰傳播及經濟學評價研究》等項目以及參與世界衛生組織，中國歐盟，中英、全球項目。2002年獲深圳市科技進步二等獎；2004年獲深圳市科技進步三等獎；2005年獲深圳市科技進步三等獎；2006年、2008年分別獲得深圳市科技創新獎。
☆張仁利教授： 2000年畢業於日本名古屋市立大學醫學部，獲得病原生物學醫學博士學位，主要從事熱帶病研究，現為深圳市疾病預防控制中心分子生物研究室主任、主任醫師，深圳大學生命科學院教授，碩士研究生導師，主要研究方向為病原體感染受體分子生物學；傳病蚊媒雌雄蚊差異基因組研究;同時擔任廣東省寄生蟲學會理事，深圳市傳染病與寄生蟲學會副主任委員，中國熱帶醫學雜誌、熱帶醫學雜誌編委等社會職位；先後在國際刊物Infection and Immunity, BBC, Cancer Research, Internationl Parasitology, parasitol Immunity 等刊物發表多篇有影響的論文，1998年獲日本大幸醫學獎。先後主持International Foundation for Science(國際科學基金)、教育部等科研課題；獲得省科技進步二等獎一項，市科技進步二等獎兩項。
☆何雅青研究員：現任廣東省預防醫學會醫學病毒學會副主任委員、中華流行病學雜誌特邀審稿專家、“中華臨床與衛生”雜誌副主編，深圳市預防醫學會病原生物學專業委員會副主任委員、深圳市防治人畜共患傳染病專家組成員，深圳大學生命科學學院和華中科技大學同濟醫學院碩士生導師，深圳市醫學繼續教育中心兼職教授，為享受深圳市政府特殊津貼專家。在脊髓灰質炎病毒、輪狀病毒、諾沃克病毒、腺病毒、腸道病毒71型、SARS病毒及溯源研究方面做了大量的工作。有20餘篇論文發表在國家一級雜誌上，3篇論文發表於國外雜誌上，其中論文《華南地區動物SARS樣病毒的分離與鑑定》發表在Science雜誌上。在研課題兩項，參與國家“973”計畫項目和國家科技攻關計畫課題各一項。獲深圳市科技進步一等獎一項、二等獎兩項。
☆張建清主任醫師，博士，是深圳市疾病預防控制中心二惡英重點醫學實驗室的學術帶頭人。現為廣東省質譜學會理事、深圳市保健科技學會理事、深圳市實驗醫學專業委員會理事、深圳市營養學會理事、深圳市預防醫學會理化檢驗專業委員會委員。以第一作者在國內外核心期刊雜誌發表學術論文總計24篇，參與編輯專著1部。先後承擔和參與國家、省、市級科研立項課題總計11項，同時獲得國家、省級和市級科技成果獎總計三項。
教學
☆中山大學的博士後流動站。☆已同以下高校建立高等院校教學基地（含研究生、本科生）：香港中文大學公共衛生學院、華中科技大學同濟醫學院公共衛生學院、中山大學公共衛生學院、四川大學公共衛生學院、深圳大學生命科學學院、中南大學公共衛生學院等。
☆共培養博士研究生23名、碩士研究生30多名、博士後3名。
遷地重建：
目前，一個占地3.18萬平方米、建築面積4萬平方米，由一棟綜合業務樓、一棟預防醫學門診樓、一棟後勤服務樓和三棟實驗樓組成的新的疾控中心遷址重建工程正在建設之中，預計至2008年，一個全新的、現代化的深圳疾控中心將在瑭朗山綠樹紅花的映襯下，呈現在世人面前。
