成立
1949年6月21日，已下野的國民黨總裁蔣中正為檢討過去軍事、政治、經濟何以失敗的總因，作為今後軍事與復興大業之依據，乃於台北召開東南區軍事會議， 與會者包括東南區陸海空三軍將領與黨政各要員，會議以陳誠任主席。該會歷時七日，會中一則重要決議，乃正式確立組織“東南軍政長官公署”，統一指揮轄區內軍事政治，確立台灣為復興基地，將嵊泗列島、舟山群島、福州、廈門及台灣融合成一個攻守整體。設定“東南軍政長官公署”一案的落實，則經行政院政務會議於7月18日通過，再經非常委員會追認，8月15日陳誠正式就任該公署長官，林蔚、郭寄嶠、羅卓英、郭懺、孫立人、湯恩伯等六人則分任副長官，公署設於台北“介壽館”，原計畫下轄江蘇、浙江、福建、台灣四省及海南特別行政區，但海南始終未受東南軍政長官公署管轄，改入華南軍政長官公署，故最終實際轄有江蘇、浙江、福建、台灣四省。影響
東南軍政長官公署以及國民黨中央非常委員會第二分會（轄東南區）的成立，更強化了台灣省主席陳誠原本享有的東南區黨、政、軍、財大權。該公署的作用，更反映在大陸撤台軍隊的整建（為當時台灣省防衛司令孫立人整編）與東南區戰事（金門戰役與舟山登步島之役）的指揮上。1949年12月7日行政院遷台搬入“介壽館”後，公署與行政院不論在角色及功能上日益融合，1950年3月15日，蔣中正總統下令撤廢東南軍政長官公署，3月31日公署正式完成撤銷工作，人員與業務多轉移總統府及行政院。
東南軍政長官公署所轄部隊
東南軍政長官公署 長官 陳誠 陸軍上將副長官林蔚、郭寄嶠、羅卓英、郭懺、孫立人、湯恩伯 （陸軍中將）
參謀長兼任新聞、法制、政工宣傳部門負責人李樹正中將 （陸軍中將）
辦公室主任 章毓金
下屬 駐潮汕地區的 第十二兵團 （司令官胡璉） 參謀長楊維翰
十八軍 二萬多人 軍長 高魁元 （陸軍中將）（同時兼任十二兵團副司令官）（年齡40歲）
十一師 師長 劉鼎漢 少將 轄 三十一團、三十二團、三十三團 （8000多人）
一一八師 師長 李樹蘭 少將 轄 三五二團、 三五三團、三五四團 （8000人左右）
四十三師 師長 鮑步超 少將 轄 一二七團 一二八團 一二九團 （7500多人）
另有一個軍部直屬部隊加強團、炮兵團和軍文工隊、醫護隊（含女軍官30多人，女兵二百多人）
十九軍 二萬餘人 軍長劉雲瀚（陸軍中將）（同時兼任十二兵團副司令官）（年齡37歲）
十八師 師長尹俊 少將 轄 五十二團、 五十三團、五十四團 （8000多人）
十三師 師長吳垂昆少將 轄 三十七團、 三十八團、三十九團 （6700佘人）
十四師 師長羅錫疇少將 轄 四十團、 四十一團、四十二團 （6000佘人）
另有一個軍部直屬部隊特務團、炮兵團和軍文工隊、醫護隊（含女軍官20多人，女兵一百多人）
六十七軍 近兩萬人 軍長劉廉一（陸軍中將）（年齡36歲）（新組建的部隊）
