專業設定
學院現設有臨床醫學系（含七年制本碩連讀臨床醫學專業）、醫學影像系、醫學檢驗系、高級護理系等四個本科專業。在臨床醫學本科教育、碩士研究生培養方面，已積累了豐富的教學經驗，並建立了較完備的教學管理體系，已為全國各地三級醫院培養了大量臨床醫學專家，並有眾多學子分赴世界各地繼續深造。
臨床醫學院二級學科碩士點有內科學、外科學、婦產科學、兒科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、急診醫學、神經病學、中醫學、影像醫學與核醫學、臨床檢驗診斷學11個學科。內科學覆蓋有心血管病、血液病、呼吸系病、消化系病、內分泌與代謝病、腎病、風濕病、傳染病8個三級學科，外科學覆蓋有普外科、骨外科、泌尿外科、神經外科、整形外科、胸心外科、燒傷外科7個三級學科。臨床醫學院博士點有醫學影像核醫學專業。醫學影像與介入放射學科、整形修復學科是江蘇省“135”醫學重點學科，急症醫學學科是省重點學科建設單位。
實驗條件
中大醫院設有部級心血管疾病防治技術中心、中華醫學會實用介入技術推廣培訓中心、微創治療技術中心、血液淨化中心、眼科口腔科中心、全科醫學中心及一個頗具規模的現代化臨床實驗中心，心血管實驗室為部級開放實驗室。中大醫院心血管內科、血液內科、消化內科、急救醫學科、普外科、整形外科、神經外科、骨外科及放射診斷科為省級臨床醫學重點專科。
東南大學介入放射學研究所、急診與危重病醫學研究所、心血管病研究所、微創外科研究所、功能神經外科研究所、修復重建外科研究所、耳聾康復研究所、骨髓增生異常綜合症研究所等一批醫學學術研究機構設在該院。
師資力量
學院學院具有高級職稱人員150餘人，獲得博士和碩士學位者136人，博士生導師3人，碩士生導師71人，享受國務院特殊津貼29人，留學歸國人員26人，有突出貢獻的中青年專家4人，江蘇省醫學重點人才10人，江蘇省跨世紀學術技術帶頭人培養對象8人，教育部骨幹教師計畫資助對象3人，鐵道部科技拔尖人才11人，全院有36人分別擔任全國及省、部級醫學雜誌主編、副主編、編委等職務，102人擔任各類醫學專業委員會主委、副主委、委員職務。1990年以來承擔國家自然科學基金項目10餘項，通過鑑定的科技成果80多項，獲得省部級及國家級科技進步獎近70項。近十年來，在國際性刊物上發表論文40多篇，其中SCI收錄論文30篇。在全國核心期刊上發表論文1000多篇，省部級刊物上發表論文2600餘篇。近年來，學院不斷加強國際合作與交流，先後與美、德、英、日、俄等國醫學院校建立了友好關係，經常開展國際學術交流及科研合作活動。
