造船科
1946年，國立武昌海事職業學校成立的同時，設定造船科。1949年秋武漢解放，在接管國立武昌海事職業學校的基礎上，創辦中南交通學院，設定造船專業。1952年全國高等院校院系調整，造船專業調到上海交通大學。1958年隨著國家國民經濟發展的需要，恢復重建船舶工程專業，1963年交通部部屬院校進行專業調整時大連海運學院船舶工程系整體調至到武漢，與我校船舶工程系合併。1978年為適應社會需要，開辦了船舶設計與製造、造船工藝與設備、船舶結構力學、船舶流體力學四個本科專業。1982年開始招收碩士研究生，1983年開始招收博士生。
土木工程系
土木工程系成立於1949年，設有公路土木、公路橋樑和機械自動化三個專業，1952年全國高等院校院系調整，分別調整到湖南大學，華南工學院和江西大學。1988年恢復招生並成立土木工程系，設有公路與城市道路專業，並先後更名為交通土建、土木工程、道路橋樑與渡河工程專業。
交通運輸系起源於1952年，1952年全國高等院校院系調整時我校創辦水運管理和水運經濟專業，1963年交通部部屬院系調整時，該兩專業調整至上海海運學院，1983年恢復招生水運管理專業，成立管理工程系，1994年水運管理改名為交通運輸管理，成立交通運輸管理系，隸屬管理學院。
1999年由船舶工程系、土木工程系合併組建成船舶與土木工程學院。
2001年交通運輸管理系更名為交通運輸系，並與船舶系與土木工程學院合併，成立交通學院
