時代背景
U.C.0079年12月，由吉恩公國挑起的一年戰爭已進入最後的階段，人們都已看到吉恩的日漸式微，也盼望著和談的早日到來。然而，一部分吉恩軍的頑固派，仍然執迷不悟地堅持著與聯邦軍的戰鬥。這時的聯邦軍，除了加緊展開最終的大攻勢，亦沒有放鬆軍事技術方面的研究開發工作。由於少年英雄阿姆羅駕駛RX－78高達在戰爭中的突出表現，使聯邦充分認識到MS的價值與阿姆羅所表現出的新人類能力“NEW TYPE”之重要性。為了將兩者更好地結合，在地球的北極基地，聯邦軍試製出一架最新的RX－78高達“NT(NEW TYPE)－1阿歷克斯”。之後不久的12月21日，北極基地遭到吉恩部隊的突襲。不過，幸好NT－1未遭破壞，並且在掩護下被秘密送往宇宙中的中立地區SIDE6，在那裡進行最後的測試。
STORY
SIDE6沉浸在一片安宜祥和的氣氛中，這裡遠離戰場，幾乎從未發生過什麼戰事，駐守在這兒的聯邦軍的部隊也並不多，這一點，並不使少年阿魯高興，因為他是一個軍事迷，渴望看一下激烈的戰鬥場面。一日阿魯正與朋友們交流時，殖民地內發生了騷動，這是由吉恩的小股偵察部隊與聯邦發生的衝突所引致，不久，一架受了傷的扎克(改)，掠過阿魯的上空，墜落在離他不遠的林間草坪上。被擊落的吉恩新兵巴尼，用自己的軍銜章換取了阿魯的攝影機磁卡，這裡面記錄有阿魯從聯邦的工廠里偷拍到的MS組裝畫面，此外，還有幾日前從地球搬來的阿魯家的鄰居紅髮女郎克麗絲的倩影，巴尼獲取的情報，引起了吉恩軍的注意，他們立即組建了一支突擊小隊，執行破壞高達的任務，於是，巴尼所在的小隊，依靠一場小規模的戰鬥的混亂，再度潛入SIDE6，在宇宙殖民地中，巴尼又一次與阿魯相遇。
理想成為MS駕駛員的少年阿魯，自願為吉恩突擊小隊偵察聯邦軍的秘密基地的位置，並與監視他的青年巴尼成為了好友。一日，巴尼在阿魯的窗下與克麗絲邂逅，這為巴尼的監視任務，帶來一分情趣。同時，在突擊小隊的秘密倉庫中，對高達用新型MS——坎普瑪正在組裝中，計畫在聖誕節前，完成破壞阿萊克斯的任務。
一切準備工作完成後， 破壞高達作戰展開，由吉恩老兵駕駛的坎普瑪，將駐守的聯邦部隊打得落花流水，並與突擊小隊配合，很快到達了停放阿歷克斯的秘密工廠，阿歷克斯NT－1倉促應戰，並以性能的優勢將坎普瑪擊敗。至此，吉恩突擊小隊作戰失敗，小隊除巴尼以外全員戰死。
吉恩突擊小隊作戰失敗後，小隊唯一倖存者巴尼接到了立即撤離SIDE6的指示，因為吉恩軍沒有機會再組織力量破壞高達，於是他們打算聖誕夜之前，用核彈摧毀整個宇宙殖民地，巴尼得知訊息後，要求阿魯立即通知家人與克麗絲儘早離開殖民地，但遭到阿魯的反對，阿魯希望自己心中的優秀駕駛員巴尼，能擊潰阿歷克斯挽救殖民地的命運，於是巴尼只得一個獨自離開。
警方無法相信阿魯的報警，置之不理，同時，吉恩軍搭載核彈頭的攻擊艦已駛離母艦，阿魯面對朋友與家人幾欲絕望，此刻在機場，巴尼正猶豫不決，最終，他下定決心，為了阿魯與心愛的克麗絲，以及殖民地的人們，向阿萊克斯發出最後的挑戰，在阿魯的協助下，他修復了初次襲擊SIDE6時被擊落的扎克，用唯一的武器——能量斧對NT－1發起了攻擊，與此同時，阿魯從父親的口中得知了吉恩軍將於數日後簽訂終戰協定，他飛奔著跑向巴尼戰鬥的地方，但在他面前肢離破碎的NT－1的光束劍，已刺穿了扎克的座艙，而救護人員從NT－1的座艙中搶救出的聯邦駕駛員那一頭秀麗的紅髮，更令阿魯呆然……
