逢“文革”亂世，歷劫荒廢，梵宇、文物蕩然無存。乙亥歲（1995）春東里鎮政府和統戰部門領導人，至達濠青雲禪寺，向方丈釋定根倡儀並敦請，主持重興之。市、鎮領導人，親蒞踏勘頭沖觀地方，又蒙鄉眾無償出讓6千餘平方米土地，於同年十二月初三日奠基，重建並擴大，於丁丑（1997）春竣工。1997年5月28日（農曆四月二十二日），舉行古寺重建落成、諸佛菩薩聖像開光暨定根方丈升座典禮。
寺坐北向南，總建築面積約1600平方米，中國佛協副會長釋明暘敬題寺匾，為古剎添彩。分三進：天王殿、大雄寶殿、藏經樓，兩廂各三層樓房。寺中諸佛、菩薩聖像，皆為玻璃鋼塑造，美觀大方。大雄寶殿內釋迦大佛，高5.3米；兩尊千佛燈塔各高3米餘。全寺聘能工巧匠築造，殿宇恢宏，氣勢壯觀，琉璃閃光，設備具全，堪稱一方名勝。
水仙庵，今稱水仙古寺，座落於汕頭市澄海區澄城北約十里許之東里鎮樟林頭沖界內。梵宇坐北朝南，襟江屏岳，枕蓮峰而案筆架，前瞻樟林古港，遠眺桑浦翠巒，環顧萬家福地，汕樟公路橫貫兩側，交通方便，位置獨特，環境清幽，道場整肅，乃十方緇素潛修弘法之靜境，系海內外信施息慮平心、祈福消災、禮佛觀光之聖地。
該庵肇建於明末清初，毗鄰樟林古港出海口處。往早潮人乘紅頭船離鄉別井、飄洋過海謀生存，必登庵禮佛，祈禱佛祖庇佑，平安遠航，靈應顯赫，事業有成者歸梓必登庵還願，報答佛恩，因而素來香火鼎盛。尤其民國年間，高僧純忠大和尚於此駐錫，弘法接眾，先後有定因、定根、定意等有志青年，禮於老和尚座下披剃出家，先後分赴海內外弘法行化，皆成為振興佛教的一代龍象，法裔繁衍，僧才輩出。“山不在高，有仙則名”，水仙庵因此馳名遐邇。
自1949年新中國成立以後，宗教信仰一度未獲自由，佛教寺產大都被移占別用，水仙庵也在社會變革中逐漸荒廢，文物經典流散。直至1979年國家重申宗教信仰自由政策，厲行改革開放德政，政通人和，經濟繁榮，百廢俱興。全國名山叢林紛紛開放修復，潮汕大地的寺廟精舍也迅速恢復。但是，明代古剎水仙庵故址鞠為茂草，僅存古井一口而已矣。
斯時，曾於水仙庵出家之定因、定意等老和尚相繼謝世。年愈八旬的汕頭市佛協會長、重興靈山寺退居方丈定根長老，深知重興祖堂之重任已落在他一人身上。定根上人自國家撥亂反正，信仰自由以來，充分發揮其圓融無礙的智慧，十方景崇的人緣優勢，廣結善緣，與歷劫倖存的師友，齊心協力重興靈山寺、青雲禪寺、疊石玉佛寺等叢林名剎和一大批大小庵寺精舍，功德卓著，眾口皆碑。
幸至1995年春，澄海、東里等當地黨政領導，為發展當地經濟，繁榮佛教旅遊事業，特登青雲禪寺，禮請定根大和尚主持重建明代名剎水仙庵。老和尚自知義不容辭，不辭高齡體弱，滿口應承，全力以赴籌划水仙庵重建工程。在當地黨政的配合下，頭沖、觀一等村信眾，無償捐讓土地6000餘平方米，並擇吉於乙亥年(1995年)十二月初三日隆重舉行奠基儀式，在十方信施的鼎力支持下，依叢林規制精心設計施工，僅歷一年多的時間，便順利完成中軸線三進重檐四垂夾雙廂樓閣的主體工程，塑立諸佛菩薩聖像，供奉十八羅漢與四大天王……雕樑畫棟，裁花種木，梵宇莊嚴，異彩紛呈。時任中國佛教協會副會長明陽法師特署端“水仙古寺”匾額。從此，水仙庵便稱為水仙古寺。
1997年5月28日(丁丑歲四月廿二日)，水仙古寺隆重舉行重建落成、渚佛聖像開光儀式暨定根方丈升座典禮，各級有關部門領導代表，海內外諸山長老，高僧大德以及十方信眾近萬人，專長程前來參加法會，盛況空前。
定根老和尚先後退居靈山寺、疊石岩、青雲禪寺方丈之職，率裔孫達隆、道印等悉心維護祖堂水仙古寺，並為培養後學，分別委任弟子弘養為青雲禪寺主持，弘禮為南澳疊石岩主持，為重建水仙古寺辛勤協助的裔孫達隆兼任疊石岩監院，特留裔孫道印為侍者，協助管理水仙古寺。由於老和尚德高望重，登寺禮佛參學信眾絡繹不絕。水仙古寺不僅規模壯觀，而且道場嚴整而聲名倍增。時至2003年4月8日(農曆三月初七日)吉辰，定根上人緣滿於青雲禪寺圓寂，亨世壽89歲，僧臘69，戒臘63，眾徒裔特建“釋定根老和尚紀念墓園”於青雲之巔，永遠緬懷一代高僧定根法師。並依上人遺囑，由弟子弘禮法師繼任水仙古寺方丈，道印法師為監院，率眾主持日常寺務和法會，一切有條不紊，香火興盛，與日俱增。
隨著社會經濟日益繁榮，信眾不斷增多，“原有禮佛場地漸覺湫隘，殿堂多有崩損。現任主持弘禮大師，當家道印法師秉根公遺志，發宏願，擬於寺後修建五層綜合樓，計有萬佛閣、藏經樓、羅漢堂、念佛堂、定根和尚紀念堂等。此舉蒙當地黨政部門大力支持，各界人士，四方佛子共襄義舉，遂擇戊子年十一月初八日奠基。遙瞻佛光注照，眾生緣深……同發宏願，襄茲義舉，廣種福田”(見《水仙古寺修建緣啟》)。在海內外十方信施的鼎力支持下，未來的水仙古寺必定更加宏偉壯觀，成為粵東地區禮佛觀光的佛教名勝!
