任命主教
1161年4月18日，坎特伯雷大主教西奧伯爾德去世，亨利二世決定不要接受教廷指認的大主教，而是由自己挑選一個可靠的親信出任這項重要職務，既避免教廷把手伸進自己的地盤，更有助於鞏固王權。他選中了他的密友貝克特。托馬斯·貝克特並非什麼宗教人士，在出任坎特伯雷大主教之前，他是國家重臣：大法官兼上議院議長。與亨利二世本是地地道道同一條壕溝的戰友。亨利二世的兒子亨利小王甚至還曾經寄養在他家裡，視他如父。
教庭職位
貝克特力辭大主教的任命，理由是他“不可能同時效忠兩個主人”。但亨利二世沒有採納貝克特的這番話，而是把這番話當成了貝克特的謙虛姿態，毫無疑問，亨利二世完全是出於私人感情和王權利益才做出這個決定的。同樣毫無疑問的是，對於這樣一項任命，上至各位主教，下至苦行修士，都沒什麼好感。所有的人都認為，這位大主教效忠的對象絕不可能是教廷，而是亨利二世。可以想像，初次擔任教庭職位的托馬斯·貝克特承受了來自宗教界的極大壓力和非議。受到了壓力當然要做出足夠的反擊。
對立亨利
讓所有的人都目瞪口呆的是，貝克特大主教反擊的對象不是那些出言不遜的教士，而是力保他榮任此職的老友亨利二世。他似乎認為，只要自己處處與亨利二世對著幹，就能證明自己並非是靠亨利二世才得到如此榮遷的，也就能證明自己是一個優秀的大主教了。正在春風得意中的亨利二世很快就被這個大主教給激怒了，他決定讓這個背叛了自己信任的、不知所謂的傢伙嘗嘗自己的厲害。 經過一番選擇之後，亨利二世決定從法律的角度正大光明地發動總攻。當時的教會擁有自己的法庭，教士們無論在民間犯下了怎樣的大罪、惹來怎樣的怨憤，都可以藉由教會法庭的庇護逃過懲罰。而如今，被貝克特大主教刺激過頭的亨利二世不打算再姑息這些無法無天的教士了。
1163年10月，經過充分準備的亨利二世在威斯敏斯特召開的一次會議上提出：犯罪的教士們必須被剝奪聖職，然後交由世俗法庭審判處治。貝克特被亨利二世的突然襲擊給整蒙了。他很清楚，以那些神憎鬼厭的教士所犯的罪行，一旦淪為普通罪犯，那幾乎就是死路一條。他立即表示強烈反對。
貝克特的這一堅定態度，固然為他贏得了教會集團的大聲喝彩，但也同時使亨利二世越發地怒不可遏。要知道，亨利二世也並非孤軍作戰。在這個“教士犯法與平民同罪”的問題上，國王也贏得了普羅大眾和貴族們的大力支持。亨利二世成為第一個向教士司法特權正式宣戰的國王。這一異動立即引起了教皇亞歷山大三世的高度警覺，他派人向亨利二世遊說，希望國王不要搞得教會太沒面子。教皇的態度，亨利二世很是受落，向來使表示自己願意採取更溫和的態度。但貝克特大主教卻異乎尋常地堅定，一絲讓步的態度都沒有。這無異於是往亨利二世這盆火上澆油。
由於貝克特始終沒有一點和緩的表示，亨利二世決定堅決維護自己的利益。1164年1月30日，亨利二世召開了一次會議。在這次會議上，全體貴族通過了一個《克拉倫登憲章》，將自諾曼王朝以來英國國王對教會擁有的權力以法律形式確認下來。《克拉倫登憲章》第一條：涉及聖職推薦權的訴訟都應由王室法庭進行；《克拉倫登憲章》第三條：被控犯罪之教士都應先由王室法庭審問，然後由主教法庭定罪，若有罪則要由王室法庭處罰；《克拉倫登憲章》第七、八、十條：國王的直屬封臣被剝奪教籍或從英格蘭的教會法庭向羅馬教皇抗訴時，都要先徵得國王的同意和恩準……面對這樣一個獲得全體貴族擁護的法律條文，貝克特不得不敗下陣來，表示服從。
但貝克特的服從只是暫時的，為了展示自己堅決捍衛教會反抗國王的形象，當其它主教都開始退縮時，他仍然態度強硬。既然正大光明的辦法不管用，亨利二世就用起了流氓招數：他捏造了一堆犯罪“事實”，然後把貝克特大主教召到王室法庭去接受訊問。這樣的審問，結果是個人都能想得出來：貝克特大主教被宣判有罪，並處沒收一切財產。審訊剛一結束，感到大事不妙的貝克特大主教就立刻開溜，一直逃到了歐洲大陸去。
其實亨利二世也並不當真想要貝克特的性命，只要這個傻瓜別在英國擋著國王的道就行。接下來的五年，是神清氣爽的五年，終於擺脫了貝克特的亨利二世大刀闊斧地在英格蘭搞起了司法改革，大獲成功。
死亡
貝克特遭刺殺然而1170年的時候，戲劇性的事情再一次發生了。為了給亨利小王舉行加冕典禮，國王和教廷之間展開了漫長的談判，貝克特趁機重返英格蘭，並且立即就著手處罰在過去數年間與國王來往密切的幾位主教。
聽聞這樣的訊息，亨利二世當場怒吼：“就沒有誰能幫我擺脫這個胡鬧的教士嗎！”（"will no-one rid me of this troublesome priest?") 國王的話被四位忠心耿耿的騎士聽見了，他們私下決定要幫助國王排憂解難。他們騎馬直奔坎特伯雷，先是要求貝克特大主教去向國王請罪，當大主教高傲地拒絕了這一要求後，這四位忠誠的騎士便毫不猶豫地一齊動手，把正要做晚禱的貝克特給宰了……
這一天是1170年的12月29日，這四位因情緒衝動而青史留名的忠臣是雷菲茨、休德莫維爾、威廉特拉西、理察布里托。麻煩的貝克特大主教終於徹底安靜了，亨利二世的麻煩卻還沒了結。
後事
這樁發生在教堂里的大主教兇殺案在整個基督教世界都引起了轟動，教廷立即披掛上陣，對亨利二世口誅筆伐，甚至要脅說要開除他的教籍。亨利二世畢竟理虧，不得不表示懺悔，大冷天跣足前往坎特伯雷“贖罪”，第二年又向教皇的使節表示要放棄《克倫拉登憲章》中那些侵犯了教士利益的條文。撈足了面子的教廷這才於1173年宣布貝克特為殉教聖徒，圓滿收官。
亨利二世雖然表示了屈服的態度，但實際上並沒有減少王室法庭的權力，而且由於中世紀的教廷實在太可惡，所以自那時起直到今天，亨利二世國王都因受屈於教廷而廣為大眾同情。300年後，因離婚申請被拒而與天主教決裂並自創了英國國教的國王亨利八世，命令將聖·托馬斯的屍骨取出審判——在此次審判中貝克特被認為犯了通敵罪。他的屍骨被當中焚燒，他的墓地也被玷污。
