方誌的結構是指方誌各部分的構成，即志書的篇目編排形式，可分為以下幾種類型：
（1）平列諸目體。或稱為平分列目體、無綱並列體，簡稱為平目體。這種結構形式是將志書內容分為若干類，各類目相互獨立，平行排列，無所統屬。從總體而言，聯繫鬆散，很難使志書篇目成為一個完整、科學的系統，各門類之間彼此的相互影響和邏輯關係很難得以反映。因此，平列諸目體的志書是一種不成書的篇目形式，宋元以前套用較為普遍，直至清代中葉仍較為流行，清中葉以後這類體式的志書逐漸減少。但由於這種體式結構簡單，比較適合內容單一、字數較少的志書。民國時期也有部分志書採用平列諸目體。新方誌也有借鑑這種體式的，如1985年出版的江西《玉山縣誌》。
（2）綱目體。這種體式的篇目結構，是先設定總綱（亦稱大類），各綱之下再細分若干小目，目以綱聚，以綱統目，故稱之為綱目體，又稱門目體、分綱列目體。綱目體式的優越性是分類醒目，眉目清晰，綱舉目張，便於查閱。綱目體志書是中國地方志篇目形式趨於成熟的表現。志書內容增多，綱目體也不斷發展，明清志書多採用此類形式。這類形式又可分為以政區為綱、以事類為綱和政區、事類混合為綱等。
（3）紀傳體。又稱史志體，系仿正史紀傳體史書而成。以紀、表、志、傳記述、考、錄、略、譜等為大類，然後再立綱分目編排志書形式。最早採用此體的是南宋周應合編撰的《景定建康志》。這種體式的產生，是在正史影響不斷擴大，史學理論不斷向方誌編修實踐滲透的結果，它標誌著方誌學學術地位的提高。
（4）政書體。這種體式是採用典章制度的史書體例編修志書。政書體志書的篇目結構，借鑑和運用史書這一體例，注重實用，多記載地方政事典章，分綱列目，分類記述。這類體式是明代弘治年間周瑛、黃仲眙纂的《興化府志》所創，在篇目設定上定吏、戶、禮、兵、刑、工為六紀。明代正德年間的《漳州府志》也以此分為六大類。清代僅章學誠所擬三書中有此分類。
（5）三寶體。這種體式的篇目設定是以《孟子》所云：“諸侯之寶三：土地、人民、政事”來作為分類依據的，是先設定土地、人民、政事三大類，各門類之下再設子目，又稱總綱系目體。三寶體志書結構過於簡單，難以包括一地紛雜的社會現實，因此流行不廣。三寶體雖不盛行，但明清、民國時期各代都有仿例。如明代唐樞、張應雷纂《湖州府志》，民國《靜海縣誌》等。
（6）編年體。是仿照《春秋》、《竹書紀年》、《資治通鑑》等編年體史書，縱向記述一地歷史與現實的篇目體式。這種篇目也可以說是平目體的一種特殊形式，不是橫分門類，而是以時間為線。明清、民國時期均有此種體式的志書。新中國成立後，1959年編的《盂縣人民縣誌》和1980年版的《呼瑪縣誌》等極少數志書採用了編年體，一般都不採用編年體。
（7）經緯體。又稱兩部體，是指在篇目結構過程中，先經志書分為兩大部類，部類之下再設各志的體式。明代〔嘉靖〕《廣平府志》，首創此體式。
（8）三書體。這種體式的倡導者是清代方誌學家章學誠，他主張方誌立“三書”，即志、掌故、文征。其中“志”是著述體，“掌故”和“文征”為編纂體。這種體式的特點是以志、掌故、文征為總綱，志是方誌的主體，方紀傳體的正史，下設紀、譜、考、傳等四體；掌故為歷代的會要、會典，輯錄保存地方政府頒布的典庫制度和檔案材料，按類編選，與志相輔；文正是一個地方文獻的專輯，包括奏議、徵實、論說、金石等原始資料。
（9）章節體。是指以章節為層次編排內容的篇目結構形式，主要是受西方著作體裁的影響，在長期的修志實踐中，逐漸發展而成，大致產生的年代為清末民初。其篇目層次一般在三級及三級以上，新方誌由於門類分得較細，有的層次可達六七級。根據劃分層次的多少，章節體又分為以下兩種形式：一是章節（目）式，多風行於民國；二是編章節目式，民國時期即有採用，新方誌大多採用。根據篇目設定結構層次，章節體又可分為大編式、中編式、小編式。
另外，從方誌記述的時間斷限上劃分，又可分為通紀體和斷代體。第一屆新方誌大多採用的是通紀體。
