下設綜合部、人力資源部、財務部（派駐）、計畫經營部、安全技術部、物資部、新線辦、車務部、調度票務部、車輛部、維修工程部、自動監控部12個部門，目前共有員工1326人。 運營分公司代表捷運公司全面負責捷運的運營管理、客運服務、列車運行組織及土建設施、車輛和運營系統設備的維修保養等工作，是直接服務於社會大眾，為乘客提供安全、正點、熱情、周到的運營服務，展現深圳捷運形象和服務水平，也是深圳捷運和乘客直接交流的一個重要視窗。
2004年12月28日，深圳實現了捷運一期工程“如期、安全、順利、高水平、高質量開通”的目標，運營分公司開通第一列運營車輛，以嶄新的風貌迎接乘客，服務大眾。
2005年4月28日、6月28、9月28日、12月28日及2006年4月28日 運營分公司以最快速實現深圳捷運的五次“提速”，2007年2月12日及6月20日實現第六 、第七次“提速”，一號線運營間隔由開通初期的15分鐘壓縮為高峰期5分鐘，並延長尖峰時段，四號線運營間隔由開通初期的17分鐘壓縮為10分鐘，捷運運輸能力較開通初期大幅提高。
2007年9月23日，深圳捷運已實現安全、優質、高效運營1000天，並連續三年實現安全運營，向市委、市政府和廣大市民交了一份滿意的答卷，運營人將一如既往的繼續為廣大乘客提供“安全、正點、熱情、周到”的真摯服務。
