1920年,李仁蓀為虎門要塞司令何振的秘書。不久,虎門要塞為陳炯明部占領,李乃回莞,從此便致力於教育事業。歷任東莞中學、明生中學、東莞師範學校等國文、地理教員,晚年兼任翰香國小校長。
抗日戰爭初期,李仁蓀在香港知行中學執教。香港淪陷後,他攜眷回赤嶺鄉,假葉慶貽堂設帳授徒。1943年,舉家遷道滘,以筆耕餬口。有人慾聘之往汪偽的中學任教,遭他嚴詞拒絕,並立誓“身在淪陷區,永不修鬚髮”,以示不屈。三年來,鬚髮蓬蓬,任人譏笑,直至抗戰勝利,才欣然剪髮,照相留念。
抗日戰爭勝利後,由明倫堂撥款籌設縣修志局,李仁蓀力主其事,他對重修《東莞縣誌》不遺餘力,編有《東莞縣誌擬目》,陸續刊於當年之縣報,惜未畢其事。建國初期,李仁蓀曾任莞城鎮人民代表大會代表。1954年5月病逝。著有《國際地理學》、《中國文明史評》、《羅浮遊記》等,除《羅浮遊記》刊行之外,其餘各書稿均已散失。