早年家庭與求學
林蒼祐於1919年5月28日出生在英屬海峽殖民地檳城，父親林萃龍是醫生，1937年被授予太平局紳；母親為謝瑞雲。其家庭祖籍為中國福建同安廈門，後來移民至新加坡，在林萃龍時搬至檳城。林蒼佑為家庭中第二個小孩，有一個姐姐與許多弟妹。
林蒼祐就讀於哈珍學校（Penang Hutching School），後來升上檳城大英義學（Penang Free School），他於1937年獲得英國皇家獎學金（King's Scholar）。1944年，他於英國蘇格蘭愛丁堡大學獲得外科醫學學位。
在畢業之後，他到了中國，任職中華民國海軍總部醫務處長兼任中華民國國防部部長陳誠的私人醫生。他在中國也認識了吳欣燕，他們於1947年在香港結婚。之後他們回到檳城。
政治生涯的開端
他於1951年開始參與政治，被任命為檳城殖民地議員（Penang Local Council），並在同年6月19日與其他發起人創建檳城急進黨（Penang Radical Party），並擔任副主席一職。1953年，他成為檳城急進黨黨主席。他也於1953年參選市政局的議員，但是並沒有當選。1954年，林蒼佑決心與馬來西亞華人公會合作，並於1954年6月27日將檳城急進黨改名為“急進黨”，並以個人名義加入馬華公會。1955年，他贏得選舉成為檳州立法議會的議員之一，並為聯盟首席議員（Federal Legislature）。
馬華公會
1958年3月23日的馬華公會黨內選舉中，林蒼佑挑戰原任總會長陳禎祿，以89對67票的22票優勢贏得總會長的職務。
1958年3月23日，他在馬華黨選中挑戰創黨人陳禎祿。以89票對67票擊敗陳禎祿榮任第二任馬華總會長。他銳意改革馬華卻遇黨內外重重阻力，更因爭取華人議席之分而與巫統鬧翻，進一步激化馬華黨內的鬥爭，演變成陳禎祿父子與林蒼佑派的對峙，最終林蒼佑派以失敗而離開馬華。1961年離開了馬華公會，林蒼佑在同年（1961年）在芙蓉創建民主聯合黨。由於陳世英等人的加盟，民主聯合黨間接成為芙蓉市議會的執政黨。1963年林蒼佑與民聯黨鬧分裂，只得撤回檳城。1964年民聯黨參加全國大選，僅林蒼佑一人當選國會議員，其他當選州議員都是在他的國會選區或邊周地帶勝出。1968年林蒼佑率領民聯黨加入了新成立的民政黨，竟而在1969年的大選中躍居以反對黨身份成為檳州執政黨。當上檳州首席部長。1972年，在經歷513種族暴亂後，民政與聯盟（巫統）組檳州聯合政府。1974年林蒼佑率領民政黨加入國陣，並在往後的大選又再勝出。1990年大選，林蒼佑以八百多張票敗在林吉祥手中，從此退出政壇。為了表揚林蒼佑對檳州政經所帶來的貢獻，馬來西亞統治者冊封他為敦。英國愛丁堡大學後來對這位傑出校友也授予榮譽博士。
