1948年11月,李芳亭在瀋陽參加革命工作。1948年11月至1985年4月,歷任:市建設局鐵西農場農務課長,市建設局鐵西苗圃主任,市建設局園林所股長,市計委農業組技佐,市財委農業組技佐,市農林處科長,市農業局科長,市畜牧副食局科長,市蔬菜科學研究所副所長,市技術服務站東陵基點技師,瀋陽市農業科學研究所(今瀋陽市農業科學院)副所長、所長、顧問。高級農藝師。1979年加入中國共產黨。1985年4月離休。李芳亭曾任市蔬菜學會副理事長、遼寧省農學會理事、省蔬菜學會副理事長,為省第五屆人民代表大會代表,市第八屆、第九屆人大代表、市人大常委會常委。
李芳亭長期從事農業技術和科研工作,是為數不多的瀋陽市首批評定的高級農藝師之一。具有堅實的基礎理論知識和專業技術知識,在蔬菜研究方面,造詣頗深。在科研中,堅持農業科研與農業生產相結合的方向,認真貫徹套用研究與開發研究並重的方針,做出了優異成績,為瀋陽市的農業和科研事業做出了重大的貢獻,享受國務院頒發的政府特殊津貼。
李芳亭為人正直,作風正派。工作中鑽研業務,兢兢業業,為科技進步嘔心瀝血;在事業上關心中青年科技幹部的成長,注重培養專業技術人才;在生活中艱苦樸素,清正廉潔,嚴以律己,寬以待人。
1977年,被評為瀋陽市先進科技工作者。1979年,代表瀋陽市參加了全國科技大會和遼寧省科技大會。李芳亭把畢生的精力獻給了農業科技事業,是一位德高望重的農業專家。
1995年12月4日,李芳亭因病逝世,終年76歲。
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