定義
基因定位克隆中獲得基因序列的方法大致有[18]：①對關鍵部位進行直接測序，已經可以對500kb左右的區域進行直接測序；②比較基因組作圖和測序，具體原理在下面講述，有關的信息可從http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/中得到；③位置候選分析（positionalcandidateanalysis），從某種程度來說，它將成為基因定位克隆的標準步驟，它是在被克隆的基因（往往是ESTs形式）和它們相應的染色體位置收錄在：http：//www-shgc/stanford.edu/cgi-bin/smsg#GOTO；④基因結構特徵分析，這方面主要有三種方法：HTF島作圖（非甲基化CpG二核苷酸）、進化保守區分析和外顯子捕獲。HTF作圖法根據的是稀有切割酶對基因組DNA的特徵性切割，產生可識別的標記，如基因的5’端和CpG二核苷酸等，有人又稱這為限制性標記基因組掃描(restrictionlandmarkgenomescanning，RLGS)[19]；⑤cDNA捕獲，它是根據基因組DNA和已知cDNA序列同源，它們就能形成異二聚體。這樣將二者接上接頭雜交後，再經過PCR擴增等即可得到未知基因。
區別
比較基因作圖(comparativegenemapping)或比較物理圖譜(comparativephysicalmaps)
基因非編碼區的進化明顯比編碼區快得多，通過對不同種已知基因的比較可以發現，不同種屬的基因編碼區有相當高的同源性，因此可以利用這個特性進行基因作圖和基因定位。也就是說，一旦某一性狀被定位於動物染色體的一特定區域，這些信息（附近的ESTs和候選基因等）也可以移植到人的相應區域；同時，對一些不能在人體進行的致死性狀的研究可以在動物染色體上定位後，再映射到人類染色體的相應位點。在這方面比較新的方法是L-yons等人的比較錨定標籤序列（comparative
anchor-taggedsequence，CATS)[20]和Marklund等人的異種二聚體分析（xenoduplexanalysis)[21]。CATS擴增不同脊椎動物的相同編碼序列，比較適合於對單一外顯子的擴增，由於進行連鎖分析的遺傳多態性在較短的編碼區內比較難發現，且CATS擴增出來的序列長度一致，限制了體細胞雜交體圖譜的構建，要克服這些困難又要花費大量的人力物力。異種二聚體分析是在CATS基礎上改進變而成，它是將不同物種的PCR產物混在一起進行變性、復性，這樣同源的二條鏈就可雜交在一起，通過聚丙烯醯胺凝膠電泳分離出異種雜交體進行分析，採用體細胞雜交體（SCH）作圖法作圖。
其它方法
關於基因的染色體定位尚有不少其它的方法，不過這些方法幾乎均與上述介紹的方法相關，或者是與以下的一些方法結合，如：顯微分割法（microdissection)、螢光活化細胞分選方法（fluorescenceactivated
cellsorting，FACS)、變性寡核苷酸引物PCR（degenerateoligonucleotideprimer
PCR，DOP-PCR)、體細胞雜交體（interspersedrepetitivesequence
PCR，IRS-PCR)等[16，22]。
磷酸卵細胞氫氧化鈉酚酞糖精
癌細胞染色體煤油醬油冰糖
細胞分裂藍寶石石蠟免疫細胞二氧化矽
精子氟里昂乾燥劑紅糖高錳酸鉀
MeyneJetal.MethodsinMolecularBiology，Vol33：InSitu
Hybridizationprotocols.ChooKHAed.HumanaPressInc.Totowa，NJ
，1994.
