歷史
維基百科創立伊始
維基百科計畫始於2001年5月，包含了日語在內的12個非英語版維基百科被創建。日語版原始的網址為http://ja.wikipedia.com ，所有的頁面都是使用拉丁字母與日語羅馬字寫的，當時的系統不支援日文字元。第一篇條目是名為“Nihongo No Funimekusu”（日本語のフニメクス、日本語音素）的文章，以日語羅馬字書寫而成。大約於3月下旬至4月上旬間由RoseParks發表。
日語化
2002年9月1日，維基百科系統升級至Phase III，從那時起，系統能夠追蹤文章，由此得知老條目。有些文章是由幾位非日本母語使用者所發表，主要包含日本文化、語言、地理和程式設計相關的文章。同樣在9月，維基百科軟體接口開始譯成日語。同年，GNU自由文檔協定證書翻譯完成。12月中旬時，註冊的用戶保持於10人，條目數也保持為10篇。
參與者大幅增長
日文維基百科Wired News 日文版的刊登
2003年1月31日，用 Wired News 日文版關於維基百科的新聞被刊登了。這次報導是日文媒體對維基百科最早的介紹。
在此以後，參加者的數量開始可觀地增加，許多關於維基百科的說明頁面被翻譯成日語或被創建。漫畫家、日本地方的行政區、都、道、府、縣等條目數開始成長，證券交易的相關條目也出現了。
進一步的成長
維基百科計畫歷經了多次伺服器當機的事件，雖然如此，但在總體發展而言，這樣的事件並不影響維基百科計畫的持續成長。自從完成10000條目以後，維基百科日文版大多數時間以相同速度的成長率新增條目。
大規模的資料當機
2003年12月，服務維基百科的三台伺服器發生故障。包含全體語言和各種姊妹企劃停止了數日。用戶進行捐贈提供了購買新伺服器的費用。
2004年6月7日凌晨，維基百科等資料庫伺服器故障，次日12點前以前包含全體語言和各種姊妹企劃停止。在當機之前的一段時間的編輯無法恢復。
2005年2月22日日本時間7點15分，資料中心發生停電事故，全體語言版停止運作。當天隨即以唯讀情況恢復了運作，但寫入的功能需要等到次日日本時間7點25分左右才恢復。
內容
日文維基百科所有內容必須同時符合美國及日本的法律。
日語維基百科最常受到批評，就是其日本中心傾向。日語在二戰前曾經伴隨帝國主義通行於東亞各地，但戰後幾乎僅在日本國內常用，部分編寫者不經意就會流露日本中心思考的情況。例如以「海外」代稱日本以外，或是條目中大量舉例日本國內的現況。雖然日語維基如其他語言版有「不要日本中心]的方針，但目前仍處於草案階段，尚未實施。
此外，日語維基與其他維基百科禁止任何新聞動態，相關的新訊息會隨後一天才會更新，以防止有謠言出現。對於戰爭及刑事案件等日本籍受害者的條目，則大多不予建立，或以不公開其真實姓名的方式撰寫條目（例如在伊拉克被綁架殺害的日本人香田証生）。
相較於英文、中文等語言的維基百科不允許IP用戶新建頁面，日文維基百科則開放IP用戶也可創建新頁面。
日語維基百科與日本國內一樣，極為重視著作權，不允許合理使用的圖片放入條目內。對於侵害著作權的內容，即使只有一部份，亦大多以全文刪除的方式從嚴處理，且可做特定編輯版本的移除。對引用的規範亦遠較不少語文版本嚴格。從其他語言版本翻譯條目時有一特殊規則：必須以摘要欄中加註文字或其他方式註明翻譯來源，否則直接貼進去會被以「履歷不繼承」以侵害著作權提交刪除處理。即使只是分割、合併或復製其他條目內容也會被以GFDL違反提刪。
