定義
比如因為客觀原因(天氣變化)，註冊會計師無法執行監盤程式，就應當執行替代程式，包括檢查有關存貨的收發憑單等原始憑證，雖然這一程式在效果上不如直接監盤好，也應當執行；
或者原來已經執行的程式無法實現既定的審計目標，註冊會計師同樣應當執行替代審計程式，比如通過執行變數抽樣測試發現，推斷的總體誤差過大，註冊會計師不再信賴抽樣結果，因此為了實現同一審計目標，註冊會計師可能執行更為詳細的實質性測試程式。
目的
實施替代審計程式的目的，是要根據替代檢查的結果，判斷該筆債權的真實性與可收回性，從而證實其賬面餘額是否存在、記錄是否完整、所有權是否屬於本企業，以及該項目在會計報表上的披露是否恰當。
以應收賬款的替代審計程式為例，檢查和核對銷售發票、出庫單、運輸單據以及經濟契約等原始憑證和資料，對於判斷該筆債權的真實性是必不可少的程式；而要判斷債權的可收回性則比較困難，我們可以從了解客戶信譽、賬齡分析、業務往來的過程、以往的收回情況以及經濟契約的有關條款等方面著手檢查。
實施替代審計程式的審計工作底稿不能過於簡單。註冊會計師可以通過抄錄應收賬款明細賬戶的期初餘額、期末餘額以及抄錄本期借方發生額、本期貸方發生額的總數了解和觀察該筆債權的全貌，然後通過抽查憑證，檢查和核對有關資料，並按照重要性原則選擇複印有關原始憑證和資料，留存在工作底稿中。抽查的重點應當放在尚未收回的應收賬款上面。
替代和函證
在審計實務中，一些註冊會計師往往由於理解或認識上的問題對函證和替代及其之間的聯繫和區別產生如下誤區：
1、認為替代審計程式僅是在對往來帳項的審計中運用
日常審計實務中，由於僅在對往來帳項的審計中運用替代審計程式比較頻繁，其他審計項目中運用替代很少，從而使一些註冊會計師誤認為替代審計程式僅是對往來帳項審計的替代，即將替代審計程式狹義地理解為僅是對函證程式的替代，從而不知道在其他審計程式無法實現審計目標時也可以通過替代審計程式來實現審計目標，不知道對函證的替代審計程式僅是替代中的一個方面。
2、詢證函由被審計單位傳送和回收
根據審計準則規定，註冊會計師應當直接控制詢證函的傳送和回收。但一些註冊會計師往往將詢證函的傳送和回收交由被審計單位的會計人員辦理，這就可能使回函的可靠性受到嚴重影響。究其原因，一方面可能是一些註冊會計師為了圖方便或為了圖省事，另一方面也可能是一些註冊會計師還沒有搞清楚詢證函究竟應該如何傳送和回收。
3、認為對往來帳項的一般性抽證就是替代審計程式
一些註冊會計師對如何實施往來款項的替代審計程式不了解或不熟練，實施的替代審計程式不完整、不規範，在審計時，往往不能針對具體的往來款項實施專門的抽證測試，而是對每一類往來款項隨便抽證，如審計應收賬款時，僅是在各個應收賬款明細賬戶中隨便抽查幾筆會計分錄，或者即使是在同一賬戶中抽證，但仍是沒有章法，沒有目標，抽證量極少，屬於不具有針對性和系統性的“一般性抽證”，從而不能證明每一具體應收賬款戶的完整性、真實性和正確性。
另外，由於在許多情形下(特別是對中小企業的審計)至全部審計工作即將結束可能仍未收到回函，事實上，相當多的詢證函根本不會收到回函，這就對函證程式的正常和有效實施形成了障礙和影響。所以，在未能發函、已發函但未收到回函或回函不滿意的情況下，一些註冊會計師常常採取上述“一般性抽證”的方法來實施“替代”函證程式，表面看實施了替代審計程式，實際上僅是“一般性的抽證”，有的甚至就是簡單的抄錄會計憑證，根本沒有履行規範的抽證測試程式，這些都是違反執業規範，沒有職業道德，自欺欺人的做法。
4、為了節省函證時間一律採用消極式的詢證函
一些註冊會計師(甚至相當部分的事務所)針對回函率低的特點，一律採用消極式的詢證函，只要被函證單位沒有回函，就確認被審計單位有關會計往來帳的數據。他們認為，這樣不但節省了函證時間，而且還“迴避”了收不到回函的尷尬。事實上，由於信函(發函和回函)有時不一定能夠準確投寄，或被函證單位根本就沒有認真核對，或即使在賬面數據不相符的情況下被函證對方也可能不回函，所以，沒有回函不一定表示與對方的賬簿記錄核對一致。因此，這種不管具體情況，一律採用消極式的函證方式實際上是一些註冊會計師不負責任、不規範的做法。
5、對函證的替代就是複印往來明細賬戶加簡單抄錄幾筆憑證
替代審計中還有一個較常見的誤區，就是一些註冊會計師喜歡複印有關往來賬戶的明細賬頁，凡是選定作為檢查樣本的往來賬戶，將其帳頁全部複印，再根據帳頁上記錄的憑證號碼和經濟內容隨便抄錄幾筆會計憑證，然後在固定格式工作底稿中“查見欄”或“核對欄”的空格上打勾，表示已經履行了“查見”或“核對”程式，最後在審計結論中寫上“餘額可以確認”，認為這就是對往來帳項實施的替代審計程式。從日常監管檢查所掌握的情況得知，相當多的審計人員實際上根本就沒有真正履行“查見”或“核對”程式，僅是抄錄了一些會計分錄。
6、對債權賬面的餘額認定不考慮可收回性
一些註冊會計師認為，債權能不能正常收回是被審計單位的責任，審計只是負責確認賬面數據的正確性，所以，許多註冊會計師在審計被審計單位的債權帳項時，根本不考慮被審計債權的可收回性，往往僅憑回函證明或替代審計的結果就作出餘額可以確認的審計結論，對一些有明確線索證明已經形成潛虧的債權不僅不調整會計報表，而且也不在會計報表附註中披露。
7、對債務不需要進行函證
一些註冊會計師認為，債務類賬戶餘額不需要函證，一些被審計單位也反對對其債務進行函證，實際上這些都是錯誤的認識。筆者認為，對債務要不要函證的問題應該區別對待，即一般情況下對債務確實不需要函證，但是，如果被審計單位控制風險較高，債務金額較大或被審計單位處於財務困難階段，則應該對應付賬款和預收賬款中的重大項目進行函證。
8、認為餘額大的往來帳項才是重要的
許多註冊會計師在選擇和判斷往來帳項的重大項目時往往有這樣的誤解，即認為餘額大的才是重要的，餘額小或為零的就不是重大項目，這實際上是錯誤的認識。因為往往一些賬戶的年末餘額雖然很小甚至為零，但平時的發生額可能非常大，這些賬戶同樣也是被審計單位的主要往來賬戶，肯定就是重要的。所以，註冊會計師在今後的審計中要注意正確選擇和判斷往來賬戶的重大項目，對年末餘額雖為零或很小，但發生額非常大的重要往來帳戶必須進行函證。
該問題實際上暴露了一些註冊會計師在對往來帳項的審計中存在的重債權輕債務的問題。在日常審計實務中，一些註冊會計師不對債務賬戶進行函證，也不實施替代審計程式，或表面上雖有替代審計程式，實際上僅是抄錄一些會計分錄，根本沒有認真履行抽證測試的審計程式，這是嚴重“偷工減料”的行為。
