市場分層目的
1、引導投融資對接
由於新三板準入端的包容度高，掛牌公司不僅在發展階段、業務規模、盈利能力等方面存在較大差異，而且在行業特徵、企業管理、發展潛力等方面也有很大差別。只有在市場內部進行適當分層，才能更有利於投融資的精準對接，使投融資功能得到進一步完善。
2、差異化的制度安排，既是監管的要求，也是服務的要求
通過分層可以在交易制度、發行制度、信息披露的要求等制度供給方面，進行差異化的安排，更好地為中小微企業提供融資、交易、併購、發債等方面的金融服務。
新三板分層層級設定
新三板暫時分為兩層： 基礎層和 創新層。
新三板分層制度具體分層標準
新三板掛牌公司進入創新層，需滿足以下條件之一：
1、最近兩年連續盈利，且年平均淨利潤不少於2000萬元（以扣除非經常性損益前後孰低者為計算依據）；最近兩年加權平均淨資產收益率平均不低於10%（以扣除非經常性損益前後孰低者為計算依據）。
2、最近兩年營業收入連續增長，且年均複合增長率不低於50%；最近兩年營業收入平均不低於4000萬元；股本不少於2000萬股。
3、最近有成交的60個做市轉讓日的平均市值不少於6億元；最近一年年末股東權益不少於5000萬元；做市商家數不少於6家；合格投資者不少於50人。
滿足上述規定進入創新層的掛牌公司，還應當滿足以下條件：
(一)最近12個月完成過股票發行融資(包括申請掛牌同時發行股票)，且融資額累計不低於1000萬元；或者最近60個可轉讓日實際成交天數占比不低於50%。
(二)公司治理健全，股東大會、董事會和監事會制度、對外投資管理制度、對外擔保管理制度、關聯交易管理制度、投資者關係管理制度、利潤分配管理制度和承諾管理制度完備；公司設立董事會秘書並作為公司高級管理人員，董事會秘書取得全國股轉系統董事會秘書資格證書 。
申請掛牌公司滿足以下條件之一的，可以掛牌時直接進入創新層：
(一)最近兩年連續盈利，且年平均淨利潤不少於2000萬元(以扣除非經常性損益前後孰低者為計算依據)；最近兩年加權平均淨資產收益率平均不低於10%(以扣除非經常性損益前後孰低者為計算依據)；申請掛牌同時發行股票，且融資額不低於1000萬元。
(二)最近兩年營業收入連續增長，且年均複合增長率不低於50%；最近兩年營業收入平均不低於4000萬元；掛牌時股本不少於2000萬股。
(三)做市商家數不少於6家；申請掛牌同時發行股票，發行對象中包括不少於6家做市商，按發行價格計算的公司市值不少於6億元，且融資額不低於1000萬元；最近一期期末股東權益不少於5000萬元。
滿足上述規定進入創新層的申請掛牌公司，還應當滿足以下條件：
(一)申請掛牌即採用做市轉讓方式。
(二)公司治理健全，股東大會、董事會和監事會制度、對外投資管理制度、對外擔保管理制度、關聯交易管理制度、投資者關係管理制度、利潤分配管理制度和承諾管理制度完備；公司設立董事會秘書並作為公司高級管理人員，董事會秘書取得全國股轉系統董事會秘書資格證書。
(三)最近12個月不存在以下情形：申請掛牌公司或其控股股東、實際控制人，現任董事、監事和高級管理人員被中國證監會及其派出機構採取行政監管措施或者被採取行政處罰，或者正在接受立案調查，尚未有明確結論意見。
(四)最近兩年及一期的財務會計報告被會計師事務所出具標準無保留意見的審計報告；按照第八條第二項規定進入創新層的申請掛牌公司，最近三個會計年度的財務會計報告被會計師事務所出具標準無保留意見的審計報告。
維持標準
進入 創新層的掛牌公司應當滿足以下維持條件之一：
(一)最近兩年連續盈利，且年平均淨利潤不少於1200萬元(以扣除非經常性損益前後孰低者為計算依據)；最近兩年加權平均淨資產收益率平均不低於6%(以扣除非經常性損益前後孰低者為計算依據)。
(二)最近兩年營業收入連續增長，且年均複合增長率不低於30%；最近兩年營業收入平均不低於4000萬元；股本不少於2000萬股。
(三)最近有成交的60個做市轉讓日的平均市值不少於3.6億元；最近一年年末股東權益不少於5000萬元；做市商家數不少於6家。
進入創新層的掛牌公司除滿足維持條件外，還應當滿足以下條件：
(一)合格投資者不少於50人。
(二)最近60個可轉讓日實際成交天數占比不低於50%。
(三)公司治理符合第七條第二項的要求，且最近12個月不存在以下情形：
1.掛牌公司或其控股股東、實際控制人，現任董事、監事和高級管理人員因信息披露違規、公司治理違規、交易違規等行為被全國股轉公司採取出具警示函、責令改正、限制證券賬戶交易等自律監管措施合計3次以上的，或者被全國股轉公司等自律監管機構採取了紀律處分措施。
2.掛牌公司或其控股股東、實際控制人，現任董事、監事和高級管理人員因信息披露違規、公司治理違規、交易違規等行為被中國證監會及其派出機構採取行政監管措施或者被採取行政處罰，或者正在接受立案調查，尚未有明確結論意見。
3.掛牌公司或其控股股東、實際控制人，現任董事、監事和高級管理人員受到刑事處罰，或者正在接受司法機關的立案偵查，尚未有明確結論意見。
(四)按照全國股轉公司的要求，在會計年度結束之日起4個月內編制並披露年度報告；最近三個會計年度的財務會計報告被會計師事務所出具標準無保留意見的審計報告。
(五)全國股轉公司規定的其他條件。
層級劃分和調整
全國股轉公司根據分層標準及維持標準，於每年4月30日啟動掛牌公司所屬層級的調整工作。基礎層的掛牌公司，符合創新層條件的，調整進入創新層；不符合創新層維持條件的掛牌公司，調整進入基礎層。
全國股轉公司可以根據分層管理的需要，適當提高或降低掛牌公司層級調整的頻率。
投資者準入門檻
（一）合格投資者
1、自然人
（1）客戶賬戶內前一交易日日終資產總值（含資金、證券、基金、券商理財）在500萬以上；
（2）兩年以上證券投資經驗（含新三板交易經驗）。
2、一般法人
註冊資本在人民幣500萬以上的法人或實繳出資總額在人民幣500萬以上的合夥企業。
3、特殊法人
集合信託計畫、證券投資基金、銀行或券商理財產品、其他監管部門認可的產品或資產。
（二）受限投資者
公司掛牌前股東、持有公司股份的股東、已參與新三板交易的股東 。
市場投資風險
無論對於 創新層還是 基礎層股票，投資新三板有可能為投資者帶來巨大財富，但也有可能讓投資者面臨巨大風險，這也是新三板市場設定較高的投資者準入門檻的重要原因。
目前，新三板市場投資風險，主要包括如下幾種類型：掛牌企業運營風險、公司信息披露風險、市場流動性風險、管理制度變遷風險等等。
